與西方世界的同化，透過中華民國那層現代面紗，一種“準大一統”的容貌仍然歷歷可辨。彷彿與上述兩大變化相抗衡，近代知識分子又面臨著兩大傳統的困境：其一，文化結構的半獨立性。“古人論秦以不養客而亡，今客有不待國家之養而自養者，……然今乃有人專以斷絕社會生利自養之途為快，則餘固莫之何已”。不是麼？民初北京的民營報紙雖然繁榮，然而絕大多數都有一定的政治背景，即令主觀上想潔身自好，軍閥政客們也絕對不容許你“生利自養”。難怪黃遠生要喟然嘆曰：辛亥革命後，吾“立意不作官，不作議員，而遁人於報館與律師，然其滋味乃正復與官相同”！其二，意識形態結構的半自由化。“餘於前清時為新聞記者，指斥乘輿，指斥權貴，肆其不法律之自由，而乃無害。及於民國，極思尊重法律上之自由矣，顧其自由不及前清遠甚，豈中國固只容無法律之自由，不容有法律之自由乎”？報人們的膽戰心驚並非毫無緣由，翻版的文字獄在近代真是屢見不鮮，像沈藎、邵飄萍、林白水、史量才等都因爭取言論自由而慘遭殺戮。

這樣，近代知識分子一方面是取得了一定的職業和經濟自主，另一方面卻享受不到獨立於政治的實際保障；一方面是精神和心靈的自由解放，另一方面卻遭受外界環境的殘酷壓抑，這種種極不和諧的命運遭際，就在黃遠生他們的內心深處挑起了緊張的心理衝突，陷入欲擺脫恥辱的依附似乎又擺脫不得、渴望靈魂自由而又有所恐懼的矛盾心境，從而發生了自我的痛苦分裂，致使“靈魂為軀殼所囚獄”。

其次是個人內心的黑暗。黃遠生的自責並非僅止於為袁氏稱帝敷衍為文，而是由此發掘“心理墮落”的不自覺歷程及其病灶。他的良心猶如一個大義滅親的無情法官，狠狠抖落了另一個黃遠生少年以來的全部“穢史”：十七歲時充當南洋公學罷###動的學生領袖，電賀發起“學界革命”的南洋公學全體學生“脫離專制學校之苦”，但不久竟主動去投考“專制學校”南洋公學；明明內心渴慕新學，厭惡舊學，卻拗不過“家人所促迫，而陷入科舉”；雖然早就“立意不作官”，但自日本歸國後為謀生計卻又不得不廁身官場，“以極可愛之青年光陰，而潦倒於京曹”……最後，良心的法庭對自我作出瞭如下評判：

綜其平生受病之原，不外於理欲交戰。……理不勝欲，故以墮落，欲又不能勝理，故以苦痛。愈苦痛則愈墮落，愈墮落則愈苦痛。二者迴圈相生，擾擾不絕，遂令一生非驢非馬，既不能為真小人，亦不能為真君子。推究病根所在，由於生活太高，嗜慾太廣，思想太復，道力太乏而已。

黃遠生自責的勇氣不謂不強，病根之發掘亦不謂不深，但將一切歸咎於“理欲交戰”似乎總缺點什麼背景的襯托。應該注意到，他所處的時代正是一個新舊交替的過渡時代，誠如遠生所述：“自西方文化輸入以來，新舊之衝突，莫甚於今日。”（《新舊思想之衝突》）不僅時代如此，而且這個時代人們的內心又何嘗不翻騰著新舊衝突之波瀾？這在有著從進士到記者生涯的遠生身上表現尤甚。他曾經吐露過自己在“過渡時代之悲哀”：“吾人以一身立於過去遺骸與將來胚胎之中間，赤手空拳，無一物可把持，徒彷徨於過渡之時期中而已。”（《想影錄》）他的苦悶、他的彷徨實際都淵源於此：未來之新觀念、新人格雖心嚮往之，卻僅是“胚胎”而已，瀕死的舊文化、舊心態雖已成“遺骸”，卻依然寄生於彼。他是清醒的，但清醒