半年內，福建多個府縣相繼被收復。朱以海親自出徵，廣發檄文號召各地紳民起事，共創大業。“解放區”不斷擴大，建寧府以及建陽、崇安、松溪、政和、壽寧、連江、長樂、永福、閩清、羅源、寧德等地均被收復。同年十月，福寧州也被明軍攻克，清朝在福建的統治陷入崩潰的邊緣。

原隆武朝大學士朱繼祚從北京回到原籍福建興化，接受了朱以海的重任，在興化城內號召起義，使得興化總兵張應元措手不及，帶著殘兵敗卒乘夜逃跑，興化城落入明軍之手。到順治五年（1648年）上半年，朱以海收復了閩東北三府一州二十七縣，省會福州幾乎成了一座孤城。為了儘快攻佔福州，朱以海親臨福州城外的閩安鎮指揮攻城，在他的激勵下，福建“義師起，八郡同日發”。

正當明朝復興形勢一片大好之際，南明朝廷的內訌再次發生。鄭彩想要架空朱以海，進而取得實際大權。順治五年（1648年），鄭彩無緣無故擊殺大學士熊汝霖，這讓義興侯鄭遵謙十分不滿，鄭彩又命人逼迫鄭遵謙投海而死。朱以海得知後大怒，指責鄭彩說：“殺忠臣以斷股肱，我活著還有什麼用？”說罷就要跳河，左右侍臣和鄭彩趕忙勸阻，最終殺了鄭彩手下十餘人了事。接著，不甘心成為傀儡的朱以海任命兵部尚書錢肅樂接任大學士，負責朝政票擬，不料，鄭彩多次欺壓錢肅樂，導致錢肅樂嘔血而亡。

清朝派精銳滿洲軍南下福建，配合浙閩總督陳錦轄下的漢軍反攻。此時，鄭彩的排斥異己使魯監國軍隊戰鬥力大減，在泉州和漳州一帶活動的鄭成功也以尊奉死去的朱聿鍵為名，拒絕接受朱以海的號令。在這種情況下，先前攻取的福建建寧、福安、羅源、寧德、政安和浙江景寧、慶元、雲和、松陽等州縣又被清軍奪去。

順治六年（1649年）正月，朱以海只好移駐福建和浙江兩省交界的沙埕，幾個月後，張名振攻取健跳所，將朱以海迎到健跳所居住。這期間鄭彩又同鄭成功火拼，被鄭成功擊敗，不得已上表求救。朱以海恨鄭彩就這樣斷送了大好的中興機會，趁機收編了鄭彩的餘部。

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六、立足舟山

順治六年（1649年）九月，朱以海的謀士張名振建議他收取被黃斌卿割據的舟山群島，再連結日本、朝鮮等國，逐步恢復失地。此時，朱以海駐紮於健跳所，這是一個位於浙江臨海縣的瀕海小地方，難以作為長期立足之地。朱以海和他的大臣們實際上經常住在船上，以防清軍來襲。

為了確保有一個可靠的基地，張名振派兵襲殺黃斌卿，接管了他的軍隊。朱以海到達舟山後，命令禮葬黃斌卿，並善待其家屬，安撫黃斌卿的舊部，給予他們賞賜。透過這種方式，舟山群島的局勢得到了穩定，朱以海歷經數年的奮鬥，終於有了一個復興的基地。

在舟山站穩腳跟後，朱以海重新整頓朝綱。他派遣使者敦請原隆武朝吏部尚書張肯堂出山擔任大學士，並對各級官員進行了合理調配。在戰略上，朱以海轉變為經略浙江，與寧波府四明山寨的王翊、王江、馮京第等義師遙相呼應，計劃在清軍勢弱時反攻大陸。此外，他還一度派遣使者前往日本尋求援助。

順治八年（1651年）八月，清朝總督陳錦等率兵進攻舟山。九月初二，舟山城陷落，朱以海在張名振、張煌言的陪同下逃往廈門，依靠鄭成功。鄭成功原是隆武政權的堅定支持者，對朱以海在大敵當前時還與隆武帝自相殘殺的行為表示不滿，認為這削弱了抗清的力量。但考慮到朱以海的身份，鄭成功還是以禮相待，並安排他居住於金門。

順治九年（1652年），由於與鄭成功之間存在衝突，朱以海自去了監國稱號，並由舊臣王忠孝、沈佺期等人照顧。這期間，朱以海一度移居南澳，不久後又回到金門。

順治十八年（166