並未因此氣餒，他深知自己在內閣中的地位仍有待提升，而這也是他進一步施展抱負的機會。

四、鬥爭言官

萬曆十年（1582年）的夏天，隨著張居正的離世，朝廷內的權力格局發生了顯著的變化。張居正去世不久，便遭到了反對派的猛烈攻擊，其政策和影響力被逐一清算。張四維接替張居正成為內閣首輔，但次年，因父親去世，他也不得不回鄉守喪，留下了一個權力真空。此時，呂調陽和馬自強相繼病逝，使得內閣中資深的閣臣只剩下申時行一人。申時行自然而然地接過了內閣首輔的位置，開始了他領導下的政治新時代。

申時行面臨的內閣包括了新晉的餘有丁、許國、王錫爵和王家屏四位閣臣。其中，許國和王錫爵與申時行同為南直隸人士，彼此間的關係十分緊密，而王錫爵更是由御史李植等人推薦入閣，原本意圖是牽制申時行，結果卻成為了申時行的堅定支持者。餘有丁和王家屏在這樣的聯盟面前顯得勢單力薄，不得不依附於申時行的勢力之下。申時行藉此有效掌握了內閣的主導權。

然而，申時行的執政並非一帆風順。在張居正去世後，反對派對他的政策進行了清算，神宗皇帝甚至下令追革張居正的官銜，廢止其改革措施。申時行雖然並不完全贊同張四維對張居正的全面否定，但在接任首輔後，為了穩定局勢，他還是選擇了寬大處理，起用了穩重守成的官員，開放言路，這一系列舉措贏得了朝中大部分官員的讚許。

但是，隨著言路的開放，御史、給事中等言官變得活躍起來，他們開始對張居正執政時期的政策進行批評，甚至波及到了申時行本人。申時行起初試圖以寬容的姿態應對，但內心的不滿逐漸積累，最終爆發。從萬曆十二年（1584年）開始，申時行開始直接對抗言官，尤其是針對那些批評張居正並且間接指責他本人的言論，他採取了強硬的措施，力求貶黜這些官員。

一個典型的案例是“高啟愚案”。御史丁此呂指控禮部侍郎高啟愚在主持南直隸鄉試時，透過題目《舜亦以命禹》暗示張居正當皇帝，這一指控直接觸及了申時行的底線。申時行認為這種含糊不清的指控不應成為迫害官員的理由，他和吏部尚書楊巍聯手，建議將丁此呂調離京師，但這一提議引起了言官們的強烈反彈，導致了一場激烈的爭鬥。

神宗皇帝最初支援申時行，但面對言官的持續抗議，他改變主意，決定罷免高啟愚，保留丁此呂的職位。申時行見狀，與楊巍一同提出辭職，以此向神宗施壓。許國作為申時行的盟友，也 上 疏 辭官，進一步加劇了局勢的緊張。最終，神宗維持了原判，將丁此呂貶出京師，但這並沒有平息言官與閣臣之間的對立，雙方的矛盾反而更加尖銳，內閣與言官之間的鬥爭達到了高潮。

五、皇儲問題

萬曆年間，明朝宮廷內圍繞皇儲問題爆發了一場激烈的政治風暴，這場風暴的核心是神宗皇帝對皇長子朱常洛與寵妃鄭貴妃之子朱常洵的偏愛。朱常洛的母親，王氏，原是慈聖皇太后身邊的侍女，一次偶然的機會，神宗與王氏相遇並有了朱常洛。然而，神宗對王氏及其兒子並無太多感情。相比之下，他深愛著鄭貴妃，並對鄭貴妃所生的朱常洵寄予厚望，有意將其立為皇儲，這直接違背了傳統的“立嫡以長”的原則，引起了朝野的極大關注。

內閣首輔申時行身處這場政治旋渦的中心。一方面，他意識到神宗的意願，另一方面，他也深知朝中大臣對長子繼承的傳統觀念根深蒂固。申時行在權衡利弊後，採取了騎牆的策略，試圖在皇帝和朝臣之間尋找平衡點。他表面上贊同群臣立朱常洛為皇儲的請求，暗地裡卻向神宗表達支援朱常洵的立場。

群臣見神宗對朱常洛的皇儲地位遲遲不予確認，開始將矛頭轉向鄭貴妃，指責她干預朝政，這引起了神宗的強烈