這一時期，太平軍取得了重大勝利，在德安擊敗了湖廣總督楊霈，連續第四次攻克漢陽、漢口，並第三次佔領武昌。局勢變得異常嚴峻，以至於新任湖廣總督官文上任後，湖北巡撫的實際控制範圍僅限於省會附近三十里以內，且軍事行動所需的經費嚴重不足，不得不依賴湖南的支援，但即便如此，資金缺口依然很大，軍隊欠餉數月之久。為了維持士氣，胡林翼甚至動用了個人財產來支付部分軍費，這顯示了他在困難時期的決心與擔當。

當時，湖北軍政體制混亂，督撫之間各自為政，下游地區如武漢、黃州等地的防務及補給工作由胡林翼負責，而上游荊州、宜昌等地則歸官文管轄。這種分割管理導致協調不力，相互間缺乏有效合作。此外，軍官之間也存在矛盾，影響了整體戰鬥力。面對這樣的困境，胡林翼感到十分沮喪，多次嘗試發動攻勢卻未能取得預期效果。

八月，當胡林翼親臨前線指揮作戰時，發生了士兵因長期欠餉而拒絕服從命令的情況，最終導致了一場未戰先潰的慘劇。這次事件讓胡林翼深受打擊，他曾一度想要以身殉職。不過，經過反思後，他決定採取更加嚴厲的措施整頓軍隊，包括裁撤不合格人員並招募新鮮血液。同時，他還請求調遣羅澤南部隊前來支援，從而穩定住了局勢。

儘管遭遇了一系列挫折，胡林翼並未放棄努力。相反，他調整策略，轉而採用圍困戰術對付敵人。透過構築堅固的防線封鎖城市，逐步消耗對方資源。這一戰略轉變最終證明是有效的。到了咸豐六年（1856年）十一月，經過近一年的努力，胡林翼領導下的清軍成功收復了武漢。這場勝利不僅極大地提升了士氣，也為他贏得了朝廷的高度認可——正式授予其湖北巡撫職位

五、總攬軍政

在胡林翼擔任湖北巡撫期間，他與湖廣總督官文之間的關係一度緊張。兩人各自管轄不同的區域，因徵兵調餉等事務頻繁發生衝突。武昌被收復後，雙方均移駐武昌，但矛盾並未因此緩解。官文對胡林翼三次登門拜訪均遭拒絕，這進一步加劇了雙方的對立。官文字人對於政事不聞不問，生活奢侈無度，而他的幕友和家丁則包攬了大部分政務，這種局面讓胡林翼感到十分不滿。

然而，在閻敬銘的勸說下，胡林翼逐漸意識到與官文建立良好關係的重要性。為了緩和緊張局勢並確保湖北地區的穩定，胡林翼決定主動示好，每月奉送白銀三千兩，並與官文結為異姓兄弟。此外，他還安排官文的寵妾拜自己的母親為義母，以此加深兩家的關係。透過這些舉措，胡林翼成功地改善了與官文的關係，使得雙方能夠更加緊密地合作，共同應對太平天國的威脅。

從此以後，凡是涉及東南各省疆吏、將帥的人事調動以及全域性性的軍事部署，胡林翼都會與官文協商後再上奏朝廷。特別是在一些敏感問題上，胡林翼會利用官文的身份來提出建議或請求，以達到更好的效果。例如，在推薦人才或者報告戰果時，雖然實際工作多由胡林翼主持，但名義上總是將官文的名字列在首位，這樣既維護了官文的面子，又保證了決策的有效實施。

當太平軍失守武漢後，他們在湖北其他據點也相繼喪失，被迫向東撤退。胡林翼根據“東征之師恃武漢為本，平吳之策先保鄂郡”的戰略思路，決定鞏固湖北作為湘軍的重要基地。為此，他不僅擴大了軍事上的勝利，肅清了湖北全境，還親自留在省城管理政務，從多個方面加強了對湖北的控制。同時，胡林翼迅速調動鄂軍主力前往九江，扼守湖北東部門戶，防止太平軍重新西進。這一系列措施有效地保障了湖北的安全，也為後續的戰略行動奠定了基礎。1858年四月，鄂軍成功奪下九江，標誌著湘軍在戰場上取得了重要的轉機。由於排程有方，胡林翼被賞加太子少保銜。

同年秋天，胡林翼的母親在武昌病逝，他扶柩回