司馬睿於太寧元年（322年）因心力交瘁，帶著未能徹底穩定國家、強化皇權的遺憾，在建康宮中病逝，享年僅47歲，結束了他短暫卻充滿挑戰的帝王生涯。他的離世，既是對東晉初年複雜政治環境的真實寫照，也進一步揭示了皇權與士族權力博弈的殘酷現實。

綜上所述，司馬睿作為東晉的開國皇帝，以其獨特的政治智慧和歷史機遇，在民族危機與家族命運交織的關鍵時刻，領導了一次成功的政治重組與文化遷徙，不僅延續了晉朝的法統，更是在江南構建起了一個新的文明中心，對後續中國歷史的發展產生了深遠影響。然而，他個人的悲劇色彩同樣鮮明，終究未能實現皇權的完全獨立和穩固，這成為了東晉乃至整個六朝時期皇權與門閥士族之間複雜博弈的一個縮影。