有趣的是，起義軍的首領卻是一個年僅十六歲的少年，俗稱為天草四郎時貞。據說這位英俊少年乃是上帝派遣來拯救生活在水深火熱之中的日本天主教信徒的，具有莫大神通，教徒們無不尊奉他為“天人”、“天使”，一切都唯四郎時貞馬首是瞻。

天草四郎，他原本的苗字應該是益田，乃是小西行長的家臣益田好次之子。本名益田時貞，父親益田好次是小西行長的家臣。後來時貞被過繼給天草甚兵衛，改名為天草時貞。天草自小聰穎過人，有神童之稱，且外表俊秀。有一位相士曾對天草說：“閣下面相尊貴，本應掌握天下，只可惜生在德川時代，難成大事。”

關原合戰後小西行長被斬首，領地遭改易，家臣們紛紛四散成為浪人，據說四郎時貞從小就居住在長崎港，虔誠地信奉天主教，並向旅居日本的荷蘭人學習過西洋醫術所謂神通廣大，能活死人，肉白骨，大概不是完全的空穴來風吧。

且說板倉重昌來到島原城中，集合了包括松倉勝家、鍋島勝茂、有馬豐氏等周邊諸侯，集合兵馬，向原城發起了猛烈進攻。重昌一開始並沒有把起義放在眼裡，認為那些作亂的農民無拳無勇，根本不懂打仗，如何會是幕府軍的對手？然而一連發起兩次總攻都未能得手，己方反而損失慘重，重昌不禁涔涔汗下，意識到原城中定有深通兵法之人存在。

北九州地區乃是天主教傳播的中心區域，戰國後期有大量平民甚至武士都皈依了天主教，這些人在“大殉教”後都被迫潛伏了下來，趁著這次動亂再度抬頭。因此固守原城的並非僅僅數萬農民，其中也摻雜了很多信奉天主教的浪人四郎時貞首先是這些浪人們的領袖而這個肥前、肥後兩國跟薩摩國卻是緊密相連，如此爆發了大規模的起義戰事，幕府就算有軍隊也顧不上他了，而且這個時候自己領地也出現了不穩的現象，形勢急轉直下，迫使薩摩島津向大明低頭，開始和平談判！

和談對薩摩島津來說更加是一種煎熬，每達成一條協議，薩摩自身的損失就加重一分，就好像看著比人從自己身上剜肉一般，清楚的看到那鋒利的刀落下在提起，刀刀見血，寸寸到肉。

經過兩個多月的談判，大明與薩摩島津終於達成最終的和平協議，並透過日本幕府同意正是簽署，史稱《鹿兒島條約》。

鹿兒島條約包括如下內容：

大明立刻停止對薩摩島津的一切軍事行動；薩摩島津公開澄清琉球歸屬大明的事實，並且日本幕府承認大明是其宗主國，不過這一條日本幕府開始不承認，但是後來為了得到大明軍事上的援助，而解決國內島原、天草之亂，因此達成了一個秘密協定，沒有對外公開。

日本薩摩藩割讓吐噶剌列島及所有附屬各島嶼給大明，這些島嶼日後將屬於大明琉球行省，大明將派軍隊進行駐守。

薩摩藩賠償大明軍費二百萬兩白銀；另商船的損失以及船員的傷亡失蹤薩摩藩也要做出相應的賠償，並鄭重向大明道歉薩摩藩開放鹿兒島郡、川內為商埠，同時日本幕府也答應對大明開放長崎、福岡、日南、宮崎等九州島中南部數個港口為商埠，並在鹿兒島設立租界，租界區域內立法行政以及安全都將有大明負責，租界之民並享有外交豁免之權。

允許大明商人人在日本通商口岸設立領事官和工廠及輸入各種機器，並且還享受低額的稅收，彼此的最惠國待遇；

日本國不得逮捕為大明軍隊服務的人員；

吐噶剌列島內日本國居民，兩年之內任便變賣產業搬出界外，逾期未遷者，將被視為大明公民。

條約批准後兩個月內，兩國派員赴鹿兒島辦理移交手續。

因為條約在薩摩藩的鹿兒島簽訂的，所以這份合約理所當然的就被稱之為《鹿兒島條約》。

第二十五卷：盛世大明（