在處理貴州的叛亂過程中，吳振棫採取了更加靈活的戰略。他不僅加強了對叛軍的軍事打擊，還注重分化瓦解敵人內部的力量。在遵義被圍的情況下，吳振棫指揮軍隊巧妙地運用戰術，最終成功解除了遵義的圍困，並在石阡葛莊司一舉擒獲了叛亂首領楊鳳先。

三、總督任內：漢回沖突中的平衡者

咸豐七年（1857年），吳振棫被調任為雲貴總督，面對的是雲南漢回兩族之間長期累積的矛盾，以及由於內地戰事頻發導致的協餉短缺問題。雲南的回族與漢族之間的緊張關係在這一時期達到了頂峰，回族的叛亂活動頻繁發生，給地方的穩定帶來了極大的挑戰。

吳振棫深知，雲南的局勢錯綜複雜，僅憑武力鎮壓無法從根本上解決問題。他提出“先剿後撫”的策略，一方面透過軍事手段打擊叛亂分子，另一方面則透過政治手段來安撫民心，爭取早日實現和平。然而，他也意識到，雲南的問題遠比想象中更為棘手，僅僅依靠幾千兵馬和數十萬銀兩是無法解決的。

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在這一背景下，吳振棫採取了一系列措施來穩定雲南的局勢。首先，他強調了公平原則的重要性，認為在處理漢回兩族之間的矛盾時，必須做到公正無私，這樣才能贏得雙方的信任。其次，他主張透過恩威並施的方式，一方面堅決打擊那些頑固不化的叛亂分子，另一方面則給予那些願意迴歸正常生活的回民以出路，讓他們感受到政府的誠意。

為了穩定省城昆明，吳振棫投入了大量的精力。他深知，省城是雲南的政治中心，只有這裡安定下來，才能更好地輻射周邊地區，逐步化解各地的矛盾。

四、改革措施：改善民生與治理

吳振棫在擔任雲貴總督期間，不僅致力於軍事上的平叛，還非常重視地方經濟和民眾生活的改善。他深刻認識到，只有在民生得到保障的前提下，社會才能真正實現穩定和發展。

在鹽稅制度改革方面，吳振棫發現原有的鹽稅攤派方式存在諸多弊端。傳統的攤派制度導致了沉重的稅負，且容易滋生腐敗現象。為了改變這一狀況，吳振棫提議實行招販制度，即先徵收鹽稅，然後再進行鹽業交易。這樣不僅可以保證稅收的公平性，還能提高效率，減少中間環節的損耗。這一改革措施實施後，受到了百姓的廣泛歡迎和支援，因為這不僅減輕了民眾的負擔，還促進了鹽業市場的健康發展。

除了鹽稅改革之外，吳振棫還特別關注雲南內部的團練問題。在其他省份，團練通常作為一種民間自發組織起來的防禦力量，用於保護鄉里不受外來侵擾。但在雲南，由於歷史原因和特殊的地理環境，團練的作用卻常常適得其反。黃琮、竇墉等人在雲南組織團練，本意是為了增強地方的防禦能力，但實際上，這些團練組織的存在反而加劇了民族間的矛盾和衝突，甚至演變為一種負擔。

吳振棫認為，雲南的團練問題需要從根本上解決。他向朝廷建議，撤銷黃琮、竇墉的職務，並削減不必要的團練開支。他意識到，過度依賴團練不僅耗費了大量的人力物力資源，還可能導致地方政府失去對局面的有效控制。因此，吳振棫主張加強對團練的管理和約束，確保它們在必要時能發揮作用，而不是成為地方秩序的破壞者。

五、晚年生活：退隱後的貢獻

同治元年（1862年），吳振棫因身體狀況不佳，主動請求辭去了雲貴總督的職務。他選擇前往山西，陪伴並照顧在那裡任職雁平道的兒子吳春傑。雖然離開了中央政府的核心職位，但吳振棫的聲望和影響力並未因此減弱。相反，他仍然受到朝廷的高度信任和重視。

即便是在退居二線的狀態下，吳振棫依然被賦予了重要的使命。同治年間，黃河的防禦工作至關重要，因為黃河氾濫不僅會帶來嚴重的水災，