廷芳駮以停戰至十四夜子刻為止，乃聽稍緩。亥刻換訖，伊東美久治即行。會臺灣民變，將劫唐景崧、劉永福守臺，別求各國查照公法，從公剖斷。於是日派水師提督樺山資紀赴臺，限日交割。政府乃派李經芳為交付臺灣大臣。經芳之澎湖，與樺山指交於舟次。自是臺灣屬日矣。

尋議還遼，日派林董為全權，與李鴻章議商，辯論久不決。嗣定議分為六款：一，還遼南地；二，償兵費三千萬；三，交款三個月以內撤兵；四，寬貸日本軍隊佔踞之間所有關涉日本之中國臣民；五，漢文、日本文遇有解譯不同之處，以英文為憑；六，兩國批准自署名蓋印之日起，遂在北京互換。復訂專條，於定議五日內互相達知，以期迅速。是為中日遼南條約。

先是中日新約第六款所列各條，如蘇州、杭州、重慶、沙市等處添設口岸，聽其任便往來；第二條，日本輪船得駛入各口搭客運貨；第三條，日本臣民得在中國內地購買經工貨件若自生之物；第四條，日本臣民得在中國製造各項工藝，又得將各項機器裝運進口，止交進口稅，日本在中國製造一切貨物，即照日本運入中國貨物一體辦理等節：朝廷因損失利權，欲挽救之。又值通商行船章程將開議，乃命中外臣工籌議。廖壽豐、譚繼洵、鹿傳霖均有論奏，而張之洞言尤切直，並擬辦法十九條，電總署代奏：“一，寧波口岸並無租界名目，洋商所居地在江北岸，即名曰洋人寄居之地，其巡捕一切，由浙海關道出費僱募洋人充當。今日本新開蘇、杭、沙市三處口岸，系在內地，與海口不同，應照寧波章程，不設租界名目，但指定地段縱橫四至，名為通商場。其地方人民管轄之權，仍歸中國，其巡捕、緝匪、修路一切，俱由地方官出資募人辦理，不準日人自設巡捕，以免侵我轄地之權。二，製造貨物，自系單指通商口岸而言，華文有含混內地之意，須更正。‘任便’兩字太寬，宜議定限制。三，出示曉諭產貨地方，須先完坐賈釐捐，方準售賣。無論洋商、華商，一律辦理。日本人在內地購買土貨，只可暫行租棧存放，不準自行開行，及自向散戶收買，以免奪我產貨地方坐賈釐稅，且杜華商影射洋票漏釐。四，內地收買土貨，準其租棧暫存，不準購買房地、懸掛招牌。所買土貨，務須運載出口，不得在內地轉售。洋貨運入內地，須大宗販賣，不準零售。租棧應給地方公舉費用，須照華民房屋一律攤派。五，日本人在內地製造土貨，出廠後即完正稅一道，運出通商地界，無論行銷內地及運出外洋，均須再完半稅一道。六，通商章程善後條約第二款所載各項器用食物進口，通商各口皆準免稅，原為洋商在各口岸自用。若作貨物轉售，應照值百抽五納稅，不得藉口家用雜物矇混免稅。七，日本輪船不準販運食鹽。八，米穀、銅錢不準販運出洋。九，軍火禁販，非有官買執照，不準進口。十，日本輪船不準拖帶民船，免致影射漏釐。十一，日本行內河輪船，尺寸大小、時刻早晚，須有限制，以免傷礙民船。十二，日本輪船隻準到指定口岸裝卸人貨，不準沿途起卸搭載。十三，內河輪船應收船鈔，須較長江加多，以備修理河道之費。十四，日本人入內地辦貨賣貨，不準薙髮改為華裝，違者查出即作華人照奸細治罪。十五，僱用華民工作，須按日給值，聽其自原，不得立約限期，抑勒作工，鞭撻虐待。十六，裝運機器，製造各物，須無傷民命，方能照準，不得以‘任便’兩字藉口。十七，船隻非日本商人購置，行戶藉日本商資本不得懸掛日本旗，若有冒名包庇，查出即行充公。十八，製造各廠，如有藏匿犯法華人，一面由地方官知照領事，一面即派人到廠緝拏，廠主不得袒庇。如廠主確知為好人，須照洋例存銀作保，到審訊日交出候審。十九，廠內如有華工滋鬧，毀傷機器廠屋，地方官只能辦犯，不能賠償。若僅罷工細故，應由廠主自行調停，官不與聞。”於是派張廕桓為全權大臣，與日本使臣林董