隊到達浦口時，傳來了北京淪陷和崇禎帝朱由檢自縊的訊息。史可法悲痛欲絕，面向北方痛哭，甚至以頭撞擊柱子，鮮血直流。

隨後，史可法為崇禎帝發喪，並著手討論新君人選。張慎言、呂大器、姜曰廣等人提議擁立福王朱由崧，但同時指出了朱由崧的七個缺點：貪財、淫亂、酗酒、不孝、虐待下屬、不讀書、干預官吏。史可法也認同這些觀點。不過，鳳陽總督馬士英卻與阮大鋮密謀，堅持認為按照輩分和順序，福王朱由崧應該是最合適的繼承人。馬士英寫信給史可法，強調了這一點。儘管史可法列舉了朱由崧的諸多不足，馬士英還是聯合了誠意伯劉孔昭、鎮將劉澤清、劉良佐、高傑、黃得功等人，強行將朱由崧護送到儀真，史可法只好接受這一事實。

朱由崧到達南京後，先拜訪了孝陵和奉先殿，隨後居住在內守備府。大臣們紛紛前來朝見朱由崧，朱由崧想要回避，但被史可法勸說應當接受朝見。朝見後，史可法提出朱由崧應該身穿孝服，居住在郊外，併發兵北征，以彰顯其報國復仇的決心。朱由崧表示同意。

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次日，大臣們再次討論朱由崧是否應該監國。張慎言認為國家不可一日無主，福王應該即位。史可法提出太子生死不明，如果太子出現會如何處理。劉孔昭則堅決支援福王即位，而史可法建議稍後再做決定。最終，朱由崧被確立為監國。

在推選內閣大臣時，史可法、高弘圖和姜曰廣被一致推薦。劉孔昭想要加入內閣，但被其他大臣以本朝無勳臣入閣的先例所阻。劉孔昭提議讓馬士英加入內閣，最終，馬士英也被推舉為內閣大臣。接著，他們討論填補其他重要職位的候選人，鄭三俊、劉宗周、徐石麒被推選為候選。

兩天後，史可法被任命為禮部尚書兼東閣大學士，與馬士英、高弘圖一同被啟用。史可法繼續負責兵部事務，而馬士英則繼續督軍鎮守鳳陽。為了穩定局勢，他們參照北京的舊制，重建了京軍制度，將侍衛部隊和錦衣衛各軍納入軍隊進行操練。同時，減少了錦衣衛東西兩司房和南北兩都的撫司官的數量，以避免過多的告密行為，從而穩定人心。

四、調解諸將

馬士英一心想要成為首輔大臣。當他得知朝廷的任命後感到非常不滿，於是將史可法之前列出的朱由崧不應該即位的七個理由提交給了朱由崧。隨後，馬士英帶領軍隊入宮覲見朱由崧，遞交了奏章後便離開了。史可法意識到朝中權力鬥爭的複雜性，於是請求統帥軍隊，外出鎮守淮安、揚州兩地。五月十五日，朱由崧在武英殿即位，宣佈次年為弘光元年。史可法入朝辭別，被加封為太子太保，改任兵部尚書、武英殿大學士。馬士英也在同一天入朝值班，討論將江北地區劃分為四個軍事鎮守區，分別由四位將軍統領。具體分配如下：

東平伯劉澤清管轄淮、海等地，駐軍泗水，負責管理開、歸一帶。

總兵官劉良佐統轄鳳、壽等地，駐紮在臨淮，負責管理陳、杞一帶。

靖南伯黃得功統轄滁、和等地，駐軍廬州，負責管理光州、固始一帶。

史可法動身後，派遣使者尋找已故帝、後的靈柩以及太子、二王的下落，並奉命前往祭告鳳、泗二陵。

南明朝廷此時面臨著來自清朝和李自成勢力的雙重壓力。史可法及其支持者採取的主要策略是“聯虜平寇”，希望透過與清朝合作，先消滅李自成的流寇勢力，然後再考慮如何應對清朝。然而，南明朝廷內部卻陷入了黨爭和內訌，東林黨人與馬士英、阮大鋮之間的矛盾日益加劇，姜曰廣、高弘圖、劉宗周等人相繼辭職，顯示出南明朝廷無法團結一致對抗外敵。

崇禎十七年（1644年）七月二十八日，多爾袞致書史可法，宣稱要“聯闖平南”。史可法在回覆多爾袞的信件中主要為弘光朝廷的合法性進