島有著持久不斷的通訊聯絡——是一個遠比弗吉尼亞適於作為郵政總代理所在地的處所，而且我們這一州也具有在此設定該職的聲譽。”那久已形成的計劃就是10年前富蘭克林倡辦過的美洲哲學學會。儘管這個學會不如他所期望的那麼活躍，而他的電學和政治上的興趣也使他偏離了一般哲學，但他心裡始終牽掛著他的美洲哲學學會。他希望使越來越多的有才智的人彼此間保持通訊聯絡，不僅在費城，也不僅在賓夕法尼亞，而是在整個北美殖民地。但要實現這一宿願的障礙之一是緩慢、昂貴且不安全的郵政系統。這一系統必須加以改造，而他，美洲哲學學會的秘書能做到這一點。同時，費城是學會的中心，富蘭克林又是費城的市民，他希望費城在各方面都擁有重要地位。對他個人來說，他看重的不是擁有這一職位所能直接、間接得到的經濟收益，而是作皇家郵政官員的榮耀和擴大對整個美洲瞭解的機會。

就在給柯林森寫信的5月，富蘭克林買下了裡德家在市場街的一幢房子，把郵政局從印刷所遷到那裡，並在本傑爾手下任主計官，管理各地郵局的帳目。本傑爾亡故後，身為主計官的富蘭克林於1753年夏季花了10個星期時間巡視新英格蘭的郵政事務。8月10日，英國郵政大臣任命富蘭克林和威廉堡的郵政局長、《弗吉尼亞報》的出版者威廉·享特同為“英王陛下在北美大陸的各省及領地的郵政總代理”，年薪共為600鎊，“從郵資所得中支付”。1730年，郵政總署設在弗吉尼亞，而從這時起，威廉堡和費城一南一北分管整個北美殖民地的郵政。富蘭克林對威廉·亨特印象不錯，兩人在公務上配合默契，但享特健康狀況不佳，主要郵政事務往往落在富蘭克林肩上。

富蘭克林任命兒子威廉·富蘭克林為費城郵政局長，次年又擢升他為主計官。威廉·富蘭克林遂將郵政局長之職交由黛博勒的親戚約瑟夫·裡德擔任。約瑟夫後來又將此職交由波士頓來的彼得·富蘭克林擔任。留在波士頓的約翰·富蘭克林——富蘭克林之兄——則自1754年起任波士頓的郵政局長，他在1756年1月死去後，郵政局長之職由其妻繼任，成為迄今所知北美婦女擔任公職的第一人。

身任郵政總代理後，富蘭克林便抓緊時間進行郵政改革。他建立起一套完整、清楚而簡單的郵政系統，將表格和指示付印後發到各地郵局。1754年，他巡視了北部各殖民地的各地郵局，1755—56年又巡視了馬里蘭和弗吉尼亞的各地方郵政，從而認識了各地郵政局長，使其帳目制度化，研究他們的具體困難，考察了各地的道路、河流涉水處和渡口。到1757年攜其子東渡英格蘭時，他仍身任這職位，只是將主計官之職委與紐約的合夥人詹姆士·帕克爾。由於富蘭克林全面整頓了殖民地的郵政，他任職後第4年的郵政收入超過了前三年的總和。1761年，在4年多以後，富蘭克林和享特終於收回了自己預支的錢，並向倫敦匯出了美洲郵政部門第一筆盈餘。

富蘭克林對郵政進行的大多數變革都是以他在費城的郵政經驗為依據的。長期以來，他把有信待領者的名字登在《賓夕法尼亞報》上。這時他將這一做法推廣到有報紙發行之地的郵局。1753年，他在費城建立了收費郵遞制度，凡在到達當天未被領取的郵件由費郵遞員（只有一人）遞送，收取額外郵遞費。這一做法在其他大城市也被鼓勵實行。富蘭克林還規定，將收信人姓名登在報紙上後，凡三個月內無人領取的郵件須送交設在費城的郵政總局——這是美國“無法投遞郵件的處理部門”的開始。他廢除了他們郵政局長期間郵差免費投遞報紙的壟斷做法，規定所有的報紙均由郵差遞送，但要支付郵資。他最有意義的改革是要求各地郵政局長注意郵遞服務的統一性和持續性，並且由於他改進了郵政服務的速度和安全性，使郵政事業廣泛得到利用而繁