，但就在此時，厄魯特部的墨爾根臺吉趁機侵犯涼州，導致副將陳達戰死。孫思克不得不留下參將劉選勝駐守靖遠，自己率軍返回涼州，擊退了墨爾根臺吉。

不久之後，甘州高臺附近的黃番部落也開始入侵邊境，圍攻暖泉、順德等堡。孫思克率軍前往甘州，擊退了黃番部落，隨後東渡黃河，與張勇會師，共同圍困鞏昌。當時，大將軍、貝勒洞鄂久攻秦州不下，而吳三桂的援軍也從四川趕來增援。孫思克率領兩千兵馬赴援，在秦州城西紮營，與叛軍形成對峙之勢。不久，王輔臣部將陳萬策、馬肇升投降，巴三綱逃走，清軍終於收復了秦州。

孫思克與將軍佛尼埒繼續追擊南山寇，收復了禮縣、清水、伏羌等縣。隨後，孫思克回軍鞏昌，命令陳萬策入城勸降守將陳臺孫、陳可等人，最終收復了鞏昌府十七州縣。

接下來，孫思克率軍收復靜寧，擊敗了叛將李國樑。之後，他又攻打華亭，迫使叛將高鼎投降，一路進軍至平涼城下，與貝勒洞鄂會師。叛軍出城迎戰，孫思克督軍力戰，八戰全勝，迫使叛軍挖壕溝進行防禦。孫思克指揮軍隊不斷向前推進，三次擊退叛軍，又攻破了涇州白起寨，俘虜了叛將李茂。

，！

到了康熙十五年（1676年），圖海接替洞鄂統領清軍。在一次偵察中，叛軍突然襲擊，但被孫思克擊敗，逐出十餘里。不久，王輔臣投降，孫思克返回涼州。康熙帝為了表彰孫思克的功勞，擢升他為涼州提督，並封為一等阿達哈哈番（漢文為輕車都尉）。孫思克在虎山墩之戰中受傷，請求返回本旗，但康熙帝下詔慰留。

康熙十六年（1677年），孫思克又被晉封為三等阿思哈尼哈番（漢文為男爵）。後來，面對準噶爾部的侵擾，孫思克與張勇成功將其擊退。

到了康熙十八年（1679年），康熙帝命令圖海率軍南下四川，並制定了四道進兵的策略，孫思克與將軍畢力克圖出軍略陽。但是，京城發生了地震，孫思克上書提出，鑑於漢中、興安的地勢險要以及糧草運輸不便等問題，建議暫緩出師，等待來年春季再行軍。康熙帝命學士拉隆禮到涼州斥責孫思克。儘管如此，孫思克與畢力克圖還是成功地進攻了階州，奪取了文縣、成縣、沔縣等地。

在康熙二十年（1681年），慶陽百姓耿飛聯合番族首領達爾嘉濟農發動叛亂，進犯河州。孫思克與張勇聯手平定了這場叛亂，再次展示了其卓越的軍事才能。

四、留鎮甘肅

在康熙二十二年（1683年），由於孫思克之前提出的緩師建議未被採納而導致戰局不利，清廷追論了他的責任，決定罷免他的提督之職，並剝奪了他的世職，但仍讓他繼續擔任甘肅總兵。儘管遭受了這樣的處分，孫思克依然堅守崗位，繼續為國家效力。

康熙二十三年（1684年），孫思克再次被任命為甘肅提督。這一任命表明朝廷對他的能力和忠誠度仍然予以肯定。

康熙二十九年（1690年），學士達瑚與郎中桑格在出使西域歸來途中，在嘉峪關外遭遇不幸，被西海部落的阿奇羅卜藏劫持。面對這一突發事件，孫思克果斷採取行動，派軍前往西海地區進行討伐。在戰鬥中，清軍斬首四百多敵人，併成功驅逐了阿奇羅卜藏。孫思克隨後派遣使者質問西海諸臺吉，要求他們承擔責任。面對清軍的強大壓力，西海諸臺吉感到極度恐慌，不僅抄沒了阿奇羅卜藏的家產，還賠償了清軍，以此來平息事態。

康熙三十年（1691年），孫思克向朝廷上書，提出了幾項重要的建議。他認為，為了加強嘉峪關的防禦能力，應該在該地增設一名總兵，並且增派兵力至三千人。同時，他還指出甘肅地區經濟較為貧瘠，建議在河西要地囤積糧草，以備不時之需。這些提議顯示了孫思克對於邊疆安全的高度關注和深思熟慮