新的一週，風眠公會正式進入支線劇情《高達前哨戰：愛麗絲的懺悔》。此時風眠公會和刺手玫瑰公會交易的梅塔斯還沒有改造完成，為了排除不穩定因素，部分改造完成的梅塔斯也沒有進入戰鬥序列。

進入支線劇情的人數有限制，所以風眠公會只是派出了星光和風瀾兩支小隊，鐵雄公會派出一支小隊。奧古三支小隊。地球聯邦軍玩家出動了四支小隊。

這個支線劇情的主力是地球聯邦軍的新機體MSA-0011S高達，其他的機體都是為他做配。S高達重新啟用了元祖高達的組合機體設計理念，全身由三部分組成。

S高達的上半身，為戰鬥攻擊機，在宇宙或者大氣圈內都擁有絕佳的運動性，揹包裝備2門大口徑光束加農炮，無論是MS形態還是G-Attacker形態都可以使用。雙翼還載有推進劑槽。

S高達的下半身，為爆擊機，擁有強猛的火力以及不俗的續航能力，大腿部的光束加農炮是從MSZ-006A1Z plus·A1型所使用的光束加農炮改良而來，可進行廣範圍的射擊。還可在機體右側選裝高出力的精靈光束炮以代替光束加農炮，機體左側替換光束加農炮的則是能量補充器。

中心部位用核心戰機連線，核心戰機跟元祖高達的的核心部件設計相似，標準武裝是導彈發射架，就算單獨作為一臺戰鬥機也沒有任何問題，足以保證機師的逃生以及戰鬥資料的回收。

頭部由於搭載了準塞可繆兵器，有線制御炮系統以及四門火神炮，為了達到及時散熱的目的，在頭部加裝了強力的冷卻裝置以及大量的散熱片確保散熱。這也就是機體的臉頰有著類似魚鰓狀物體的原因。

而該機的最大特點就是機體內還暗藏了自我學習型電腦——“愛麗絲”即“發展型邏輯/非邏輯辨識裝置”，這是一部擁有女性人格的超級電腦。也就是智慧AI

愛麗絲具有獨立人格，能夠獨立思考、分析，在作戰中甚至可以獨立控制MS，因此比以往只是輔助用的“學習型電腦”更先進。而“愛麗絲”其能力在與機師的“戀愛”過程中將不斷得到增長，因此，機師的人選是以思維方式超越邏輯和常識的“危險分子”為佳。

由於愛麗絲具有真正的人工智慧，能夠學習理解人類的感情、判斷是非，而不是一味的遵從人類的命令，因此聯邦的高層們擔心這樣的技術會拒絕下達的某些“沒有道義”的命令，不符合聯邦高層的利益，因此導致愛麗絲並不受重視，隨著搭載愛麗絲的S高達的損毀，這項偉大的計劃也就此終止。

駕駛這臺先進機體的機師是獠·魯茲，地球聯邦軍少尉機師。其父親在一年戰爭期間身亡，母親則是開發“愛麗絲系統”的科學家，也在開發期間死亡，因此造成了獠叛逆的性格。

除了主角之外，其他的工作都由玩家承擔，戰艦也是統一的麥哲倫改級戰列艦。阿爾法小隊集結了三艘戰艦向著培曾基地開進。鐵雄公會的小隊和奧古的小隊被留在月球，充當月球守衛隊。

此時的培曾基地盤踞著五支隸屬於新迪賽斯的小隊，外部還有叛變過來的埃諾艦隊幫忙，還有悄然而至新吉翁的協助，戰力上不虛阿爾法小隊。

第一幕是培曾基地的新迪賽斯玩家發動叛亂，用新機體RMS-141賽克·艾恩輕鬆擊潰了用RMS-154巴扎姆改良型搭建第一道防禦線的地球聯邦軍的NPC。順利奪過培曾基地的控制權。

第二幕是已經控制了培曾基地的新迪賽斯玩家出動和埃諾艦隊匯合，打算進入月面都市艾爾斯。艾爾斯市是一座坐落於月球南部的自治都市，由於月球軌道執行的原因，這座都市永遠不會面向地球，由於這個原因和其他歷史因素，使得這座城市的居民對地球產生了一種奇異的邪教般的崇拜，這種崇拜使他們成