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十四年，聖祖躬祭，屆時致齋畢，翼日昧爽，駕出西華門，至廟降，入幄次盥訖，入直殿就位上香。三皇位前，二跪六拜，奠帛、爵，讀祝，俱初獻時行。凡三獻，分獻官祀兩廡如儀。遣官則衣朝服。王、公承祭，入景德左門，升左階，位階上，餘入右門，位階下，俱三跪九拜，不飲酒、受胙，不陪祀。

十七年，禮臣議言廟祀帝王，止及開創，應增守成令闢，並罷宋臣潘美、張浚祀，從之。於是增祀商中宗、高宗，周成王、康王，漢文帝，宋仁宗，明孝宗。而遼、金、元太祖皆罷祀。聖祖嗣服，以開創功復之。

六十一年，諭：“帝王崇祀，代止一二君，或廟饗其臣子而不及其君父，是偏也。凡為天下主，除亡國暨無道被弒，悉當廟祀。有明國事，壞自萬曆、泰昌、天啟三朝，神宗、光宗、憙宗不應崇祀，咎不在愍帝也。”於是廷臣議正殿增祀夏啟、仲康、少康、杼、槐、芒、洩、不降、扃、廑、孔甲、皋、發，商太甲、沃丁、太庚、小甲、雍己、太戊、仲丁、外壬、河亶甲、祖乙、祖辛、沃甲、祖丁、南庚、陽甲、盤庚、小辛、小乙、武丁、祖庚、祖甲、廩辛、庚丁、太丁、帝乙，周成王、康王、昭王、穆王、共王、懿王、孝王、夷王、宣王、平王、桓王、莊王、僖王、惠王、襄王、頃王、匡王、定王、簡王、靈王、景王、悼王、敬王、元王、貞定王、考王、威烈王、安王、烈王、顯王、慎靚王，漢惠帝、文帝、景帝、武帝、昭帝、宣帝、元帝、成帝、哀帝、明帝、章帝、和帝、殤帝、安帝、順帝、衝帝、桓帝、靈帝、昭烈帝，唐高祖、高宗、睿宗、玄宗、肅宗、代宗、德宗、順宗、穆宗、文宗、武宗、宣宗、懿宗、僖宗，遼太宗、景宗、聖宗、興宗、道宗，宋太宗、真宗、仁宗、英宗、神宗、哲宗、高宗、孝宗、光宗、寧宗、理宗、度宗、端宗，金太宗、章宗、宣宗，元太宗、定宗、憲宗、成宗、武宗、仁宗、泰定帝、文宗、寧宗，明成祖、仁宗、宣宗、英宗、景帝、憲宗、孝宗、武宗、世宗、穆宗、愍帝，凡百四十三位。其從祀功臣，增黃帝臣倉頡，商仲虺，周畢公高、呂侯、仲山甫、尹吉甫，漢劉章、魏相、丙吉、耿弇、馬援、趙雲，唐狄仁傑、宋璟、姚崇、李泌、陸贄、裴度，宋呂蒙正、李沆、寇準、王曾、范仲淹、富弼、韓琦、文彥博、司馬光、李綱、趙鼎、文天祥，金呼嚕，元博果密、托克托，明常遇春、李文忠、楊士奇、楊榮、于謙、李賢、劉大夏，凡四十人。是歲，世宗御極，依議行，增置神主，為文鑱之石。

乾隆元年，諡明建文帝曰恭閔惠皇帝，廟祀之，位次太祖。復定帝王廟鹿脯、鹿醢，增鹿一，兩廡易醓醢，增豕一。十四年，以唐、虞五臣唯契未祀，乃建殿成湯廟後，有司致饗，如孔廟崇聖祠制。初，帝王廟正殿用青綠琉璃瓦，至十八年重修，改覆黃瓦。

四十九年，諭廷臣：“曩時皇祖敕議增祀，聖訓至公，而陳議者未能曲體，乃列遼、金二朝，而遺東西晉、元魏、前後五代。謂南北朝偏安，則遼、金亦未奄有中夏。即兩晉諸代，因篡而斥，不知三國正統，本在昭烈。至司馬氏以還，南朝神器數易，宋武帝手移晉祚，篡奪無所逃罪，其他祖宗得國不正，子孫但能守成，即為中主。且蜀漢至初唐不乏賢君，安可闕略！洎硃溫以下，或起寇竊，或為叛臣，五十餘年，國統不絕如線。周世宗藉餘業，擴疆宇，卓然可稱，而斥擯弗列，此數百年間，祀典闃如，又豈千秋公論？他若元魏雄據河北，太武、道武，胥勤治理，並宜表章。昔楊維楨著正統辨，謂正統在宋不在遼、金、元，其說甚當。今通禮祀遼、金，黜兩晉諸代，使後世疑本朝區分南北，非禮意也。明神、憙二宗，法紀墜失，愍帝嗣統，事無可為，雖國覆身殉，未可以荒淫例。皇祖徹神、憙，祀愍帝，具見大公。乃議者