南明大學士黃鳴俊的軍隊，隨後攻破了浦城。前鋒統領努山等人擒獲並斬殺了總督楊廷清和李暄。此外，清軍還分遣署護軍統領杜爾德、前鋒統領拜音岱等人攻克了建寧和延平府。朱聿鍵事先從延平府逃往汀州，博洛隨即派遣護軍統領阿濟格、尼堪、杜爾德等人攻克汀州，成功擒獲並斬殺了朱聿鍵以及曲陽王朱盛渡、西河王朱盛洤、松滋王朱演漢、西城王朱通簡等明朝宗室和官員。南明將領姜正希率領二萬軍隊前來增援，但夜間襲擊汀州時被清軍擊敗，損失慘重。清軍又派遣鎮國將軍漢岱等人在分水關擊敗了明將師福，攻克了崇安縣，並斬殺了總督楊文忠等人。隨後，清軍派遣副都統卓布泰等人襲擊並攻克了福州，取得了二十多次勝利。最終，南明國公鄭芝龍等二百九十餘人以及十一萬多士兵投降，福建得以平定。

同年十一月，博洛駐紮在福州，命令總兵佟養甲繼續進軍廣東。當時，朱聿鍵的弟弟朱聿鐭據守在廣州府，並建立了紹武政權。佟養甲攻克了潮州和惠州後，逼近廣州，成功攻佔了該城，斬殺了朱聿鐭以及多位明朝宗室成員，廣東也被平定。

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順治四年（1647年），博洛任命佟養甲為兩廣總督，並親自率領貝子博和託、都統圖賴等大軍返回北京，晉封為多羅端重郡王，以表彰其在南征中的卓越貢獻。

三、平亂山西

順治五年（1648年），愛新覺羅·博洛被賜予金幣及人口等獎勵。這一年，博洛與親王阿濟格一同防範喀爾喀部，巡查至大同一帶時，遭遇了叛將姜鑲的挑戰。姜鑲曾是明朝的總兵，在明朝滅亡後投靠清朝，但不久後反叛。

順治六年（1649年）正月，博洛與承澤郡王碩塞一同援助被叛軍佔領的代州，併成功將其攻克。三月，姜鑲秘密聯絡了馬、得勝兩路叛軍共五千餘人，企圖從大同北山向清軍發起攻擊。博洛親自率領騎兵千餘人出擊，與護軍統領鰲拜、徹爾布等人分頭抵禦叛軍。在戰鬥中，清軍斬殺了一半以上的叛軍，迫使剩餘的叛軍逃竄，姜鑲則關閉城門不敢再出。

同年四月，叛軍攻陷了山西的汾州。為此，博洛被任命為定西大將軍，率領軍隊前往討伐。五月，博洛的部隊攻克了清源、交城、文水、徐溝、祁縣等地。六月，叛軍侵犯平陽，博洛派遣副都統譚布等人擊敗了叛軍。七月，叛軍一萬餘人侵犯絛州，博洛派遣署副都統洛碩等人擊退叛軍，斬殺兩千多人，並進攻孝義。在孝義之戰中，博洛委派署副將梁化鳳在地下埋設火藥，以此戰術成功攻克了孝義城。與此同時，叛軍三千餘人侵犯壽陽，博洛派遣副都統卦喇特晉等人支援剿滅叛軍，斬殺一千多人。此外，博洛還在平遙、遼州、榆社等地多次擊敗叛軍。

當時，朝廷曾下令讓博洛考慮撤回部分閒置的駐軍返回北京。然而，博洛上疏表示，雖然太原、平陽、汾州三府所屬的州縣逐漸被收復，但仍有許多地方尚未恢復，如果撤軍，可能會給叛軍留下可乘之機。皇帝同意了他的觀點，並命令滿達海從朔州調兵到汾州，以便共同鎮壓叛亂。

八月，大同的降將楊振威斬殺了姜鑲的首級獻給了博洛，雙方聯合起來攻打汾州。九月，清軍攻克汾州城，斬殺了偽巡撫姜建勳和布政使劉炳業。隨後，博洛的部隊收復了嵐縣和永寧州，並派遣軍隊分別剿滅了姜鑲的餘黨在岳陽縣、絳州、孟城驛、老君廟等地的殘餘勢力。

四、中年病逝

順治七年（1650年），愛新覺羅·博洛與滿達海、尼堪一同管理六部政務。然而，這一年發生了與尚書阿哈尼堪有關的一起事件。多爾袞派遣阿哈尼堪前往朝鮮迎接朝鮮國王的弟弟，但阿哈尼堪卻讓章京恩國泰代替自己前往。此事被揭露後，尼堪和博洛因為曾經為阿哈尼堪隱瞞事實而被降職為郡王。