六年（1649年），隨著何騰蛟在湘潭被清軍俘獲並處死，郝搖旗對南明永曆小朝廷徹底失去了信心。他不再接受永曆朝廷的排程，而是選擇獨自活動於貴州東南部的黎平府。面對清軍的進攻，郝搖旗率軍倉促應戰，結果大敗，被迫退往廣西慶遠，在廣西與貴州交界地區活動。

不久之後，郝搖旗得知劉體純等大順軍餘部已經在湖廣西山一帶定居，於是他也前往湖廣，與這些殘部重新建立了聯絡，並在房縣羊角寨建立了自己的根據地。當時，大順軍餘部使用永曆年號，並藉故明封號以穩定民心，郝搖旗則在軍中擁立明韓王朱本鉉，同時與夔東一帶的南明軍保持合作。

順治七年（1651年）十二月，郝搖旗被南明朝廷封為益國公。然而，順治九年（1652年），當大西軍領袖孫可望派人與大順軍餘部聯絡時，郝搖旗並未像其他將領那樣與孫可望修好，而是繼續堅持奉韓王為主。他在西山十三家中實力最強，對外與清軍作戰也最為頻繁。

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郝搖旗在這一時期主要活躍於鄖陽府的保康、竹山、竹溪以及襄陽府的均縣、南漳、光化、谷城等地。順治九年（1652年）八月，郝搖旗率軍渡江，突襲夷陵州，清軍敗退，郝搖旗部得以攻入夷陵。同年十一月，郝搖旗與劉體純、袁宗第、拓天寶、黨守素等合兵兩萬餘人，攻破了竹山、竹溪，清軍驚呼當地“二竹地方響應投賊，盡皆不為我有”。

順治十年（1653年），郝搖旗部攻克了谷城屏風寨，並在銅山、茅坪屯兵。次年，郝搖旗再度攻克屏風寨，並與劉體純部配合，在光化、均州、谷城一帶活動數月，籌措軍糧，打擊清軍。順治十四年（1657年），郝搖旗率精銳騎兵襲擊襄陽，一度控制該城，但很快在清軍援軍到來後撤離，退入南漳山中。

在與清軍作戰的同時，郝搖旗還積極與各地的抗清力量聯絡，擴大影響力。順治十年七月，郝搖旗派遣總兵週中啟、副將李良等人前往德安、隨州一帶組織隊伍。順治十一年正月，郝搖旗透過宋謙與陝西抗清軍首領虞胤聯絡，並授權宋謙在河南、山西等地發展抗清力量。之後，郝搖旗與虞胤多次商議舉事，並試圖聯絡山西五臺山的高鼎、太行山的牛光天等共同抗清。

郝搖旗還試圖在佔領區建立地方政權，設定“偽官”，刻印符信。儘管條件越來越艱苦，郝搖旗和他的部隊仍然堅持“練兵屯墾”，在險要之地堅守陣地，抵禦清軍的招降。

四、兵敗身亡

康熙元年（1662年），隨著清軍在西南地區的勝利，南明永曆帝被處死，抗清將領李定國也在邊境病逝，清軍隨即集結了陝西、湖廣、四川三省的兵力，準備會剿在西山的大順軍餘部。十一月二十日，清軍到達前線，分三路進攻大順軍。

康熙二年（1663年）二月初八日，陝西提督王一正、興漢總兵於奮起、河北總兵鮑敬率領清軍抵達房縣，與郝搖旗部大順軍在橫水展開激戰，郝搖旗部戰敗。三月中，郝搖旗派遣部將白良輔潛出羊子山，意圖焚燒清軍屯糧，但清軍已有準備，白良輔在行動中被斬殺。同月二十五日，郝搖旗與王一正等部再次交戰於張老河，郝搖旗再次戰敗。

與此同時，袁宗第、李來亨等大順軍餘部也被清軍擊敗。面對清軍的步步緊逼，大順軍餘部決定集中兵力進行反擊。六月二十日，郝搖旗率領老營精兵前往與劉體純等部會合，於七月十日抵達巴東陳家坡劉體純營地，十七日與李來亨等部會合於三對河。

二十二日，李來亨、劉體純、郝搖旗等部大順軍在七連坪對湖廣清軍發動了反擊，將三萬餘清軍擊敗，並乘勝追擊至南陽河、興山縣，擊斃和擊傷大量清軍。清湖廣提督董學禮一路逃到夷陵，不敢再出戰。隨後，郝搖旗與李來亨、劉體純、袁宗第、拓天寶、黨守素、馬騰雲率領