略，揮師北進，轉而攻打海鹽縣。見此情形，劉裕當機立斷，毅然決然地放棄句章城，率軍緊追不捨。

海鹽縣令鮑陋得知劉裕前來馳援，喜出望外，趕忙派出自己的兒子鮑嗣之帶領一千名吳地士兵充當前驅部隊。然而，劉裕卻敏銳地察覺到這些吳人士兵並不擅長陸地上的戰鬥，便下令讓他們負責殿後。可惜的是，鮑嗣之年輕氣盛，立功心切，全然不顧劉裕的軍令，執意衝在了最前面。當夜劉裕安排奇兵，加倍購置旗鼓用以疑惑起義軍，第二天作戰，伏兵出發，孫恩撤退，鮑嗣之連忙追趕卻遭遇埋伏而被消滅。劉裕一邊後退一邊作戰，並用計讓起義軍懷疑還有埋伏而離去。

劉裕後來在海鹽縣城故址築起城池，起義軍連日攻打海鹽城，城裡計程車兵不多，劉裕就挑選幾百人組成敢死隊衝出海鹽城。起義軍因被震懾而潰不成軍，大帥姚盛也被斬殺。劉裕雖然接連取得勝利，但考慮到雙方兵力差距大，於是佯裝棄城逃跑，引誘起義軍進入海鹽城，趁著起義軍放鬆戒備的時候，劉裕帶領士兵發起突襲，大敗起義軍。

六月，孫恩帶領十幾萬人馬沿海路進軍，準備突襲丹徒（今江蘇鎮江）。劉牢之還駐守在山陰，京城震動。劉裕聽聞此事，日夜趕路，和起義軍同時到達丹徒。當時劉裕和起義軍兵力懸殊，加上長途趕路將士疲勞，而丹徒的守軍又沒有鬥志。孫恩率領幾萬人馬擊鼓吶喊攻打蒜山，蒜山居民拿起扁擔準備抵抗。劉裕帶兵出擊，大敗起義軍，孫恩雖然被打敗，但憑藉著人多的優勢徑直向京城進攻。因戰船高大，且遭遇風暴難以前行，用了十天才到達白石。

不久之後孫恩得知劉牢之已撤回京師，朝廷已有防備，就轉而向鬱泌進攻。八月，朝廷加任命劉裕為建武將軍、下邳太守，率領水軍追擊孫恩到鬱洲，又大敗起義軍，逼得孫恩向南逃跑。十一月，劉裕在海鹽又一次打敗孫恩。從這以後，他三次交戰都取得勝利，俘虜上萬起義軍，而起義軍因為飢餓疾病瘟疫等死了一半以上的人，於是從浹口撤至臨海 。劉裕帶領水軍趁勝追擊孫恩，孫恩害怕被抓，於是在臨海（治章安，今浙江臨海東南）投海自盡。

平定桓玄

為了鎮壓孫恩那來勢洶洶且規模浩大的起義勢力，晉朝廷可謂是傾盡了全力，投入了不計其數的兵力與之展開激烈對抗。然而，如此巨大的軍事消耗卻帶來了一個嚴重的後果——京城的防守力量變得異常薄弱，形同虛設。與此同時，遠在荊州之地、對江南富庶地區虎視眈眈已久的桓玄敏銳地察覺到了這個絕佳的機會。

元興元年（公元 402 年）正月，寒風凜冽，旌旗獵獵作響。驃騎將軍司馬元顯率領著浩浩蕩蕩的軍隊向西挺進，目標直指桓玄。而另一邊，桓玄也毫不示弱，親自統率著荊楚一帶久經沙場的強大軍團，一路向南疾馳而去，矛頭直指向元顯所部。

面對桓玄咄咄逼人的攻勢，元顯派遣鎮北將軍劉牢之前去抵禦。與此同時，年輕有為的劉裕則作為得力助手一同出征，跟隨在劉牢之左右。劉牢之率領著麾下的眾多將士馬不停蹄地奔赴戰場，最終抵達了溧洲。就在他們嚴陣以待之時，桓玄的部隊如洶湧潮水般湧至。

眼見敵軍已近在咫尺，劉裕心急如焚，當即向劉牢之請戰，欲主動出擊迎敵。但令人意想不到的是，劉牢之竟然斷然否決了劉裕的提議，並心生一計，打算派遣自己的兒子敬宣前往桓玄營地，試圖透過談判求和來化解這場兵戎相見的危機。

對於劉牢之的決定，劉裕與劉牢之外甥何無忌皆表示強烈反對，兩人苦苦勸諫，但劉牢之卻猶如吃了秤砣鐵了心一般，執意要按照自己的想法行事。

果不其然，桓玄憑藉著過人的謀略和強大的軍力，迅速突破防線，長驅直入，一舉攻佔了京城。得手後的桓玄並未善罷甘休，而是痛下殺手，殘忍地處死了元