楊光先請誅邪教，鐫若望職。至是以光先為監副，尋升監正，仍用回回法。南懷仁具疏訟冤。八年，復罷光先，以南懷仁充漢監正，更名監修，用西法如初。雍正三年，實授西人戴進賢監正，去監修名。八年，增置西洋監副一人。乾隆四年，置漢算學助教一人，隸國子監。十年，定監副以滿、漢、西洋分用。十八年省滿、漢各一人，增西洋二人，分左、右。四十四年，更命親王領之。道光六年，仍定滿、漢監正各一人，左、右監副各二人。時西人高拱宸等或歸或沒，本監已諳西法，遂止外人入官。光緒三十一年，改國子監助教始來隸。

太醫院管理院事王大臣一人。特簡。院使，初制正五品。宣統元年升正四品。左、右院判，初制正六品。宣統元年升正五品。俱漢一人。其屬：御醫十有三人，內兼首領�事二人。初制正八品。雍正七年升七品，給六品冠帶。宣統元年升正六品。吏目二十有六人，內兼首領�事一人。初制八、九品各十有三人。宣統元年，改八品為七品，九品為八品。醫士二十人，內兼首領�事一人，給從九品冠帶。醫生三十人。

院使、院判掌考九科之法，帥屬供醫事。御醫、吏目、醫士各專一科，曰大方脈、小方脈、傷寒科、婦人科、瘡瘍科、針灸科、眼科、咽喉科、正骨科，是為九科。初設十一科。後痘疹科歸小方脈，咽喉、口齒併為一科。掌分班侍直，給事宮中曰宮直，給事外廷曰六直。西苑壽樂房以本院官二人直宿。

順治元年，置院使，左、右院判各一人，吏目三十人，十八年省二十人，康熙九年復故。十四年省十人，雍正元年又復。豫授吏目十人，十八年省。康熙九年復故，三十一年又省。御醫十人，康熙五十三年省二人。雍正元年復故，七年增五人。道光二十三年省二人。醫士二十人。十八年省二十人。康熙九年復故，十四年省十人。雍正元年增二十人。凡藥材出入隸禮部。十六年，改歸本院。十八年，生藥庫復隸禮部。康熙三年，定直省歲解藥材，並折色錢糧，由戶部收儲付庫。雍正七年，定八品吏目十人，九品二十人。後定各十三人。乾隆五十八年，命內府大臣領院務。宣統元年，院使張仲元疏請變通舊制，特崇院使以次各官品秩。初制，入院肄業，考補恩糧，歷時甚久，軍營、刑獄醫士悉由院簡選。光緒末葉，民政部醫官，陸軍部軍醫司長，與院使、院判品秩相等。至是釐定，崇內廷體制也。又定製，院官遷轉不離本署。同治間，曾議吏目食俸六年，升用按察司經歷、州判。嗣以與素所治相剌，乃寢。

壇廟官天壇尉，地壇尉，各八人。五品一人，六品七人。太廟尉十人。四品二人，五品八人。社稷壇尉五人。五品一人，六品四人，並隸太常寺。堂子尉八人。七品二人，八品六人，隸禮部。俱滿員。掌管鑰，守衛直宿，朔望奉薌以行禮。天壇、地壇、朝日壇、夕月壇、先農壇，各祠祭署奉祀、從七品。祀丞，從八品。俱各一人。日、月二壇祀丞後省。帝王廟祠祭署無專員。以漢贊禮郎、司樂內一人委充，並隸樂部。俱漢員。掌典守神庫，以時巡視，督役氾埽；凡葺治牆宇、樹藝林木，並敬供厥事。四品尉以五品序升，其下以是為差。唯太廟尉以各壇六品尉及各部院休致郎員間次選授。六品等尉吏部牒八旗番送除授，奉祀以祀丞序升，祀丞以祝版生番選除授。

陵寢官三陵總理事務大臣，盛京將軍兼充。光緒三十年改歸東三省總督。承辦事務衙門大臣，光緒三十一年，改盛京守護大臣置。各一人。主事，委署主事，各一人。讀祝官八人。贊禮郎十有六人。四品、五品、七品官各一人，六品官四人，外郎九人。舊置戶部六品官二人。禮部六、七品官，工部四、五、六品官，各一人。又戶、禮、工三部外郎二十人。光緒三十一年，省外郎十有一人。自讀祝以下，並改隸三陵總理事務衙門。永陵：掌關防官，四品。副關防官