不久之後，都統何洛會等人誣告肅親王豪格，導致豪格被削去爵位。多爾袞下詔褒獎索尼不依附豪格一黨，並賞賜他一副鞍馬。

三、連坐削爵

順治元年（1644年），索尼跟隨睿親王多爾袞率清軍入關，進入北京。順治二年（1645年），索尼晉封為二等昂邦章京，但被睿親王解除了啟心郎的職位，仍負責管理六部事務。此時，睿親王多爾袞掌握了朝政大權，許多官員為了個人利益紛紛投靠多爾袞，唯有索尼堅持原則，拒絕依附。

在北京重建過程中，睿親王多爾袞修建自己的府邸，工部官員偏袒多爾袞，工匠們也大多被調去修建睿親王府。佟機對多爾袞的行為表示不滿，這引起了多爾袞的憤怒，打算將佟機處死。索尼為佟機辯護，這使得多爾袞更加忌恨索尼。索尼還向多爾袞報告英親王阿濟格蔑視君上，視順治帝為幼兒，希望多爾袞能夠處理此事，但多爾袞並未採取行動。

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在一次討論分封諸王的問題時，索尼堅決反對，這引起了多爾袞的不滿。鞏阿岱和錫翰則向多爾袞進言說索尼不願意讓多爾袞執掌朝政，請求多爾袞懲處索尼，但多爾袞並未同意。索尼揭發固山額真譚泰私藏諭旨，導致譚泰被削去公爵。作為報復，譚泰控告索尼將內庫的漆琴私贈他人，索尼因此被削去了爵位。

順治三年（1646年），章京圖賴彈劾譚泰心懷不滿，指控中牽涉到了索尼。清軍分道進剿西安的農民軍時，譚泰遲疑不決，未能立功。豫親王多鐸進攻江南時，譚泰和圖賴都不願前往。圖賴將此事告知索尼，希望索尼能上報睿親王多爾袞。然而，送信人擔心譚泰會因此獲罪，擅自將書信丟棄。圖賴再次提起此事，並逮捕了送信人塞爾特，強迫他撒謊說書信已交給索尼。索尼因此被判有罪，面臨死刑，但在多爾袞親自審訊索尼後，事情的真相被揭露，索尼不久便恢復了世職，但多爾袞和譚泰等人仍舊對其懷恨在心。

順治五年（1648年），正值清明節前夕，多爾袞派遣索尼前往盛京拜祭昭陵。就在索尼即將出發之際，貝子屯齊誣告索尼與圖賴等人密謀擁立肅親王豪格為帝。按照當時的法律，索尼應被處死，但朝廷最終從輕發落，索尼被剝奪官職，家中財產被沒收，並被流放到昭陵。

四、起復任職

順治八年（1651年），順治帝親政後特召索尼回朝，恢復了他先前的世職，並逐步晉升他為世襲一等伯。索尼還被提拔為內大臣，兼任議政大臣、總管內務府等要職，成為順治朝首席滿洲大臣。在任期間，索尼推行了一系列重要的改革措施，對緩和社會矛盾、推動經濟發展起到了積極作用。

索尼注重法度嚴明，力求做到賞罰分明。他提出了一項重要建議：除了開國元勳可以享有世襲官職外，今後除非有特殊戰功，不應輕易授予世襲待遇。這一提議旨在減少特權階層的膨脹，確保官職授予更加公平合理。

此外，索尼還主張打擊奸商，抑制豪強，以此來保護普通百姓的利益。他深知社會矛盾的根源在於貧富差距過大和司法不公，因此特別關注改善這些狀況。順治十七年（1660年），索尼應詔上言，提出了多項具體建議。

索尼指出，民間存在冤屈現象，但相關部門並未認真審理案件。為此，他請求朝廷加強監督，確保能夠及時瞭解民間情況，避免冤假錯案的發生。他還建議，對於犯罪行為，相關衙門應嚴格執法，以免出現冤枉的情況。

在談到官職世襲問題時，索尼建議，除了開國功臣以外，今後授予的官職應當根據實際戰功來決定是否可以世襲。這樣既能保證官職授予的公正性，又能激勵官員們為國家做出更大的貢獻。

針對地方治理問題，索尼提出，不同地區的風俗習慣各異，如果強制執行同一套