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海戰結束後，海面上浮著殘枝斷槳，不少戰艦燃起熊熊大火，有的則慢慢沉入海底。冰冷的海水裡除了浮著的屍體，還有不少荷蘭士兵在拼死掙扎，他們抱著木頭、船板大聲的叫喊著，往來搜查的明軍一一將他們撈起來做了俘虜。

在明軍的旗艦甲板上，此刻正聚集著笑呵呵的一群人。裡邊除了鄭芝龍，鄭芝豹，以及一直沒有出現的鄭芝虎，鄭鴻逵，洪承疇等，還有一群人卻是浙江水師的金聲，申甫，沈廷揚。原來自從明荷開戰以後，福建省集結所有戰船會戰外，皇上為了確保萬無一失，特令浙江水師南下福建作戰。這一次鄭芝龍他們就是利用福建海域天氣多變的情況，由鄭芝龍率領嫡系鄭家軍誘使荷蘭人進入料羅灣，然後由鄭芝虎帶領福建水師及浙江水師等等聯軍封住出海口。一戰之下，荷蘭人全軍覆沒，六艘戰艦被俘，其餘都全部擊沉，艦隊司令普特曼斯也隨著旗艦身死其中。

“今日之功全仗各位齊心協力，咱們這就掃蕩戰場返回廈門！”鄭芝龍在裡邊官位最高，大家彼此祝賀一番後，便令返航。

明軍雖是大獲全勝，但也損失慘重。除去誘敵的時候被紅毛人擊沉無數船隻，在登艦搏擊的時候，紅毛炮火非常猛烈毛瑟槍密集射擊，使得明軍也是死傷累累。也是因為這個原因，紅毛人最後剩餘密德堡號被鄭芝龍下令用密集的炮火擊沉。

當各路水師回到廈門港口，守候在廈門的巡撫熊文燦早已得報，命人大擺慶功宴迎接鄭芝龍他們。福建沿海無不舉行集會慶賀打敗紅毛人，一直鬧了三天三夜。

明荷大海戰最終以明軍勝利，按照皇上先前的旨意，熊文燦派人到臺灣給紅毛人的總督送信，要求他們退出臺灣，賠償損失。而給皇上的捷報一早就讓人以八百里加急遞往京師。因為估計皇上會有旨意下來，前來會戰的浙江水師也留在廈門休整等待下一步的旨意。