各營將士的賞罰由孫可望決定。

隨著時間推移，孫可望的地位日益穩固，其個人野心也隨之膨脹。明御史任僎建議孫可望自立為王，設立百官體系，發行貨幣，並使用新的年號。孫可望對此建議十分滿意，但李定國對此持反對意見，認為此舉違背了聯明抗清的初衷。孫可望與親信王尚禮密謀，企圖壓制李定國，以加強自己的權威。

清順治五年（南明永曆二年，1648年）四月初一，大西軍各部隊在演武場集合。李定國的部隊先行入場，按照慣例放炮升旗。孫可望藉此指責李定國不尊重自己，並下令杖責李定國一百軍棍。李定國憤怒地回應，稱自己尊重孫可望只是出於對大局的考慮。為了避免分裂，前軍府都督白文選勸說李定國暫時忍讓。李定國最終接受了杖責，但只受了五十軍棍。事後，孫可望假裝安撫李定國，李定國為了維持大西軍的團結，接受了這一屈辱，並請求允許自己去平定沙定洲。

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同年五月，定北王艾能奇在征討東川的戰鬥中犧牲，其部屬被孫可望收編。八月，李定國與劉文秀攻破沙寨，活捉沙定洲，滇東地區全部平定。當大軍凱旋返回時，沐天波向他們表示感謝，而沙定洲則受到了當地民眾的唾棄。

大西軍在雲南實施了一系列有利於民生的政策，吸引了彝、白、壯、傣等多個民族的人們加入，使得大西軍的規模擴大到二十多萬人，並新增了象隊作為軍事力量的一部分。李定國的部隊人數達到五萬多人。在大西軍的治理下，當地的農業生產得到了顯著改善，當年就實現了大豐收，軍民關係和諧。

三、南下西天

張獻忠在遼西抗擊清軍的經歷影響了他的軍事組織結構，他模仿明朝的五軍都督府制度，任命孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇為大西軍的四大將軍。然而，在張獻忠於鳳凰山之戰中被清軍射殺後，大西軍的指揮權主要落在了這四位養子手中。在這四位將軍中，孫可望因其較高的軍事地位和個人能力，被推舉為首領。然而，孫可望、李定國之間的關係並非始終和睦，尤其是在艾能奇犧牲之後，大西軍內部的權力平衡發生了變化。

艾能奇在一次戰鬥中中毒身亡，這對孫可望來說是一個巨大的損失，因為艾能奇是孫可望的重要盟友。艾能奇的部將馮雙禮雖然繼續效忠孫可望，但由於其地位較低，無法參與到四王的重大決策中。這樣一來，孫可望在四王會議中的影響力減弱，特別是在與李定國的對立中，孫可望不再擁有壓倒性的優勢。

為了削弱李定國的影響力並樹立自己的權威，孫可望策劃了一次針對李定國的行動。他與艾能奇（已犧牲）和劉文秀商量在校場尋機對李定國進行懲罰，試圖透過這種方式鞏固自己的地位。然而，這次事件並未達到預期的效果，反而加劇了孫可望和李定國之間的矛盾。

為了解決這一問題，孫可望決定派遣李定國南下征討小西天，以此遠離雲南的政治中心。為了確保李定國南征的順利進行，雲南方面開始籌備糧草等物資。這樣一來，李定國在長江戰役之前未能參與大西軍與南明高層的會晤，但這也給了他一個機會，即在南征勝利後迅速折返，以期參與到雲南北伐的計劃中。

四、聯明抗清

公元1646年（清順治三年、明隆武二年）十一月，明廣西巡撫瞿式耜擁立桂王朱由榔在肇慶稱帝，建立了南明政權的最後一個朝代，年號永曆。孫可望原本有著割據雲南、獨霸一方的想法，但李定國堅決反對這一想法，認為應當聯合南明共同抵抗清軍。李定國直言不諱地批評孫可望，指出肇慶已有永曆帝在位，孫可望不應妄自尊大。雖然孫可望暫時放棄了割據雲南的想法，但他心中對此一直耿耿於懷。

孫可望的同鄉、明雲南副使楊畏知看透了孫可望的野心，慫恿孫可望成為一方之主。