未能解決矛盾。1687年，土謝圖汗察琿多爾濟領兵突襲札薩克圖汗部，導致局勢進一步惡化。1688年，噶爾丹以此為契機，率領三萬大軍越過杭愛山，進攻喀爾喀蒙古遊牧地區。起初，噶爾丹取得了勝利，擊敗了土謝圖汗和車臣汗，迫使喀爾喀蒙古諸部舉部內遷，造成了極大的混亂。

然而，正當噶爾丹在東線擴張之際，準噶爾內部卻發生了分裂。噶爾丹與親信奈衝鄂木布合謀，試圖毒殺索諾木阿拉布坦，並謀殺策妄阿拉布坦未果，後者開始逃亡。1688年末，噶爾丹率兵追擊策妄阿拉布坦，在烏蘭烏蘇被策妄阿拉布坦全殲。這一事件導致噶爾丹兵力銳減，失去了根據地，他隨即進入漠南蒙古，劫掠駝馬牛羊以圖恢復實力。

1690年，在沙俄的支援下，噶爾丹集兵三萬，揚言要聯合俄國軍隊進攻喀爾喀蒙古。康熙帝命令理藩院尚書阿喇尼備邊，調集軍隊進行防禦。六月，噶爾丹進入烏爾會河以東地區，與阿喇尼的軍隊遭遇並取得勝利。七月，噶爾丹在烏珠穆沁的烏爾會河之戰中擊敗了常寧的軍隊。隨後，噶爾丹率軍屯兵於烏蘭布通。八月，清軍在福全的帶領下向烏蘭布通發起進攻，經過三天的激烈戰鬥，最終大敗噶爾丹。噶爾丹率餘部逃脫。

1691年，噶爾丹試圖重新組織力量，並派遣使者到西伯利亞葉尼塞河流域的圖巴河沿岸圖巴族聚居區活動，尋求支援。

1692年，噶爾丹多次致書康熙帝，要求將喀爾喀七旗蒙古牧民發還給他統治，但均遭到拒絕。

1695年，噶爾丹再次試圖發動進攻，但被康熙帝預先得知，採取了應對措施。1696年，康熙帝親自指揮三路清軍，約定夾攻噶爾丹。五月，清軍西路軍在大將軍費揚古的率領下，在昭莫多（今蒙古烏蘭巴托以南的宗莫德）大敗噶爾丹，幾乎全殲其主力，噶爾丹僅率數十騎逃亡。

昭莫多之戰後，噶爾丹的處境變得十分艱難。他的部眾四散逃亡，伊犁河流域已被策妄阿拉布坦控制，土爾扈特汗國的阿玉奇汗與策妄阿拉布坦結成反噶爾丹聯盟，沙皇俄國也拒絕接納他，回部、青海、哈薩克等地也與他斷絕了聯絡。清朝還封鎖了通往青海和西藏的道路，使得噶爾丹處於孤立無援的狀態。

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六、兵 敗 病 亡

1696年，噶爾丹的勢力已經大大削弱，面臨著前所未有的困境。這一年的十月十二日，噶爾丹派遣寨桑格壘沽英出使清朝，試圖詐降以爭取時間。然而，康熙帝堅信噶爾丹真心想要投降，因此在十二月二日（12月25日）遣回格壘沽英，並限令噶爾丹在70天內親自前來投降，否則將親自率軍討伐，絕不中途停止。

不久之後，噶爾丹的兒子塞卜騰巴爾珠爾在哈密被捕的訊息傳到了北京，這進一步證實了噶爾丹的困境。1697年上元節期間，康熙帝根據這一情報判斷噶爾丹可能也將有所行動，因此決定第三次親征，抵達寧夏地區準備應對。

1697年三月初，噶爾丹流竄到阿察阿木塔臺地方，當時跟隨他的親信僅有阿拉爾拜、訥顏格隆兩人，其餘隨從不超過百人，而且大多缺乏物資，生活極為困苦，只能捕獵野獸為食，有時甚至不得不宰殺自己的馬匹和駱駝來充飢。康熙帝派遣兩名準噶爾人前往勸降，但被噶爾丹拒絕。

1697年閏三月十三日（4月4日），噶爾丹在科布多地區的布顏圖河邊的阿察阿木塔臺地方病逝。在他去世後，隨從丹濟拉等人火化了他的遺體，並攜帶骨灰與噶爾丹的女兒鍾察海準備向清朝投降。然而，在途中遭到了策妄阿拉布坦派遣的堪都等人的追擊，噶爾丹的骨灰、女兒鍾察海以及一些重要人物如諾顏噶隆、伊拉古克三呼圖克圖等均落入策妄阿拉布坦手中。

丹濟拉和他的部落成員失散後，在哈密見到了自己的兒