進京覲見皇帝，參加了玉瀾堂宴請的十五位老臣宴會。在宴會上，道光帝詢問了關於淮鹽如何能夠更好地流通銷售的問題。孫玉庭回答說，漢口是淮南地區售賣食鹽的主要集散地，以往船隻到達即可隨時進行交易，因此銷售順暢。但從乾隆中期開始實施了封輪法，即船隻必須按照順序依次售賣，這給了私鹽販子趁機侵擾的機會。

孫玉庭詳細列舉了六項封輪法帶來的弊端，並建議恢復舊有的交易規則，這一建議得到了皇帝的認可。此外，孫玉庭還提到，漕糧徵收過程中存在的浮收現象難以根除，他認為不如公開規定只徵收八成，這樣可以減少中間環節的腐敗現象。然而，這一提議遭到了御史王家相的反對，他認為這類似於增加賦稅。同時，侍郎姚文田和湯金釗也提出了反對意見，因此這項改革暫時擱置。

儘管如此，州縣官員仍然面臨著由於附加費用而產生的壓力，浮收現象依然難以杜絕，官吏從中漁利，尤其是針對弱勢群體。由於孫玉庭的建議未被採納，地方官員也不敢再提起這個問題。直到同治初年（1862年），才最終確定了漕糧損耗的標準，這與孫玉庭早年的建議基本一致。

到了道光四年（1824年），孫玉庭被任命為體仁閣大學士，職位仍然保持不變。此時恰逢高家堰決堤，河督張文浩因此被流放，相關部門建議革除孫玉庭的職務。但是，考慮到孫玉庭之前的功勞，皇帝寬恕了他的過失，讓他繼續留任。然而，不久後由於借用黃河水運糧食的效果不佳，孫玉庭被解除了職務，並被給予編修一職退休。

此外，戶部還指責孫玉庭沒有實行海運，導致了河道運輸受阻，並要求他承擔滯留漕運及剝運費的七成責任，命令他留下來疏通運河。工程完成後，孫玉庭回到了家鄉。