良的兒子呂葆中也在這段時間跟隨黃宗羲學習。為了專心學問，呂留良的二哥呂茂良認為留良對外事務過多，影響了學業，便將他留在崇德西門內的祖居友芳園之梅花閣，教授子侄輩讀書。康熙二年（1663年），黃宗羲受邀來到梅花閣授課，與呂留良等人在園內的水生草堂相聚，進行詩文唱和。此外，呂留良還與吳之振、吳自牧等人共同編選了《宋詩鈔》九十四卷，併為其中八十餘位宋代詩人撰寫了小傳。

然而，到了康熙五年（1665年），呂留良在面對浙江學使對生員的考核時，選擇了拒絕應試，結果被革除了諸生的身份。這一舉動雖然震驚了當時的社會，但呂留良本人對此卻感到十分坦然。隨後，他退隱到崇德城郊的南陽村東莊（今屬桐鄉縣留良鄉），開設了自己的刻書局“天蓋樓”，繼續選刻時文出售，並且提囊行醫，以此來隱匿自己的真實身份。

在隱居期間，呂留良並沒有放棄學術追求。他與張履祥、何商隱、張佩蔥等人一同研究程朱理學，並創立了南陽講學堂，設館授徒。儘管他的身影逐漸遠離公眾視野，但名聲反而越來越高。在康熙八年（1668年），他還邀請了理學大儒張履祥前來東莊講學，共同致力於發揚洛閩之學。

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呂留良不僅繼續從事時文評選工作，還編輯刻印程朱遺書，以幫助學者更好地理解這些經典。他透過時文評語表達自己關於“夷夏之防”和恢復“井田”、“封建”制度的政治主張。這一時期，呂留良還頻繁出遊，寫下大量紀遊詩，這些詩作大多富含強烈的反清意識，最終彙編成了《真臘凝寒集》。此外，他還結交了一批新的朋友，如黃虞稷、周在浚等，與他們之間的唱和詩都被收錄在《零星稿》中。

四、拒仕為僧

康熙十七年（1678年），清廷設立了博學鴻詞科，試圖透過這種方式籠絡一批當時有名望計程車人。在這種情況下，浙江地方官員首先推薦了呂留良參加選拔。然而，呂留良堅決拒絕了這一提議，最終得以免除參選。與此同時，與呂留良同時代的湯斌則欣然接受，並因此獲得高官厚祿。

到了康熙十九年（1680年），清廷為進一步拉攏和軟化明朝遺民，再次徵聘天下的山林隱逸之士。嘉興郡守又一次推薦了呂留良。面對這樣的壓力，呂留良在無可奈何之下，選擇了削髮為僧，取法名耐可，字不昧，號何求老人。他前往吳興埭溪的妙山，建造了風雨庵，隱居於此，並繼續講學，門人弟子眾多。

儘管身處僧侶之身，呂留良仍然心繫國家大事。康熙二十一年（1682年）秋天，他與門人子侄三次遊覽南北湖，並按出遊的日程寫了一組紀遊詩，編成詩集名為《東 將 詩》。隨著清王朝的統治日漸穩固，呂留良心中復明的夢想變得越來越遙不可及，這讓他更加憤世嫉俗。

呂留良的身體狀況一直不佳，年僅四十多歲時，鬚髮已經灰白，牙齒脫落過半。他自幼就有咯血的病症，每當遇到不順心的事情時就會發作。到了康熙二十二年（1683年），呂留良重遊杭州，期間所寫的詩篇被收錄進《欬氣集》中。同年八月，呂留良因病去世，享年五十五歲。

在生命的最後幾天裡，呂留良仍然堅持完成《朱子近思錄》及《知言集》的補輯工作，並創作了《祈死詩》六篇。面對子侄和弟子們的勸慰，他回答說：“只要還有一口氣在，就不敢不努力。”臨終之際，他勉勵門人要“細心努力為學”，並告誡後人要恪守“孝友大義”。在最後一刻，他突然說道：“我現在鼻息間的氣息，只有出沒有進。”門人們呼喚他“先生”，他回答：“人人都會這樣！”聲音雖半澀，但字字清晰。隨後，他讓眾人退出房間，作揖告別了三四次。最終，呂留良從容地正了正面容，伸直雙腳，叉手安詳地離世。

呂留良去世的訊息傳開後