中遭受重創，許多士兵逃亡或投降清軍，軍心渙散，士氣低落。臺灣和澎湖的鄭軍雖然仍有五萬餘人和約兩百艘戰船，但戰鬥力已大不如前，難以抵禦清軍的強大攻勢。

三、兵敗降清

在鄭克塽繼位後不久，清朝福建水師提督施琅於康熙二十一年（1682年）十一月請求獲得專征權，以圖攻取臺灣。然而，當時的福建總督姚啟聖仍然傾向於採取招撫策略，希望透過和平方式解決臺灣問題。

到了康熙二十二年（1683年），臺灣方面嘗試與清政府協商，希望能夠參照琉球、朝鮮的例子，只稱臣納貢而不剃髮、不接受清朝直接統治。這一請求遭到了清朝的拒絕，雙方的談判破裂，最終導致了軍事衝突。

同年，清鄭雙方在澎湖海域展開了激烈的海戰。在施琅的率領下，清軍取得了決定性的勝利，擊敗了劉國軒和董騰等人領導的鄭軍，並佔領了澎湖地區。戰敗後的劉國軒帶領殘部逃回臺灣本土。

面對這場軍事挫敗，臺灣內部出現了兩種聲音。一部分人主張繼續抵抗，被稱為“再戰派”，其中包括中書舍人鄭得瀟、建威鎮黃良驥、水師鎮蕭武、中提督中鎮洪拱柱等人。他們建議征伐呂宋，以保持明朝遺族的地位。另一方面，以劉國軒為代表的“主和派”則主張投降清朝，以避免進一步的流血衝突。

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原本傾向於再戰的馮錫範，在劉國軒的影響下轉向了主和立場。由於鄭克塽年幼且缺乏實權，最終選擇了投降清朝的道路。七月初五，馮錫範命令鄭德瀟起草降表。七月十五日，馮錫範將鄭克塽交給了施琅，並提出了“三不傷”的請求，即清軍入島後不得傷害鄭氏家族任何一人、不得傷害官員將士以及臺灣百姓。

八月十三日，施琅率軍進入臺灣接受了鄭克塽的投降。這一事件標誌著明鄭王朝的終結，臺灣正式納入清朝版圖。施琅進入臺灣後，遵循了馮錫範提出的“三不傷”原則，儘量減少了對臺灣民眾的影響，從而平穩完成了對臺灣的接收。

四、京師生活

鄭克塽投降清朝後，全家被送往北京，歸屬漢軍正紅旗，並被封為海澄公。臺灣平定之後，清廷議政王等官員召開會議，決定將鄭氏後裔及其官員分散安置在直隸、河南、山東等省份。然而考慮到鄭克塽、劉國軒、馮錫範等人的特殊身份，認為不宜將他們安置在外省，因此決定將他們的近親家屬也一同帶到京城，並編入旗下。

施琅瞭解到這一計劃後，考慮到實際操作中的種種困難，向朝廷上了一篇《移動不如安靜疏》的奏摺，主張就地安置，而非遷移。施琅指出，如果進行大規模的遷移，對於有家庭的人而言，將面臨長途跋涉的艱難和疲憊；對於沒有家庭的人，則有可能引發逃匿問題，進而造成安全隱患。此外，遷移過程中還會給沿途百姓帶來負擔，如需要提供人夫搬運物資、供應食物等，以及到達目的地後需要解決住房、耕作工具等問題，這些都將帶來額外的經濟和社會壓力。

施琅的意見得到了康熙帝的認可，於是康熙帝下令改變原先的決定，僅將鄭克塽、劉國軒、馮錫範以及明朝皇室後裔朱恆等人送往北京，其餘投降的鄭軍官兵則發回原籍，允許他們根據自身意願選擇受職、入伍或歸農。

在京城，鄭克塽一家被安排住在朝陽門外的一條衚衕裡，這個地方曾經是清廷軟禁其曾祖父鄭芝龍的地方。為了防止前明朝和鄭氏政權的餘黨製造事端，清廷對鄭克塽的活動進行了嚴格的限制。儘管鄭克塽被封為海澄公，但實際上他並無實職，生活來源有限，加上家中人口眾多，僅靠一個佐領的俸祿難以維繫。

到了康熙三十二年（1693年），內務府編立佐領，由鄭克塽的弟弟鄭克壆管理，隸屬於正黃旗漢軍。到了雍正四年（1726年），鄭氏一族又被撥入正紅旗