籍安葬。然而，在居喪期間，鄂軍精銳部隊在三河鎮之戰中遭遇慘敗，李續賓陣亡，所部幾乎全軍覆沒。很多人認為這次失敗是由於缺少胡林翼的指揮所致，於是紛紛上書請求朝廷起用胡林翼。得知訊息後的胡林翼悲痛欲絕，嘔血不止。但他沒有等待正式詔命下達，便立即啟程返回崗位，著手恢復軍隊士氣並重建防線。到了1859年春天，佈防於江皖一帶的鄂軍水陸馬步已達五萬餘人，實力甚至超過了三河之戰前。

面對此次失利，胡林翼進行了深刻的反省，總結出“兵分力單”和“軒進攻堅”是導致失敗的主要原因，也是過去多次戰役中的通病。他認為當前缺乏具有智略的將領，於是開始專注於兵法研究，編寫了《讀史兵略》一書，該書彙集了《左傳》《資治通鑑》等歷史文獻中的軍事內容，旨在為將領們提供學習材料，提高整體軍事素養。

咸豐九年（1859年）春夏之際，太平天國石達開部開始西進，經湖南向四川方向移動。胡林翼意識到這可能對湖北乃至整個西南地區的安全構成威脅，因此他迅速派遣軍隊前往湖南支援，並且擔憂四川一旦失守，將失去重要的上游地理優勢。為了加強防禦併為曾國藩爭取更多權力，胡林翼透過官文向朝廷提議讓曾國藩入川督軍併兼任四川總督。然而，清廷僅同意曾國藩督軍，而不願授予其總督之職。曾國藩本人也不願意遠赴四川，在中途滯留湖北，與胡林翼商討聯合進攻安徽的計劃。最終，在胡林翼的推動下，清廷批准了這一計劃。

同年秋冬，胡林翼與曾國藩聯手大舉進攻安徽。胡林翼不僅負責排程各路軍隊，還親自率領一支隊伍從英山、霍山出發攻取舒城。面對太平軍驍將陳玉成和十餘萬捻軍的頑強抵抗，戰事異常激烈。在此過程中，胡林翼堅持統一指揮的重要性，不顧曾國藩的反對，力主由滿族將領多隆阿擔任前線統帥，以確保各部隊協同作戰。

咸豐十年（1860年）初，湘軍成功攻克太湖和潛山，隨後江南大營被太平軍摧毀。四月，曾國荃部包圍安慶，而曾國藩則被任命為兩江總督，並很快得到了實授及欽差大臣的身份。此時，清廷不斷催促曾國藩東進奪取蘇州、常州等地，但曾國藩更專注於鞏固在安徽的戰果，不願急於向東推進。為此，他提出了一個“三路進兵”的方案來應對朝廷的壓力：一路由池州進攻蕪湖；一路由祁門至旌德、太平圖取溧陽；另一路由廣信、玉山至衢州。胡林翼認為這種策略過於保守，建議合併為一路，並增加兩路分別指向杭州和揚州，以此增強攻勢。他還積極支援曾國藩，將自己麾下的鮑超等部劃歸其指揮，同時推薦左宗棠等人擔任要職。

儘管如此，曾國藩在皖南祁門駐紮期間幾乎陷入絕境，指揮排程受到極大限制。在這段時間裡，胡林翼承擔起了聯絡各方軍隊特別是江北軍事的任務，全力籌劃兵馬糧餉等事宜。

同年秋，第二次鴉片戰爭爆發，英法聯軍逼近京畿，清廷緊急調遣援軍北上。欽差大臣勝保趁機請求呼叫鮑超所部，意圖控制湘軍力量。面對這種情況，胡林翼與曾國藩共同商議對策，最終決定由兩人中的一人親自率軍北援，以防勝保染指湘軍。但由於《北京條約》的簽訂，第二次鴉片戰爭結束，北援行動也隨之取消。

到了咸豐十一年（1861年），太平天國的陳玉成和李秀成兩支主力再次進入湖北。由於當時大部分兵力集中在安徽戰場，湖北防務空虛，局勢一度十分危急。胡林翼深感自責，立即調整部署，分兵回援。儘管有人提議撤除安慶之圍，但在曾國藩的反對以及太平軍並未全力進攻武漢的情況下，這一計劃未能實施。此時的胡林翼已經身心俱疲，肺病日益嚴重，經常嘔血不止。不久後，他被迫離開前線返回武昌休養。

八月初，湘軍終於攻克安慶。曾國藩在奏摺中特別提到胡林翼在此次戰役中的關鍵作用