久賀藩與幕府的結盟，尤其是公然打出了護幕討逆的旗號，給尊攘派造成了巨大的恐慌。中南各藩鎮迅速作出了反應，集結七萬餘眾，妄圖阻止幕府軍。但是仍以舊火器結合弓箭作為主要戰鬥力的藩鎮部隊，如何能跟有特種部隊跟新式火器支援的幕府軍相比？鳥羽、大屋接連兩戰，七萬藩鎮部隊傷亡殆盡，只餘下不足萬餘狼狽退到長洲藩方向去了。

這兩仗的勝利，標識著中部尊攘勢力的徹底瓦解。一路途徑的大小藩鎮，凡是有抵抗企圖的一律血屠，而那些原本保持觀望的中立藩鎮，也分別對那些藩主做出了“隱居”、“謹慎”等處罰。高壓的政策、鐵血的手段，給本州島上空籠罩了一層肅殺的氣氛，“尊王攘夷”這四個字幾乎一夜之間便已銷聲匿跡。只有那些保守勢力彈冠相慶，一邊忙不迭的派出部隊，來打打秋風，趁機分一杯羹。

八月十三，幕府軍抵達京都。數年前的安政大獄餘悸未消，這一次幕府軍又來勢洶洶，嚇得京都的維新派有如驚弓之鳥，惶惶不可終日。包括朝中的一些大臣在內，有不少人選擇了逃往西南強藩避難。但更多人已經開始暗中謀劃退路，準備投效幕府了。

在京都外休整一夜，德川慶喜代表幕府致書孝明天皇，陳明討逆主張。十四日午時，與蕭然兩人各帶百餘親隨，入朝晉見天皇。江戶時期地日本天皇不干涉政務。孝明這廝原也不過是走過場的角兒，更何況兵臨城下，嚇得兩腳發軟。

先是接見了德川慶喜，對他提出的護幕討逆，沒敢做出任何反對，關於征討西南強藩的決議，也同意即日下詔。隨後德川慶喜又陳上那一紙密約草案，直到此時孝明天皇才知道。難怪這一次幕府如此強硬，原來是大清國秘密派出了部隊，在暗中搗鬼！

其實在古代歷史上，倭奴國對中國曆來敬畏有加，雖然十六世紀曾有倭奴橫行禍亂，但在日本政府而言，中國始終是一個強大的鄰邦。直到兩次鴉片戰爭，以英法為首的西方列強洞開了中國國門，昔日風光無限地老大哥轟然倒下，令日本驚訝之餘。也開始對西方文明逐漸有了新的認識和理解，同時對清政府也產生了一度的懷疑甚至是輕視。而蕭然跟他麾下一千餘將士，這一次由北至南橫掃了大半個本州島，令孝明天皇無比震驚。

而德川慶喜心中更是清楚，前一年的中俄大戰，兇悍異常的俄羅斯戰車在大清鐵騎面前徹底滅火。幾年前窮兇極惡的逼迫日本政府簽訂《日俄親善條約》的紅毛鬼，這一次竟被殺的屁滾尿流，只有抱頭鼠竄地份兒。只短短三個多月的時間，竟一直被清軍打到了馬爾布洛山脈，重奪興安嶺直至黑龍江下游的數十萬平方公里土地，以及亞洲東端太平洋沿岸的所有碼頭！而與北海道緊鄰的庫頁島，似乎俄國人已陸續撤兵，估計不錯的話。應該是中俄已經達成了秘密軍事協定，拱手將庫頁島納還給了中國！

這意味著什麼？意味著如果清政府願意的話，從庫頁島進兵日本，一天不到的功夫就可以直接打到北海道！！！

更不用說這次討逆。德川慶喜才真正見識了清朝軍隊那異常強悍、幾乎是神級的戰鬥力。地雷、手雷、曲射炮，再加上新式步槍那指哪打哪的無序列精度射擊，就連英、法等國也沒有如此先進地武器！鳥羽、大屋兩場惡戰，面對近兩倍之敵，如果不是蕭然那支惡魔附體般的部隊，幕府軍早被人一口吃掉了！

巨大的威脅面前，根本沒有任何討價還價的餘地。而現在的德川慶喜，更寄託於清政府對維新勢力的清剿，以保證幕府地絕對權威。至於英法列強，有了清政府的武器支援，鹿死誰手還不一定呢！

迫於清政府跟幕府的雙重壓力，孝明天皇不得不在《日中親善條約》上用顫抖的手蓋上了天照大神的印璽。

隨後，在明宮秘密召見了蕭然。這完全是出於禮節上的做法，天皇不