一、從徵噶爾丹

康熙二十九年（1690年），清廷面臨來自準噶爾部首領噶爾丹的重大威脅。當時，噶爾丹勢力擴張迅速，對清朝邊境構成了嚴重挑戰。面對這一局勢，康熙皇帝決定親自督軍北伐，旨在一舉平定噶爾丹的叛亂。

在這次軍事行動中，佟國維被任命為參贊大將軍裕親王軍務，負責協助指揮作戰。他與兄長都統佟國綱共同率領左翼部隊。軍隊行至烏蘭布通地區時，遭遇了噶爾丹的主力部隊。這場戰鬥異常激烈，佟國綱不幸陣亡。面對敵人的猛攻，佟國維臨危不亂，採取了靈活的戰略，他帶領部隊從山腰出擊，繞到敵軍背後發動攻擊，迫使噶爾丹的部隊潰敗逃散。

然而，儘管取得了初步勝利，但因為未能徹底追擊並消滅殘敵，佟國維和他的部隊受到了朝廷的批評。按照軍法規定，這種未能盡全力殲滅敵軍的行為應當受到嚴厲懲罰。最終，佟國維被剝奪了議政大臣的職務，並被降級四級留任，以此作為對其未完成任務的懲罰。

康熙三十五年（1696年），清廷再次組織大規模的軍事行動，旨在徹底解決噶爾丹的問題。這次，佟國維再次跟隨康熙皇帝出征，從獨石口出發。在行軍過程中，由於駱駝運輸的延誤，佟國維主動向皇帝請罪，康熙寬宏大量地原諒了他。這次戰役中，清軍成功擊敗了噶爾丹的部隊，並迫使噶爾丹四處逃竄。

到了康熙三十六年（1697年），清軍再度發起對噶爾丹的追擊行動。在這次行動中，噶爾丹最終在逃亡途中死亡，標誌著這場持續多年的軍事衝突終於落下帷幕。戰後論功行賞時，考慮到佟國維在多次戰役中的出色表現，朝廷恢復了之前被降級的級別。

經過這些年的征戰，佟國維已經年事已高。康熙四十三年（1704年），他以年老為由請求解除自己的官職，皇帝批准了他的請求。

二、擁立八阿哥

康熙四十七年（1708年），皇太子允礽因病被廢黜並被幽禁，這一變故使得康熙皇帝十分焦慮，甚至因此生病。在這個關鍵時刻，佟國維向康熙皇帝進言，他認為皇帝處理事務英明果斷，絕不會犯錯。他建議康熙皇帝就皇太子一事迅速作出決定，無論結果如何，都應該儘快確定下來，以免影響皇帝的身體健康。

康熙皇帝隨後命令眾大臣推薦能夠接替皇太子位置的皇子人選。眾大臣中有人舉薦了八阿哥允禩，這讓康熙皇帝非常不滿。不久之後，由於皇太子允礽的病情有所好轉，康熙皇帝決定將其釋放。

次年，即康熙四十八年（1709年）正月，康熙皇帝召見眾大臣，詢問究竟是誰首先提議立允禩為皇太子。結果發現這一提議實際上出自大學士馬齊。在質問佟國維時，康熙皇帝提到了之前佟國維的奏疏，詢問他既然已經解任，為何還要在眾大臣之前提出這樣的建議。佟國維解釋說，雖然他已經解任，但仍然身為國舅，希望皇帝能儘快康復，所以才提出迅速決定皇太子人選之事。

對此，康熙皇帝表示，將來如何處理這個問題到時候自然會知道，不應該因為私心而妄言。次日，康熙皇帝再次提到此事，強調佟國維每次都說要祝福天和佛，希望皇帝萬歲，但是現在最重要的是應該考慮皇帝的身體，認為所有的皇子都是皇帝的兒子，不應該偏袒某一個而損害其他皇子，這樣皇帝處理起來就會容易得多。

一個月後，康熙皇帝已經決定恢復允礽為皇太子，並再次向佟國維闡述了自己當初拘禁允礽的原因，是因為允礽曾經患有瘋疾，出於國家利益考慮不得不這樣做。後來得知允礽是因為被人詛咒所致，透過治療已經痊癒，於是又釋放了他。康熙皇帝對佟國維之前激烈的陳奏表示不解，詢問他究竟有何用心。面對皇帝的質問，佟國維只能承認錯誤，並請求嚴懲。

康熙皇帝表示，他是為