後跟隨吳世璠從貴陽逃回雲南，並沿途招集散逃的兵士，聚集了一兩千人的力量。到達交水（今位於雲南省曲靖市附近）後，吳應期選擇在此駐紮，並未直接前往昆明。吳應期的計劃是重新集結逃散的吳軍，企圖回到昆明發動宮廷政變，廢黜吳世璠，自己取而代之。

此時，吳氏政權的實際權力掌握在吳世璠的岳父郭壯圖手中。郭壯圖得知了吳應期的動向後，便開始策劃如何應對。他與吳將線密謀，由吳將線打著受郭壯圖派遣的旗號，率領部隊前往貴州增援，實則是前往交水對付吳應期。到達交水後，吳將線以慰勞軍隊為名，誘騙吳應期前來，趁其不備，將其逮捕，並當場用繩索勒死。

郭壯圖接到吳應期已被處死的訊息後，立即在昆明採取行動，將吳應期的兩個兒子吳世琚和吳世珵一併勒死。吳應期父子的死亡使得吳氏政權的控制權更加牢固地掌握在郭壯圖手中。吳世璠當時尚未成年，大約只有十五六歲的年紀，因此政權的重大決策幾乎都由他的岳父郭壯圖決定。

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這次內部傾軋導致骨肉相殘，不僅削弱了吳氏政權的實力，也讓人心進一步渙散，軍心和民心都受到了極大的打擊。在這樣的背景下，吳氏集團的力量愈發衰弱，無法有效地組織抵抗，為即將到來的清軍的最後攻擊埋下了伏筆。吳世璠在昆明的處境也變得更加危險，面對清軍的強大攻勢，昆明的防禦力量顯得極為脆弱。

四、負隅頑抗

康熙二十年（1681年），面對清軍的強大攻勢，吳世璠的處境愈發艱難。這一年，定遠平寇大將軍趙良棟、彰泰、賴塔等將領分別從四川、貴州、廣西三個方向向雲南進發，目標直指昆明。吳世璠深知昆明是吳氏政權的最後一道防線，因此急忙調動兵力進行防禦。

吳世璠命令夏國相、胡國柱、馬寶等人前去阻擊趙良棟所率領的清軍，而郭壯圖則負責迎戰蔡毓榮。然而，蔡毓榮採取了放火焚燒森林的戰術，破壞了吳軍的防禦工事，使得郭壯圖所部敗退。面對清軍步步逼近，吳世璠緊急調回夏國相等人回援昆明。

吳世璠親自督軍堅守昆明城中的五華山，拼死抵抗。昆明城的防禦工事十分堅固，清軍雖然多次嘗試攻城，但始終未能取得明顯進展。雙方在昆明城外僵持了數月，期間吳世璠和清軍之間的戰鬥異常激烈。

同年九月十六日，康熙帝向圍城的清軍將士下達命令，要求他們加快攻城速度，儘快拿下昆明。清軍在接到命令後，加大了對昆明的進攻力度。清軍主力部隊直抵昆明城下，吳世璠被迫派出兵力出城迎戰，在歸化寺附近與清軍進行了激烈的交鋒。儘管吳軍奮力抵抗，但最終還是被清軍擊敗。賴塔部推進至銀錠山，蔡毓榮奪取了重重關與太平橋，趙良棟、穆佔以及巡撫王繼文則佔領了玉皇閣。

在清軍的三路軍分撥後，開始了連續數日夜的猛攻。昆明城內的吳世璠和郭壯圖陷入極度恐慌之中，眼看著昆明城即將被攻破，卻找不到有效的對策。吳世璠與郭壯圖驚慌失措，無法制定出有效的防禦策略，整個昆明城陷入一片混亂之中。

五、身死城破

隨著清軍的步步緊逼，昆明城內的局勢日益緊張。清軍統帥章泰等人不僅加強了對昆明城的軍事攻勢，還採取了心理戰策略，透過向城內發射招降書的方式進一步瓦解吳軍的鬥志。城內糧食短缺，加上清軍晝夜不斷的攻擊，使得城內的軍民意識到昆明城即將淪陷，生命安全面臨嚴重威脅。

到了康熙二十年（1681年）十月二十二日，吳軍將領餘從龍、吳成鰲秘密出城向清軍投降，並將昆明城內的虛實情況一一告知了清軍統帥。得知城內已經到了山窮水盡的地步，章泰等人親自督戰，各路大軍全力猛攻，四面合圍昆明城，並秘密派遣餘從龍進城進行招撫工作。

十月二