開始在澎湖設立巡檢司，管轄澎湖、臺灣等島嶼，隸屬泉州路同安縣。當時澎湖列島有居民1600餘人，貿易至者歲常數十艘，有“泉州外府”之稱。大德元年（公元1297年），為圖琉求（今臺灣），改福建行省為福建平海行中書省，遂徙治泉州，轄諸州。大德三年二月罷，置福建宣慰司都元帥府，移治福州。大德二年（公元1298年），改泉州路總管府為泉寧府。大德三年（公元1299年），復為泉州路，隸屬江浙行省。皇慶二年（1313年），興化縣治由遊洋遷至汀溪（今莆田新縣）。民間稱前者為舊縣（今仙遊古邑），後者為新縣。延佑七年（公元1320年），泉州設都轉運鹽分司，直屬戶部，專掌場灶榷辦鹽貨及批驗鹽商引目等事。至治年間（1321～1323年），福建境內設八個路，均歸江浙行中書省管轄。興化路下領莆田、仙遊、興化三縣。至正十六年（1356年），撤福建路，成立福建省，此為福建設省的開始。至正十七年（1357年）；亦思巴奚戰爭至正十六年（1356年），復立福建行中書省，泉州路隸之。至正十八年（1358年），設立泉州分省。至正二十七年（公元1367年）十二月，吳王朱元璋命左御使大夫湯和、中書平章廖永忠率領舟師2萬人從明州（今浙江寧波）航海攻克福州。湯和遣元降官原福建行省參政袁仁招諭興化、漳、泉諸路。明洪武元年（1368年），朱元璋稱帝，國號“明”。二月，泉州路降於明。泉州置衛指揮使司，領左、右、中、前、後五千戶所，隸福建都指揮使司。這是明朝在泉州設定的第一批海防軍衛所。洪武二年（公元1369年），福建全省八路先後改為福州、建寧、延平、邵武、興化、泉州、漳州、汀州八府。改泉州路為泉州府，隸福建行中書省；罷錄事司。泉州府仍領**、南安、同安、惠安、安溪、永春、德化七縣。洪武三年（1370年），明廷在泉州設立福建市舶司，管理對琉球（今臺灣）的貿易。洪武七年（1374年）正月，罷福建（泉州）市舶司，嚴海禁以防倭寇。泉州官方海外通商貿易基本停止。洪武九年（1376年）：廢除行中書省機構，各省分別設立承宣布政使司、提刑按察司和都指揮使司等“三司”，以掌行政、司法、軍政大權，並直屬中央。布政使司下領府、州、縣。改福建行中書省為福建承宣布政使司，泉州府隸之。洪武十七年（1384年），明廷實行防倭封海，廢澎湖巡檢司。洪武二十年（1387年）明廷命江夏侯周德興到福建沿海福、興、漳、泉四府經略海防。改永寧寨為永寧衛，於浯洲置金門守禦千戶所，另築峰上、田浦、官澳、陳坑、烈嶼、祥芝等處巡檢司，屯兵駐守，以備倭寇。祥芝巡檢司並造司城，週一百五十丈，高二丈，寓鋪六，有南北二門。始築廈門城。至洪武三十一年，在泉州沿海先後增設：永寧衛，福全、崇武、中左、金門、高浦5個守禦千戶所，巡檢司45個，築衛所司城16座，以加強海防。清清承明制，全國分為十五省，實行省、府（州、廳）、縣三級制。泉州府為閩八府之一。雍正十二年（公元1734年），永春升為直隸州，德化歸其所轄。泉州府轄**、惠安、南安、安溪、同安五縣。清設興泉永道，轄泉州府、莆田縣、仙遊縣、永春直隸州和廈門。民國民國元年（公元1912年），廢州府，復縣設道。泉州初歸廈門道，後屬泉州道。民國十六年（公元1927年），廢道，設行政督察專員公署，泉州劃為第四行政督察專員公署，轄**、南安、安溪、永春、莆田、仙遊、惠安、金門（待統一）八縣。民國二十二年（1933年）閩變後成立興泉省，轄莆田泉州，設省政府於泉州，不久即廢，後改為第五行政督察專員公署，但轄縣不變，直至解放。中華人民共和國泉州於1949年9月1日解放（尚有金門縣待統一），並於9月9日設福建省第五行政督察區，轄縣依舊，轄