門和彈劾李元度的問題產生了嚴重分歧。李鴻章認為祁門地形險要，不適合駐軍；而對於李元度的彈劾，李鴻章認為曾國藩的做法欠妥。李鴻章拒絕起草彈劾文書，並與幕僚一同爭論，最終憤而離開曾國藩的營地。經過友人的勸說和曾國藩的多次邀請，李鴻章於1861年六月七日重新回到湘軍大營。自此之後，李鴻章在曾國藩的陣營中地位更加穩固，成為鎮壓太平天國起義的核心力量之一。

三、組建淮軍

咸豐十年（1860年），太平軍第二次打破江南大營後，清政府失去了長江下游的最後一支主力部隊。隨著太平軍向蘇杭推進，江南地區的豪紳地主紛紛湧向上海避難。為了保護這座重要的通商口岸，當地計程車紳買辦一方面籌備“中外會防局”，依靠西方僱傭軍保護上海；另一方面，派遣代表如錢鼎銘等人前往安慶，請求曾國藩派遣援軍。

曾國藩最初考慮派曾國荃或陳士傑出兵支援，但由於種種原因未能實現。隨後，他轉向李鴻章尋求幫助。李鴻章欣然接受任務，開始著手組建淮軍。

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咸豐十一年（1861年）夏天，李鴻章奉命返回安徽招募淮勇。憑藉之前在廬州組織團練的經驗和在當地的人脈資源，李鴻章迅速得到了張樹聲、周盛波、潘鼎新、劉銘傳等人的支援。這些人大多是皖籍地主武裝的頭領，與李鴻章有著直接或間接的關係，因此淮軍的組建工作進展得非常順利。

同治元年（1862年）春節後，淮軍最早的四個營——“樹”、“銘”、“鼎”、“慶”營陸續集結於安慶進行訓練。這四個營分別由張樹聲、劉銘傳、潘鼎新和吳長慶領導。與此同時，李鴻章還命令自己的弟弟李鶴章返回合肥招募舊部，包括內親李勝、張紹棠，昔日好友王學懋，以及父親李文安的舊部吳毓蘭、吳毓芬等人。

曾國藩對這支新軍極為重視，親自召見各營將領，併為淮軍訂立了詳細的營制和營規。為了增強淮軍的實力，曾國藩從湘軍系統中調撥了部分部隊，其中包括“春”字營（張遇春）、“濟”字營（李濟元），太平軍降將程學啟率領的“開”字兩營，以及湖南新勇“林”字兩營（滕嗣林、滕嗣武）。此外，還有“熊”字營（陳飛熊）和“垣”字營（馬先槐），以及曾國藩贈送的親兵兩營（韓正國、周良才）。

透過這些增援，淮軍初步形成了14個營的規模，每個營配備正勇505人，長夫180人，總計685人。曾國藩親自檢閱了已經集結在安慶的淮軍各營，並宣佈淮軍建立。隨後，上海計程車紳籌集了18萬兩白銀，租用了7艘英國商船，將淮軍分批運往上海。由於“濟”字營需要留在池州，所以實際運抵上海的淮軍共有13營，約9000人。

1862年三月十日，李鴻章隨首批淮軍抵達上海。不久之後，經曾國藩推薦，李鴻章被任命為江蘇巡撫，並一度暫署辦理通商事務大臣。李鴻章受任之時，上海正處於極為嚴峻的局勢之中。太平軍正在發動第二次大規模進攻，上海的安全受到嚴重威脅。面對這樣的局面，李鴻章牢記曾國藩的教誨：“以練兵學戰為性命根本，吏治洋務皆置後圖。”

在上海，由當地士紳組建的“中外會防局”主要依靠外國僱傭軍來抵禦太平軍，對淮軍並不抱有很大希望。面對外界的輕視，李鴻章激勵將士們說：“軍貴能戰，待吾破敵懾之。”淮軍果然不負眾望，在當年下半年連續進行了虹橋、北新涇和四江口三次激烈的戰鬥。李鴻章親臨前線指揮，最終成功守住了上海，贏得了中外人士的尊重和認可。

淮軍抵達上海後，李鴻章迅速採取了一系列措施來提升軍隊的戰鬥力。淮軍到滬未滿一年，便全面改革了原有的湘軍制度，轉而模仿西方軍隊的編制和訓練方法，裝備了先進的洋槍洋炮。李