水城失陷後，選擇殺死自己的妻妾以免落入敵手，隨後自盡於太平樓，以身殉國。

孫元化雖被俘，但不久逃脫，返回天津，最終還是因叛亂之責而被明廷處死。孔有德的叛軍繼續擴大戰果，黃縣也很快落入其手中。面對這一危局，明廷緊急調遣謝璉為副都御使巡撫登萊，同時提拔徐從治為山東巡撫，負責駐守萊州，以阻止叛軍的西進。

二月，孔有德的部隊開始圍攻萊州，徐從治與謝璉組織萊州軍民拼死抵抗，同時向朝廷求援。然而，自北京南下的援軍總兵劉同柱到達山東後，卻因畏懼叛軍實力，不敢前進解萊州之圍。此時，朝中出現了主撫派的聲音，以大學士周延儒為首，主張招撫孔有德，張國臣等官員甚至願意親自出面進行招撫。這種猶豫和分歧，無疑給叛軍提供了喘息之機，孔有德趁機廣納舊部，連同駐守皮島的明將陳友德等三千人也加入了叛軍，增強了叛軍的實力。

面對叛軍的攻勢，萊州城內的守軍在徐從治、謝璉以及知府朱萬年的帶領下，備足糧草，加固城防，堅守數月。儘管城中資源幾近耗盡，但他們拒絕開城投降。明軍援兵鄧圮、王洪雖已抵達萊州附近，卻因朝廷招撫的政策而駐足不前，希望孔有德能夠歸順。孔有德利用這一機會，加大了對萊州的攻擊力度。巡撫徐從治在城樓上指揮作戰時不幸中炮身亡，但他的犧牲進一步激發了萊州軍民的鬥志，他們誓死守城，即便在極度困難的情況下，也未放棄抵抗，展現出了極強的韌性和忠貞。

四、背明投金

崇禎五年（1632年）至崇禎六年（1633年）期間，孔有德與耿仲明的叛亂經歷了從試圖與明朝議和到最終投靠後金的重大轉折。在萊州圍困數月後，孔有德採取了緩兵之計，表示願意接受招安，以此迷惑明朝官員。然而，當謝璉與朱萬年等官員出城談判時，孔有德突襲，企圖一舉攻下萊州，但未遂。明軍隨即集結重兵圍剿，孔有德退回登州，面對明軍的重重圍困，形勢愈發嚴峻。

崇禎六年（1633年），孔有德意識到登州已難以固守，於二月率領近萬名叛軍突圍，棄城登船逃往海上。原本計劃奪取旅順作為根據地，但在黃龍的阻擊下，孔有德遭受重創，只能逃至蓋州，最終做出了背明投金的決定。孔有德在給後金的降書中表達了對明朝腐敗的失望以及對後金領袖皇太極的敬仰，提出攜數萬兵馬、百餘艘戰船以及全套火炮裝備，願與後金聯手，共同對抗明朝。

孔有德與耿仲明於崇禎六年（1633年）四月率部在鴨綠江口與後金軍隊會合，正式歸順。皇太極對孔有德的到來給予了極高禮遇，不僅親自率眾迎接，還保留了他的都元帥稱號，賜予“天佑兵”的稱號，使其在後金軍中自成一軍，享受特殊優待。孔有德帶來的紅夷大炮和航海技術，極大地增強了後金的軍事實力，特別是在旅順的攻佔中發揮了關鍵作用。

崇禎九年（清崇德元年，1636年），孔有德在皇太極稱帝時被封為恭順王，並作為漢官代表參與勸進儀式。隨後，孔有德在清軍對朝鮮的征服中充當急先鋒，迫使朝鮮向清朝稱臣，削弱了明朝在東北的影響力。孔有德在清朝對明朝的後續戰爭中屢建奇功，成為清朝統一中國的重要助力。

五、攻打南明

順治元年（1644年），隨著清軍成功入關，孔有德跟隨多鐸南下，參與了對李自成殘部以及南明政權的軍事行動。在清軍的強大攻勢下，江南各地的抗清鬥爭逐漸被鎮壓，孔有德的軍事才能在此過程中得到了充分展示。凱旋後，他返回遼陽，繼續為清廷效力。

順治三年（1646年），孔有德被授予平南大將軍的頭銜，肩負起獨立領軍的重任，目標是對抗南明永曆政權。在這一時期，孔有德率軍深入湖南，試圖徹底清除南明的殘餘勢力。然而，在桂林的一次戰役中，孔有德