翎的榮譽。

此外，孫士毅還處理了前任兩廣總督富勒渾的僕人貪汙事件。他按照法律程式處理了這些違法行為，並促使富勒渾因此被罷官。乾隆帝鑑於孫士毅公正無私的態度，正式任命他為兩廣總督。面對前任提出的關於廣東鹽務改革的問題，孫士毅提出了具體的解決方案，包括調整運船數量、恢復原有的稅收制度以及逐步恢復部分商埠。這些措施得到了朝廷的認可並得以實施。

乾隆五十二年（1787年），臺灣發生了林爽文領導的起義，孫士毅親自前往潮州指揮防務。在支援平叛的過程中，他不僅派遣部隊協助剿滅叛軍，還迅速安排了牲畜飼料和武器裝備。清廷對孫士毅的貢獻給予了高度認可，授予他太子太保的頭銜，並賜予他雙眼花翎和一等輕車都尉的世襲職位。

三、用兵安南

乾隆五十三年（1788年），孫士毅因平定臺灣林爽文起義的功績，其畫像被懸掛於紫光閣，以表彰他的貢獻。同年，安南（今越南北部）發生內亂，國王黎維祁被權臣阮惠驅逐，黎維祁的妻子、母親及家族成員共二百餘人，在幾位忠臣的護衛下，逃往廣西太平府龍州鬥奧隘對岸，尋求援助。孫士毅得知訊息後，立即派兵前往龍州，加強對鎮南關的防禦，並做好隨時支援的準備。乾隆帝對此表示讚賞，並命令孫士毅率軍自廣西進入安南，同時派遣雲南提督烏大經從蒙自方向進軍支援。

阮惠得知清軍即將進入的訊息後，立刻派遣軍隊在壽昌江一帶阻擊清軍。孫士毅率領的大軍抵達後，迅速擊敗了阮惠的抵抗力量，並順利渡過壽昌江，繼續推進至市球江。在此過程中，孫士毅巧妙地運用戰術，表面上在市球江下游架設浮橋，製造出要從此處渡江的假象，實際上卻秘密派遣總兵張朝龍從上游過江，攻擊敵軍後方。這一計策使得安南軍隊陷入混亂，孫士毅隨即率軍乘筏渡過大江，迫使安南軍隊倉皇潰退。

隨後，孫士毅繼續帶領清軍前進至富良江。這裡南岸即是黎城，阮惠集結了所有戰艦在南岸防禦。孫士毅命令士兵使用木筏渡江，並派遣提督許世亨率二百人於夜間渡江，奪取阮惠的船隻。次日清晨，已有兩千多清軍成功渡江。阮惠的軍隊慌忙棄船逃跑，張純率軍追擊，焚燒敵船，清軍順勢攻入黎城，阮惠敗走富春。孫士毅迎接黎維祁返回軍中，並按照乾隆帝的旨意，正式冊封黎維祁為安南國王。孫士毅因此功績被封為一等謀勇公，並獲賜紅寶石頂。但他本人謙遜，請求辭去這些榮譽，但未獲批准。

然而，好景不長。乾隆五十四年（1789年），阮惠重新集結力量，再度攻打黎城，迫使黎維祁再次逃亡。此時，孫士毅已率軍北上，渡過市球江，在江北駐紮。阮惠的軍隊緊隨其後，清軍總兵李化龍在斷後過程中不幸落水身亡，而浮橋被破壞，導致提督許世亨等人戰死。孫士毅被迫退回鎮南關，並將黎維祁及其家人安置在南寧。乾隆帝認為孫士毅未能遵循詔令及時撤軍，導致了此次失利，遂罷免了他的爵位，並收回了之前授予的紅寶石頂和雙眼花翎，解除其總督職務，改由福康安接替。

在這之後，阮惠追擊清軍至富良江附近。孫士毅意圖再次渡江與阮惠決戰，但遭到許世亨的勸阻，認為此舉有損大清國威。孫士毅最終選擇撤軍，並上書自我檢討。清廷令他繼續駐紮鎮南關處理事務。不久，阮惠派遣使者請求歸附大清，福康安到達後，與孫士毅一同嚴厲斥責阮惠的使臣。孫士毅認為黎維祁無力維持統治，建議冊封阮惠為安南國王，乾隆帝接受了這一建議。

不久後，孫士毅被召回京師，被任命為兵部尚書，並充任軍機大臣，入值南書房。同年冬天，他又被派往四川代行總督職務。然而，一年後，他被免去了總督之職。不久，因兩江總督書麟因高郵書吏偽造印章非法收稅而被治罪，清廷任命孫士毅接替他，並指示他嚴肅