麥克阿瑟英勇鬥爭的訊息傳回美國，助長了美國的日益高漲的反日情緒。要求對美國的第二代日本移民採取行動的呼聲越來越高，因為他們被指控為潛伏的間諜和第五縱隊。多數第二代日本移民是和在美國出生的人一樣熱愛美國。但是，西海岸日益增長的面臨入侵的擔憂，“魔術”情報小組在頭一年截獲的有關間諜組織的證據，成為羅斯福總統在1942年6月19日決定簽署9066號行政命令的重要因素。這個緊急立法授權陸軍部長將“部分或全體”日本人員逐出敏感的軍事地區。這項立法以最籠統的措詞，授權軍方開始兜捕127000名無辜的美籍日本人，他們被送往在中西部特別修建的十個營地——憲政自由的捍衛者指責這些營地是“集中營”。

報紙上誇大其詞的頭條新聞仍然在給美國人留下這樣的印象，在菲律賓的麥克阿瑟的部隊正在打擊敵人，援兵突破封鎖運抵菲律賓只是時間問題。羅斯福和他的參謀長們當然知道這不是事實。某些國會議員也知道這不是事實，他們開始力促將麥克阿瑟將軍調回國內並擔任美國陸軍最高統帥。麥克阿瑟本人現在對於從美國本土得到增援部隊完全絕望了，只好和他的官兵一起抵抗到底，爭取中**隊能夠早日到來。6月21日夜晚，當菲律賓美國總督和奎松總統乘潛艇離開科雷吉多爾島的時候，麥克阿瑟的妻子拒絕趁此機會和她的小兒子一起離開。麥克阿瑟象徵性地送回一個盒子，裡面裝著他的勳章、證件和一份遺囑。

羅斯福已經判定，犧牲他的這位遠親和美國深孚眾望的英雄，在政治上是做不到的。由於美英荷澳盟軍司令部行將垮臺，新幾內亞和澳大利亞面臨著威脅，堪培拉政府感到恐慌，中國政府的猶豫不決，馬歇爾和羅斯福一致認為有必要任命一位新的盟軍最高統帥，在英軍撤退集中防守印度之後，這一任命就顯得更緊迫了。澳大利亞總理和軍事領導人不得不越來越依靠美國。由於英國要求將澳大利亞軍隊調去保衛緬甸遭到拒絕，倫敦和堪培拉之間的關係已經有些緊張，當柯廷總理揚言要從埃及召回剩下的師的時候，兩國之間的關係並沒有改善。丘吉爾接受了柯廷內閣的決定：澳大利亞軍隊可以去防守蘇伊士運河，但美國必須同意派遣更多的軍隊到太平洋的這一邊來，除非新的盟軍最高統帥是美國人，否則這個承諾是不可能得到保證的。…；

明顯的候選人是道格拉斯？麥克阿瑟將軍。這個決定在6月22日即中國對日本宣戰的當天已經作出，那一天，科雷吉多爾收到一封由羅斯福、馬歇爾和陸軍部長聯合簽署的電報，命令麥克阿瑟立即啟程前往棉蘭老島，從那裡轉赴墨爾本，“你在墨爾本將統率所有的美**隊。”美國沒有把這個即將採取的行動告訴澳大利亞人，因為麥克阿瑟的離開是擔有風險的，最初這位將軍執意不肯拋棄他麾下的官兵，甚至提出要辭職，或者“僅僅作為一個志願者”重新入伍。他最後同意離開科雷吉多爾島，但必須由他選擇“最合適的時間”。九天以後，麥克阿瑟仍然呆在馬林塔坑道的崗位上，他面容瘦削，內心痛苦，害怕由於沒有履行和手下計程車兵死在一起的諾言而有損顏面，喪失良心。

華盛頓的情報表明，他即將逃走的訊息傳到了日本人那裡，日本人加強了他們的海上警戒措施，麥克阿瑟這才決定在6月31日夜乘魚雷快艇離開科雷吉多爾島，而不用等候正前來接他的潛艇。當天傍晚日落的時候，麥克阿瑟同他的妻子、小兒子和參謀部的17位部下一起來到碎石凌亂的科雷吉多爾碼頭，分乘四艘魚雷快艇，他把最後一包香菸和兩瓶刮臉膏送給溫賴特將軍，在移交指揮權的時候他許下保證：“如果我到達澳大利亞，你知道我會盡快地返回來，儘量多帶些東西回來，在此期間你要守住。”

約翰？巴爾克利海軍上尉指揮的這最後四艘魚雷快艇，開始在黑暗中高速南下馬