，有意為宋、金之間的歷史恩怨報仇。雍正帝對此表示震驚，並指出這些指控的荒謬性。嶽鍾琪為了澄清自己的名譽，極力為自己辯護，並最終使得這些誣告得以澄清。儘管如此，這些事件還是對嶽鍾琪的仕途產生了一定的影響

雍正七年（1729年）二月，科爾沁和喀爾喀草原的緊急軍情促使雍正帝迅速作出反應，他任命黑龍江將軍、內大臣傅爾丹為靖邊大將軍，統領滿、蒙旗兵組成北路大軍；同時，嶽鍾琪被授為寧遠大將軍，統領川陝甘漢兵組成西路大軍。同年六月，朝廷派遣吏部侍郎查郎阿和刑部侍郎常齎攜帶寧遠大將軍的印信以及雍正帝特授的兵、吏兩部黃帶到陝西，在西安東郊舉行隆重的拜授儀式，正式任命嶽鍾琪為寧遠大將軍。

雍正八年（1730年）八月，嶽鍾琪下令西路大軍各部從陝西、四川、甘肅三地出發，取道河西，在巴里坤集結。出征前，雍正帝特地下旨讓嶽鍾琪的長子嶽濬（時任山東巡撫）從濟南趕來陝西，代表他送嶽鍾琪出征。

西路十六萬大軍全部集結於巴里坤。遠在準噶爾的噶爾丹策零得知清軍大舉進兵的訊息後，一方面調兵遣將準備迎戰，另一方面派遣使節進京，表示願意交出朝廷欽犯羅卜藏丹津，請求罷兵議和。雍正帝見狀，便下詔命西北兩路大軍暫緩進兵，並召兩路大軍主帥進京商議軍務。噶爾丹策零得知清軍主帥離營返京的訊息後，立即派出二萬人馬突襲清軍西路科舍圖卡倫馬廠大營。清軍西路科舍圖馬廠大營是重要的軍事基地和軍需倉庫，這裡儲存了大量的駝馬、糧草、輜重。由於事出突然，清軍毫無防備，被劫走了大量物資。清軍奮力追擊，與敵軍激戰七晝夜，終於擊潰叛軍，奪回部分物資，但損失慘重。

嶽鍾琪趕到前線帥營時已經是雍正九年（1731年）的二月。他對護理大將軍印的紀成斌的行為感到憤怒，並誓言要與噶爾丹策零決一死戰。嶽鍾琪得到情報，稱噶爾丹策零率兵十萬準備攻打吐魯番，並且敵軍前頭部隊正向阿岔山移動。嶽鍾琪認為決戰時機已到，便命樊廷、冶大雄、張元佐、馬會伯等將官率部速赴吐魯番一帶迎敵，自己則親率中軍主力從巴爾庫爾移營穆壘，準備決戰。

然而，當樊廷等部趕到吐魯番時，並未遇到噶爾丹策零的主力部隊，只與小股叛軍交鋒。噶爾丹策零意識到西路清兵乃為甘、川、青漢軍主力，戰鬥力強，於是將主力精銳佈置在北路清軍的必經之路——博克托克嶺和通呼爾哈諾爾一帶。五月，噶爾丹策零派臺吉哈蘇爾海丹詐降於北路清軍大營，誘使北路清軍主力近六萬人進入博克托克嶺峽谷，遭重兵包圍伏擊。經過十數日激戰，清軍以慘重代價衝出峽谷，且戰且退至和通呼爾哈諾爾，又被噶爾丹策零圍追堵截。戰鬥異常慘烈，清軍幾乎全軍覆沒。

與此同時，駐守吐魯番的西路清軍面臨酷暑、糧草短缺等問題，軍心不穩。嶽鍾琪派兵往吐魯番運送糧草給養，途中遭到噶爾丹策零部搶劫，損失嚴重。吐魯番屢遭叛軍騷擾，紀成斌防守的瘦集、張元佐駐防的無剋剋嶺接連被攻破。雍正帝得知後，非常不滿，下令將紀成斌斬首示軍，張元佐降職留用。

當北路清軍與噶爾丹策零激戰時，嶽鍾琪施以“圍魏救趙”之計，率西路主力迅速越穆壘過阿察，兵抵額爾穆克河，分三路向烏魯木齊城下進攻，意在分散噶爾丹策零主力，減輕北路清軍的壓力。沿途將士奮勇作戰，攻取敵寨多處，殲敵甚眾。當大軍攻進烏魯木齊時，守城叛軍聞風而逃，西路清軍佔領了新疆首府。

雍正帝對此表示讚賞，並下諭表揚嶽鍾琪“此次領兵襲擊賊眾，進退遲速，俱合時宜”。

雍正十年（1732年）十月，噶爾丹策零率領七千人馬偷襲哈密，這一突如其來的行動給清軍造成了不小的壓力。嶽鍾琪迅速作出反應，派遣總兵曹讓等將士在二堡迎