年），清軍入關後，鰲拜的主要任務就是追擊農民軍。這一年十月，他隨靖遠大將軍英親王阿濟格進攻已經退守西安的李自成農民軍。鰲拜率軍由漠南蒙古進入陝北，攻陷了四座城池，另外三十八座城池投降。隨後，清軍揮師南下，多鐸率軍攻入潼關，逼近西安。李自成被迫放棄西安，退往湖北。阿濟格奉旨率軍剿滅“流寇餘孽”，鰲拜等分翼出師，水陸並進，在河南鄧州和湖北承天、德安、武昌等地進行了十三場戰鬥，重創大順軍。順治二年（1645年）六月，李自成在湖北九宮山遇難，大順軍隨之瓦解。清軍在這一過程中攻陷了河南、湖廣、江西、南京等地的六十三座城池。

在消滅李自成之後，清軍的目標轉向了張獻忠的大西軍。順治三年（1646年）正月，鰲拜隨肅親王豪格等率軍進攻張獻忠。清軍得知張獻忠已經率軍退到了西充一帶，鰲拜再次作為先鋒，率領先頭部隊前往狙擊。

兩軍相遇後，鰲拜等人身先士卒，衝鋒在前。大西軍抵擋不住清軍的猛烈攻勢而潰敗，張獻忠也在這一戰役中被殺。清軍在這次戰鬥中共擊破大西軍營壘130餘處，斬首數萬級，繳獲馬騾牲畜餘匹。擊敗大西軍主力之後，鰲拜等繼續深入，基本上肅清了四川一帶的農民軍殘餘勢力。大西軍餘部在孫可望、李定國的帶領下退往雲貴地區，繼續進行抗清鬥爭。

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四、對抗多爾袞

在皇太極逝世後，滿洲親貴圍繞皇位繼承問題出現了嚴重的分歧。皇太極長子肅親王豪格與皇太極之弟多爾袞爭奪皇位。豪格得到了正黃旗與鑲黃旗的支援，而多爾袞則擁有正白旗與鑲白旗的擁戴。雙方僵持不下，形勢緊張。

鰲拜作為鑲黃旗護軍統領，手握重兵，成為皇位爭奪戰中的關鍵人物。他與索尼、譚泰等大臣會集於豪格府邸，共同立下盟誓，表示願意與豪格共生死。為了確保豪格的安全，鰲拜等人加強了警戒，安排兵丁守衛豪格府邸。

八月十四日，代善在崇政殿召集會議討論皇位繼承問題。在此之前，鰲拜與兩黃旗大臣於大清門再次立下盟誓，堅決支援豪格繼位，並命令兩旗精銳護軍全副武裝守護崇政殿，準備不惜動用武力。在會議中，當雙方爭執不下時，鰲拜與其他支援豪格的將領離開座位，手持武器，表示如果不能立豪格為帝，他們寧願追隨先帝而去。

在鰲拜等人的強硬態度下，多爾袞最終作出了妥協，提議立皇太極第九子福臨為帝，由他自己和鄭親王濟爾哈朗共同輔政。這個折中方案最終被雙方接受，福臨即位，改年號為順治。

多爾袞攝政後，開始打擊豪格及其支持者。鰲拜作為豪格堅定的支持者，也因此受到了嚴厲的打擊。在多爾袞攝政期間，鰲拜經歷了三次重大的迫害。

第一次發生在順治元年（1644年），鰲拜隨英親王阿濟格征討李自成的軍隊，立下大功。但由於阿濟格沒有及時奉旨班師且謊報戰功，受到處罰。鰲拜也因此被罰銀一百兩，軍功不予議敘。

第二次發生在順治五年（1648年），鰲拜因與豪格相關的事件而被指控，被判罰銀一百兩。不久後，有人告發鰲拜曾參與擁立豪格的密謀，多爾袞藉此興起了大獄，嚴刑拷問相關人員。鰲拜最終被判罰鍰自贖，但很快又被指控在皇太極去世時擅自調動軍隊，再次被判死罪，後改為罰贖並降職。

第三次發生在順治七年（1650年），多爾袞生病，鰲拜因被指包庇他人請求順治帝探望多爾袞而被判死罪，後改為罰贖並降爵。

順治七年（1650年）十一月，多爾袞去世，順治帝親政。順治帝瞭解到鰲拜等人曾經盟誓支援豪格，對其忠心耿耿，因此對鰲拜極為信任和尊重。順治帝將鰲拜視為心腹重臣，讓他直接參與國家大事的決策。順治帝還親自探望病重的鰲拜，並讚賞他在孝