管如此，神宗的態度未曾改變，內閣始終維持著方從哲一人輔政的局面，直至萬曆帝駕崩，泰昌帝即位，方從哲才得以卸下獨相的重任。

三、入閣期間

方從哲入閣輔政之際，明朝正面臨一系列內憂外患。從東宮講讀的中斷，到皇家婚事的延誤，乃至地方賦稅、災變頻發，方從哲均屢次上奏，力圖勸諫皇帝，但大多數情況下，他的建議並未得到積極回應。儘管方從哲在朝中不乏支持者，但他的勸諫往往流於表面，實質上並未對皇權形成有效制約，也未能從根本上解決國家的諸多問題。

在方從哲輔政時期，朝廷的黨爭氛圍有所緩和，這在一定程度上是因為言官中已缺乏真正敢於直言的清流派。然而，這種平靜背後，是齊楚浙三黨的崛起，特別是方從哲的門生亓詩教，作為齊黨成員，其影響力日益顯著，加劇了朝廷內部的派系鬥爭。

方從哲執政期間，皇帝的怠政傾向愈發明顯，國家機器運轉不暢，從中央到地方，各級官員大量空缺，國家政務陷入癱瘓狀態。[6]與此同時，邊疆危機不斷升級，萬曆四十六年（1618年），大清軍隊攻佔撫順，朝野震驚，但皇帝的應變措施遲緩無力。[7]方從哲之子方世鴻的殺人案更是讓其陷入輿論漩渦，儘管方從哲請辭，但皇帝並未批准。

面對國家的重重危機，方從哲的應對顯得乏力且被動，他雖多次請求罷免，但皇帝的挽留讓他難以抽身。在遼東戰場，明朝軍隊連連失利，方從哲雖上奏請求對策，但皇帝的冷漠回應使局勢進一步惡化。遼陽的失陷，被視為明朝滅亡的前兆，而方從哲作為輔政首輔，難辭其咎。

萬曆四十八年（1620年），當皇帝病重之時，方從哲與九卿臺諫共同詢問皇帝病情，直至皇帝駕崩，方從哲參與了接受遺命的重要過程。然而，方從哲在位期間的作為，被後世評論家視為明朝衰亡的重要原因之一。

四、紅丸大案

鄭貴妃，出於對福王往事的擔憂，試圖透過贈送珠寶與侍姬來討好新帝，其中李氏尤其得寵。鄭貴妃進而請求冊封李氏為皇后，李氏亦為鄭貴妃求封太后，這一系列舉動在宮廷內外引發軒然大波。光宗皇帝於九月初六日已感不適，至八日病情加重，此時方從哲被皇帝命令冊封鄭貴妃為皇太后。然而，侍郎孫如遊的激烈反對最終阻止了這一封號的實現。

隨著光宗病情的惡化，關於宦官崔文升進獻瀉藥導致皇帝健康急劇下降的傳言在京城中流傳開來。給 事 中楊漣率先彈劾崔文升，並將矛頭指向方從哲，暗示其在事件中負有責任。在眾臣的壓力下，方從哲不得不採取行動，他向光宗進言慎用藥石，但皇帝的病情並未因此好轉。

九月十九日，新任內閣大臣劉一燝與韓爌上任，此時光宗的病情已十分危急。兩天後，光宗召見方從哲、劉一燝、韓爌及其他重要官員，皇帝已無法正常進食，但仍堅持下旨冊封李選侍為皇貴妃。在九月二十五日的再次召見中，光宗表達了對皇長子的期望，希望諸臣輔佐其成為明君，並提及了自己的身後事。

就在這一天，鴻臚寺丞李可灼自稱擁有仙丹，向光宗進獻了所謂的“紅丸”。皇帝服用後，一度稱讚李可灼為“忠臣”。然而，紅丸並未挽救光宗的生命，九月二十六日，光宗駕崩，留下了宮廷內外一片混亂。

方從哲在光宗逝世後草擬的遺詔中，竟對李可灼給予獎賞，此舉引發了朝野的極大憤慨。在李選侍佔據乾清宮的緊張局勢下，方從哲並未採取果斷措施，而是選擇妥協，這進一步削弱了他在朝臣中的威信。

五、移宮大案

光宗朱常洛登基後，原本 侍 候 神宗病體的鄭貴妃並未 即 時 遷居，這引起了朝臣的不滿。尚書周嘉謨責備了鄭貴妃的從子鄭養性，最終迫使鄭貴妃從乾清宮遷出，移居至慈寧宮