桓玄投誠。

不久之後，桓玄果然勢如破竹般擊敗了司馬元顯。不僅如此，桓玄還毫不留情地處死了司馬元顯及其一眾黨羽，就連司馬彥璋也未能倖免。當何無忌得知司馬彥璋被害的訊息時，悲痛欲絕。他無法抑制內心的哀傷，竟跑到集市上去放聲大哭。何無忌的這一舉動引起了周圍人們的關注，大家紛紛對他的義舉表示讚許，稱讚他重情重義，是個有血有肉的真漢子。

話說那劉牢之，本是東晉時期赫赫有名的將領，戰功卓著，威名遠揚。怎奈時運不濟，竟遭桓玄算計，被調任為會稽內史一職。這一調動，在劉牢之眼中無異於被削奪了手中的權力，心中自然憤恨不平。

盛怒之下，劉牢之便開始暗中謀劃起兵討伐桓玄，欲奪回屬於自己的一切。他自以為此計天衣無縫，定能一舉成功。然而，當他滿心歡喜地將這個密謀告知劉裕之時，卻未曾料到會得到如此回應。

劉裕冷靜地分析道：“如今局勢已然大變，人心所向皆是桓玄。此時貿然起兵，只怕勝算渺茫啊！”面對劉裕的直言相勸，劉牢之卻不以為然，執意要孤注一擲。

與此同時，何無忌也前來詢問劉裕關於自身前途的問題。只見劉裕略作沉思，然後緩緩說道：“依我之見，劉牢之此番行動必敗無疑。你不妨跟隨我一同返回京口，暫且觀望形勢發展。倘若桓玄能夠恪守晉臣之節，我們便可輔佐於他；但若他心懷不軌，妄圖篡權奪位，那時我便與你攜手共討逆賊。”

何無忌聞聽此言，覺得甚有道理，當即聽從了劉裕的建議，與他一同踏上了返回京口之路。而另一邊，劉牢之由於未能獲得其他幕僚的有力支援，最終兵敗如山倒，走投無路之際，只得含恨自盡。至此，這位曾經風光無限的大將，就這樣黯然落幕，令人不禁唏噓長嘆。

興舉義兵

自桓玄得勢之後，他便開始居功自傲，不僅身居高位，獨攬大權，還大肆任用桓氏家族的子弟擔任朝廷內外的重要職務。更為過分的是，他毫不留情地誅殺了一大批曾經效命於北府軍的老將們，其司馬昭之心路人皆知——顯然有著篡奪皇位的野心。

時間來到元興二年（公元 403 年），劉裕奉桓玄之命前去征伐發動叛亂的盧循。經過一番激烈的鏖戰，劉裕最終成功地擊潰了盧循的叛軍。然而，就在此時，何無忌悄悄地前來拜見劉裕，並極力勸說他立即在山陰縣起兵，直接對桓玄展開討伐行動。但劉裕卻有著自己的深思熟慮，他認為應當靜待桓玄正式篡位之時，再選擇在建康附近的京口起兵，如此一來勝算更大。因此，儘管何無忌苦口婆心地勸誡，劉裕還是並未採納他的這一建議。

同年十二月，桓玄終於按捺不住內心的慾望，公然篡位稱帝，改國號為楚，徹底打破了東晉王朝原有的政治格局。

元興三年（公元 404 年），劉裕和何無忌一同返回京口。在這裡，他們秘密商議著如何討伐桓玄，以恢復晉朝的統治秩序。經過反覆的謀劃和權衡，劉裕決定聯合劉毅、王懿、孟昶以及檀憑之等志同道合之人共同起兵。

終於，在二月乙卯日這一天，劉裕率領眾將士正式舉起了義旗。他們士氣高昂，銳不可當，僅僅只用了一天的時間，就順利地攻佔了京口和廣陵這兩座軍事要鎮，牢牢掌控住了局勢的主動權。這場起義如同一把熊熊燃燒的烈火，迅速蔓延開來，點燃了人們反抗桓玄暴政的希望之光。當時，何無忌極力向劉裕推薦了劉穆之，認為他具備出色的才能，可以擔任劉裕的主簿一職。劉裕欣然採納了這一建議。此後不久，劉裕率領軍隊勢如破竹地攻陷了建康城。桓玄見大勢已去，只得倉皇出逃至江陵。劉裕趁勝追擊，迅速在建康以武陵王司馬遵之名承製建立起行臺。

司馬遵對何無忌的表現讚賞有加，於是任命他為輔國將軍以及琅邪內史等