接下去的情節便是詹姆斯調查12只猴子軍團的故事，同時詹姆斯還遇到了當年和自己有過數面之緣的精神病師凱瑟琳。不過凱瑟琳已經不認識詹姆斯了，因為她還以為詹姆斯還在瘋人院裡。和其他醫師不同的是，凱瑟琳對詹姆斯還是有所同情的。也是因為這個同情，讓詹姆斯覺得地球還是有一些值得自己留念的東西，人類的確不應該毀滅。

在和凱瑟琳的相處當中，詹姆斯對人類的留戀之情也就越來越多，他開始很主動地想辦法去阻止悲劇的發生。而讓詹姆斯高興的是，他很成功地阻止了夢境中曾經看到過的病毒洩漏事件。但是一個助手偷偷摸摸地離開，和女科學家的忽然到訪似乎有暗示了什麼。就在大家因為電影劇情還要繼續往下發展的時候，故事到這裡戛然而止……

“這到底在講什麼？”影評人頓時發現自己的智商不夠用了。因為他們無法指責傑德沒有將故事拍完整，按照情節來說，傑德完成了整個故事的講述。童年的詹姆斯因為親眼目睹病毒洩漏而導致他在長大之後變得性格暴戾，進而被當做瘋子關進了實驗室。但是因為時空拯救計劃的需要，詹姆斯被當做試驗品送到了1990年的巴爾的摩。在那裡，詹姆斯與罪魁禍首傑弗裡相遇。

讓詹姆斯始料不及的是，傑弗里正是因為詹姆斯的話語而變成了極端的動物保護主義者，可以說童年詹姆斯所看到一切正是由於成年詹姆斯穿越所造成的。當詹姆斯第二次穿越的時候，自然就直奔傑弗裡而去，而他最終阻止了傑弗裡。不過讓詹姆斯不知道的是，人類悲劇的開始在另外一個地方開始了……歷史並沒有詹姆斯的干涉而發生改變，反而歷史透過不同的人在不同的地方實現了這個歷史程序所需要的觸電。

傑德不僅向觀眾清晰的講述了什麼是“諾維科夫自洽性原則”，同時也在電影中對人性展開了批判和研究。對於詹姆斯來說，他是英雄麼？對於傑弗裡來說，他到底是瘋子還是環保主義者？傑德在電影中留下了許多問題，每個問題的深度都不是那麼容易解答的。

影評人頓時覺得自己不知道該說什麼了，因為傑德留下的不僅是一個精彩的科幻故事，更是一個富含哲理的故事。比如電影開始那沒有人類的地球，依然安靜祥和，到底人類的存在對於地球是好處還是壞處，沒有人知道。

很多影評人忽然發現傑德從來就沒有離開藝術電影的範疇，從他開始參與的第一部電影《侏羅紀公園》開始，傑德一直都在思考人與自然以及人與人之間的關係。即便在這部充滿懸疑的科幻電影裡，傑德的人文思考依舊充滿了整部電影。

“這不僅是一個優秀導演的作品，而是一個電影大師的作品。”　羅傑伊伯特在自己的小本子上寫著。“傑德謝爾曼先生雖然自稱自己更喜歡拍攝商業電影，可是他的每部作品都充滿了各種思考。這種思考不會影響一般觀眾的觀影快。感，但是對於想要深刻了解謝爾曼先生的人來說，這些思考就是你們瞭解他的最快捷方式。在《12只猴子》裡，傑德向人講述了一個問題，‘或許我們所處的歷史就是已經被改變過的歷史’，因此對於那些妄想時間旅行來達到不勞而獲的人來說，這似乎並不是一個快樂的答案。就好像謝爾曼先生自己在接受採訪的時候曾經說過，相較於改變來說，他更願意接受。在這部電影裡，傑德其實就是在暗示，無論未來的事情是好還是壞，接受並尋找其他的前進道路才是明智的。當然，這種人生態度或許會有人反對，但是我們也必須承認這是一種充滿智慧和勇氣的選擇。”

儘管電影上映之後的反響頗為不錯，但票房還是受到了聖誕假期的衝擊，《12只猴子》在週末票房榜上位居20名以後。當然，這一週所有的新片都在20名以後，《12只猴子》反而是新片中表現最好的電影。但是傑德並不擔心，等下週觀眾觀影習慣恢