仕途迎來了轉折點。在遼西廣寧衛告急、王化貞棄城、熊廷弼敗退的背景下，明熹宗在眾臣的推薦下，任命孫承宗為兵部尚書兼東閣大學士，入閣參與國政。孫承宗上任伊始，即展現出其治軍理念，主張嚴明軍紀、選拔賢能，並著手彈劾了一批在遼東和西南戰事中表現不佳的官員。

不久，關於山海關外八里鋪“重關”建設的爭議浮現，孫承宗站在袁崇煥一邊，反對這一計劃，認為應積極主動防禦而非固守一隅。六月，孫承宗親赴山海關視察，面對王在晉與袁崇煥等人的分歧，他傾向於袁崇煥的主張，即救援遼西的十三山難民。在實地考察後，孫承宗對寧遠的戰略價值有了深刻認識，決定出關進一步勘察，儘管王化貞以安全為由反對，孫承宗毅然前行，確立了寧遠作為防禦後金的前沿支點。

同年八月，孫承宗在與熹宗面談後，獲得督師邊關的授權，負責山海關及周邊地區的軍務。在前往邊關之前，他上疏強調練兵選將的重要性，對王在晉的能力表示保留，而對袁崇煥給予高度評價，同時也肯定了閻鳴泰的部分品質。孫承宗自請督師，得到了熹宗的批准，他以原官職督理關城及薊、遼、天津、登、萊各處事務。

九月，孫承宗抵達山海關，面對慘淡的戰場景象，他迅速組織起重建工作。他留用了江應詔，並任命袁崇煥負責營房修繕，鹿善繼、王則古管理兵馬錢糧，杜應芳、孫元化負責軍器火藥。孫承宗整頓軍紀，罷免了失職將領，淘汰了大批無能軍官，為軍隊注入了新的活力。

在接下來的時間裡，孫承宗多次出關巡視，最終在茅元儀的建議下，確定寧遠為對抗後金的關鍵陣地。天啟三年（1623年），寧遠的重建工作正式啟動，至天啟四年（1624年）三月，寧遠城完成重建。同年九月，孫承宗再次東巡，至廣寧一帶，沿遼河下游行進，沿途震懾敵軍。次年夏天，孫承宗派遣四車營東出寧遠，分別在錦州、小淩河、松山、杏山等地駐軍，加強了前線防禦體系。

與此同時，孫承宗與登萊巡撫袁可立、總兵沈有容通訊，意圖恢復遼東半島南部的四衛（金、復、蓋、海），並利用後金內部的漢將劉興祚作為臥底。此外，孫承宗試圖利用駐守東江的總兵毛文龍牽制後金，儘管東江及登萊水師的作用主要是威懾和分散敵軍力量，但他始終將重點放在山海關至寧遠的防線上。

四、去職歸鄉

孫承宗在督師山海關期間，雖在對外防禦上取得顯著成效，卻在朝堂內部遭受重重挑戰。與閻鳴泰、張鳳翼等人的政見不合，導致了一系列的矛盾與衝突，而這些衝突往往被朝中黨爭所放大。特別是閻鳴泰與孫承宗在軍事決策上的分歧，以及張鳳翼主張保守的防禦策略，都使得孫承宗在督師期間面臨不少阻力。儘管如此，孫承宗的忠誠與才幹得到了熹宗的信任與支援，多次化解了危機。

然而，隨著齊、楚、浙等朋黨的崛起，宦官魏忠賢開始掌握大權，孫承宗的處境日益艱難。他對宦官干預軍政的堅決反對，以及對魏忠賢及其黨羽的直言批評，如勸諫熹宗解除魏忠賢的職位、停止內操等，使他成為了魏忠賢的眼中釘。孫承宗的強硬立場，加上他與東林黨人的聯絡，使得魏忠賢及其黨羽對他展開了攻擊。

天啟四年（1624年）夏，魏忠賢的同黨開始策劃驅逐孫承宗，甚至在孫承宗試圖進京面聖時，魏忠賢透過其黨羽魏廣微的通風報信，成功阻止了孫承宗的入京。孫承宗的忠貞不屈，即便在面臨巨大政治壓力的情況下，也未曾低頭，他拒絕了那些勸他向魏忠賢示弱的聲音，堅守自己的原則。

在天啟五年（1625年），孫承宗的處境進一步惡化。馬世龍在柳河之役中的失敗，成為了孫承宗去職的導火索。馬世龍的無能與驕縱被朝中言官大肆抨擊，孫承宗作為其上級，也因此受到連帶責任。面對朝野的