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正所謂一個好漢三個幫，在諸葛亮出任冀州牧的同時，元起還為他留下了三位好幫手。諸葛亮的好友徐庶被元起提升為冀州牧長史，協助諸葛亮處理冀州的內外事務；同時度遼將軍張縱以及安北將軍徐擋也被留了下來，負責訓練軍士，統率部隊，並肩負著抵禦宇宮照烈的潛在任務。

上任之後，諸葛亮在元起的授意下，對冀州進行了大刀闊斧的改革。首先，諸葛亮傳檄鎮守在魏郡的宇宮洪，要求他退出冀州，保全冀州的領土完整。宇宮洪很快給諸葛亮回了一封書信，說茲事體大，他不能做主，要向宇宮照烈申請命令，請諸葛亮耐心等候。對此，諸葛亮倒是並沒有很在意，宇宮洪的表現在他的意料之中。不過諸葛亮相信，宇宮照烈一定還沒做好和燕軍開戰的準備，大戰過後，無論是宇宮照烈還是燕軍，都需要休整，以宇宮照烈的精明，他絕不會在這個時候霸佔著魏郡不放的。那樣就等於是向元起發起挑戰了，要回魏郡只是遲早的事。

其次，諸葛亮對剛剛結束的大戰做了一次徹底的清查，在這次大戰中，共計俘虜了三十三萬降軍，另斬首十萬餘人。在處理俘虜的問題上，諸葛亮秉承了元起去蕪存菁的做法，從中挑選出精壯十八萬，其餘的人一半遣散回故鄉，讓他們回鄉務農；另外一半則是連同家小一起打點行裝，準備遷居到燕京及周邊各郡縣去，以加強燕京地區的勞力。帶動幽州的經濟發展，儘快從整體上趕超冀州。那些從袁丁麾下投降過來的官吏，元起則是專門成立了一個考核組，對他們進行考核，只有才能和人品都過關的人，才會官復原職，甚至還會得到升遷，而那些不合格的人。對不起，燕王府可不是可養閒人的地方。另外，燕軍在這一戰中犧牲的人數，也被清點了出來，自從元起組建軍隊開始，這一戰的損失是最大的，有四萬多人戰死在了沙場。四支精銳也受到了不同程度的折損，其中尤以麒麟軍傷亡最大，戰損超過五千。對這些戰死的將士，諸葛亮把他們的名字書寫造冊。一邊讓工匠在忠烈碑上鐫刻他們的名字，一邊在冀州的府庫中調撥大量的錢糧，向戰死將士的家屬發放撫卹金。

清點好了戰損之後，諸葛亮又把整頓的方向，對準了冀州內部的各個士族。一些奉公守法計程車族，諸葛亮沒有動他們；而大部分剝削老百姓、靠吸食老百姓血汗度日計程車族，卻遭到了諸葛亮的嚴厲打擊，張縱在諸葛亮的命令下，對那些無惡不作計程車族進行了抄家，把他們霸佔的良田重新分發到冀州百姓的手中，然後把他們驅除出冀州。至於個別罪大惡極，讓老百姓怨聲載道計程車族，諸葛亮毫不留情，直接讓張縱推送到鄴城的廣場上，當著老百姓們的面，開刀問斬。在把良田和錢糧分發給老百姓們之後，從那些士族家中抄出來的各種財富、物資，依然堆積如山，讓元起不由得發出一夜暴富的感嘆。諸葛亮對士族的一系列措施，讓那些比較善良計程車族們心悅誠服，同時也讓冀州的數百萬百姓很快安定了下來，徹底走出了戰爭的陰影，真心實意的擁戴起燕軍來。

最後一個整頓的方向，諸葛亮放在了冀州境內的軍民身上。這一點也是元起最先提出來的，每佔據一個州，元起都會讓人普查人口，並登記在冊。現在，諸葛亮也進行了同樣的工作。經過數日忙碌的普查，冀州的人口終於得到了一個比較詳實的資料，軍士的數量就不用說了，前面已經說過了，是十八萬，當然這是不算各地郡兵在內的