提督及左右二路總兵官，七年罷之。設總兵官一人，轄中左右水師三營，兵三千人。春秋二汛，率戰船出洋巡緝。其戰船之數，隨時增改。順治三年，水師左右二營，大小戰船五十二艘。九年，定海鎮左右二營，戰船四十九艘。十四年，水師左右前後四營，戰船二百二艘。康熙元年，水師前左右三營，戰船一百七十三艘。九年，定海鎮中左右三營，戰船八十艘，增設哨船二十艘。歷年裁汰，定為水艍船十二艘，犁繒船七號水艘中艍船一艘，中號犁繒船五艘，沙船七艘，雙篷艍船十三艘，唬船二艘，哨船二十艘。象山城守營，設副將各官，哨船四艘，海口汛兵一百五十人，哨船十艘。雍正四年，裁存四艘。昌石營，設都司等官，汛兵五百六十五人，戰船六艘。鎮海營，原設定海水師左右二營。雍正二年，改設鎮海營參將各官，汛兵二百三十五人，哨船八艘。

台州府，順治十四年，設寧臺總鎮。十五年，改水師提督。尋改總兵。設黃岩鎮標三營，水師二千七百七十五人，戰哨船二十五艘。海門駐遊擊等官。前所駐都司等官。右營分防海洋七汛：玉環山、幹江、雞齊山、標桃嶼、石塘、龍王堂、沙護。中營分防海洋六汛：郎幾山、黃礁門、深門、三山、老鼠嶼、川礁。左營分防海洋八汛：聖堂門、米篩門、白岱門、牛頭門、靖寇門、狗頭門山、茶盤山、迷江山。

溫州府，順治三年，設副將各官。十三年，改總兵官，設鎮標中左右水師三營，戰哨船二十二艘。中營水戰兵六十五人，守兵一百五十二人，戰船九艘，快哨船二艘，釣船三艘。分巡二處：一專防三盤口，水師百六十二人，戰船二艘；一專防長沙海洋，水師一百二十八人，沙戰船二艘。分防汛地凡七：曰霓岙、黃大岙、三盤、大門、長沙、鹿西、雙排。左營水戰兵六十八人，守兵一百七十三人，戰船九艘，快哨船二艘。分巡二處：一專防鳳山汛，一專防南龍海洋。分防汛地凡五：曰鳳皇山、銅盤山、南龍山、大瞿山、白腦門。右營轄陸地汛兵。瑞安水師營，設副將各官，水戰兵九十八人，守兵一百四十三人，內洋巡哨戰船四艘，外洋巡哨戰船五艘，快哨船四艘，釣船二艘。分巡二處：一專防北關洋，水師七十人，戰船一艘；一專防官山洋，水師五十人，戰船一艘。分防汛地凡六：曰北關、官山、金鄉岙、琵琶山、南鹿山、四大嶼。玉環水師營，設參將等官，水戰兵一百四十五人，守兵二百五十四人，八槳船四艘，戰船四艘，快哨船四艘。左營轄陸地汛兵。右營水師一百八十四人，戰船四艘。分巡二處：一專防坎門，水師六十五人，戰船一艘；一專防長嶼，水師三十四人，戰船一艘。內洋凡三汛：曰烏洋、梁灣、黃門。外洋一汛，曰沙頭。左右營率水師一百八十四人，戰船一艘，輪巡洋麵。又江口水師一百八十四人，戰船四艘。

雍正二年，額定四種戰船：曰水艍船，曰趕繒船，曰雙篷船，曰快哨船。其六槳船、八槳船，雍正七年後所增設也。

福建水師，順治十三年，始設福建水師三千人，唬船、哨船、趕繒船、雙篷船百餘艘。康熙二十四年，裁撤雙篷船八十艘，以二十艘分防颱灣及澎湖島。雍正三年，於福州、漳州、臺灣三處各設船廠，製造外海內河大小戰船。七年，設泉州船廠，修造各提、鎮、協標水師戰船。福州船廠承修四十六艘。泉州船廠承修四十八艘。漳州船廠承修五十二艘。臺灣船廠承修九十六艘。乾隆十六年，令三江口戰船按季燂洗。三十三年，裁撤哨船五十艘。嘉慶四年，令戰船悉改同安船式。五年，裁撤內地額設戰船三十艘，增造米艇船三十艘，編為勝