支新成立的水師中，除了彭玉麟之外，其餘各營多由武官統領，但他們在奏報事務時都需依賴彭玉麟，因此彭玉麟實際上成為了水師的核心領導人，並且對初期制度建設貢獻良多。

同年，曾國藩釋出了《討粵匪檄》，號召並組織湘軍北上對抗太平天國。這支軍隊包括了一萬七千餘人的水陸兩軍，從衡州出發。然而，太平軍石祥禎部卻在此期間擊敗了曾國藩所率湘軍，並重新佔領嶽州，迫使湘軍水師撤回長沙。與此同時，太平軍林紹璋部攻佔湘潭，威脅到了長沙的安全。面對如此嚴峻的局面，曾國藩召集諸位將領商議對策，最終決定採納彭玉麟的建議，即集中兵力攻打湘潭。

按照彭玉麟的戰略部署，曾國藩派遣褚汝航率領五營水師前往湘潭支援塔齊布指揮下的陸軍。不幸的是，在執行這一計劃時，曾國藩親自帶領四十艘戰船和八百名士兵以及當地民團攻擊靖港的太平軍，結果遭遇慘敗，曾國藩甚至因羞愧欲投水自盡，幸得身邊人及時相救才免於一死。就在同一天，彭玉麟率領的一營水師已經接近湘潭十里的位置，並得知塔齊布的部隊已取得勝利的訊息後，立即協同發起攻勢，成功焚燬了大量敵方物資。隨著守城的太平軍潰逃，湘軍順利收復湘潭，不僅解除了長沙之圍，也極大地鼓舞了士氣，使得曾國藩重拾信心繼續東征。這場戰役被視為湘軍成立以來首次重大勝利，對於改變雙方戰鬥態勢具有重要意義，後來也被認為是導致太平天國失敗的關鍵錯誤之一。

隨後不久，彭玉麟與楊嶽斌共同指揮水師再次向嶽州發起了進攻。面對太平軍堅固防守的南津要塞，兩人巧妙地利用地形優勢設下埋伏：彭玉麟隱藏於君山附近，而楊嶽斌則潛伏在雷公湖區域。透過派出小艇誘使敵方艦隊出擊，當太平軍船隻進入預定範圍時，兩邊伏兵同時發動襲擊，一舉摧毀了超過一百艘敵艦，並多次擊退了對方的反擊嘗試。接著，他們又針對擂鼓臺進行了突擊行動，儘管面臨數量上的巨大劣勢，彭玉麟與楊嶽斌依然勇敢地駕駛著輕快的小船深入敵陣焚燒敵艦，迫使其分心救援從而贏得了寶貴的戰機。不過，在接下來的戰鬥中，由於過於自信，廣東水師總兵陳輝龍等人不慎落入敵人圈套，導致自身及多位重要將領如褚汝航、夏鑾犧牲。關鍵時刻，又是彭玉麟與楊嶽斌挺身而出試圖挽救局勢，雖然未能扭轉敗局但也展現了非凡勇氣。從此以後，湘軍水戰幾乎完全依賴於這兩位傑出將領。

四、血戰湖北

咸豐四年（1854年）八月，隨著湘軍陸軍在多場戰役中取得勝利，水師也隨同陸上部隊進發。湘軍駐紮於沌口，準備攻打武昌。彭玉麟與各軍將領共同商議後，決定首先渡過長江，清除武昌城外的太平軍據點。當時，沿江的太平軍從塘角至青山一線佈置了防線，並使用岸炮轟擊湘軍水師。然而，湘軍水師保持良好的紀律和陣型，穩步前進。面對如此有組織的攻勢，沿岸的太平軍開始向東撤退。最終，武昌和漢陽同時被湘軍攻佔。戰後，由於其卓越貢獻，彭玉麟獲得了升遷，被授予同知之職。

當太平軍放棄武昌、漢陽後，東王楊秀清命令燕王秦日綱加強田家鎮的防禦。這裡位於武昌與黃石之間的長江北岸，是通往安徽的重要門戶，地理位置極其重要。秦日綱依據有利地形，採取“連舟斷江”的策略，在江面上設定了鐵索相連的障礙物，並在後面部署了裝有大炮的竹木筏以及輜重，使得整個防禦體系看起來猶如一座堅固的城市。

十月十二日，彭玉麟、楊嶽斌與塔齊布、羅澤南等將領在距離田家鎮不遠的地方商討破敵之策。當晚，他們制定了詳細的作戰計劃，將水師分為四個部分：第一隊負責切斷鐵鏈；第二隊攻擊敵方炮船以掩護第一隊；第三隊待鐵鏈被切斷後立即衝鋒，焚燒敵艦；第四隊則留守老營防止敵人反撲。次日清晨，戰鬥正式打響。孫昌凱等人駕駛快