而朝廷也並不真的重視這些沒有真正實力的光桿司令，輕易進退任免，被罷官殺頭的多是這一類總督、巡撫。將帥分離，權實不符，實在是造成明末各個戰場排程失機，指揮不力的一個重要原因。楊嗣昌就是要以武將統兵，就是想打破這種局面。

另一方面，明朝的軍事建置基於一種消極分散防禦的戰略，全國的軍隊分散在上百個司令部裡，統稱為“標”。每一位將帥，上至總督（包括總理、督師）、巡撫，下至總兵、獨立帶隊的副將甚至參將，都有一個自己的標，多則一兩萬人，少則千數人，將帥們真正指揮得動的就是標下這支隊伍。

這種分散建置使得那些號稱統軍十幾萬的大帥在組織大型戰役的時候，因為缺乏一個嚴密的分層指揮體系而八方掣肘，排程困難，更談不上在戰場上靈活機動地調動部隊。

而楊嗣昌似乎很想對這種建置方面的弊病進行一些改善，但因為涉及到整個軍制問題，也只能暫時用在各標以上再設一位大將的方式來增強全軍的凝聚力。

楊嗣昌在軍中設定統兵大將，實際上已經包含著對於明末陳腐軍事制度進行改革的某種嘗試。但是他知其然，不知其所以然，重病時下了一貼猛藥，不知道這百年積弊，要改談何容易？反而是造成了軍心更加不穩。

其實這時候要選也要選威望最高的吳世恭。再怎麼樣，各路官軍的主帥，還是最信服最會打仗的吳世恭的。而且吳世恭兵多將廣，盟軍也多，起碼可以在河南、湖廣控制住全部局面。至於吳世恭是否有異心，作為總理的楊嗣昌其實也可以就近監視、控制的，總比放任不管的好。

可是楊嗣昌對吳世恭也是不聞不見，而吳世恭也未參加襄陽軍議，未給楊嗣昌任何面子，這樣一來，與吳世恭有著仇怨的楊嗣昌和左良玉根本調動不了汝寧軍，所以在之後的戰鬥中，根本借不到汝寧軍的絲毫助力。

而崇禎皇帝對於楊嗣昌的各種請求差不多是言聽計從，立即批准任命左良玉為平賊將軍，把內府的大印派專員馳送前線。左良玉也確實頗為感奮，秣馬厲兵，準備對張獻忠大戰一場，以雪前仇。楊嗣昌則並不急於發兵，而是積極整頓部隊，調配力量，囤糧輸餉，鞏固後方，準備蓄力而發，一舉取勝。

而此時崇禎皇帝對楊嗣昌的支援絲毫未減少。就是朝臣們在楊嗣昌督師親赴前線之後，出於一種對大臣身臨戰陣的尊重，也停止了對他的各種攻擊。只有兵部因為要同這位在外的樞輔不斷地打交道，不免發生一些齟齬。

而楊嗣昌不斷有兵餉方面的要求，兵部很難全部滿足，而且有些事情是有制度成例的，兵部也不願隨意改動，破壞了規矩。崇禎十二年底，楊嗣昌疏劾兵部不任職守，妨害圍剿大計。兵部尚書傅宗龍雖然是楊嗣昌推薦上來的，卻對他的以勢壓人很不服氣，就回了一本，說楊嗣昌“徒耗國家軍資，不能立功報效，並以勢欺凌朝廷大臣”。

可是崇禎皇帝對傅宗龍在關鍵時刻不能同督師同舟共濟非常惱火，正巧兵部又在遼東用人的問題上有一個失誤，就以翫忽職守、戲視封疆的罪名把他逮進監獄。刑部擬罪遣戍，崇禎皇帝不肯，大有置之死地之勢。又一位重臣因為得罪了楊嗣昌入獄去了。

在罷免傅宗龍後，崇禎皇帝任用楊嗣昌一直極力推薦的陳新甲為兵部尚書。陳新甲是舉人出身，在明代歷史上以舉人而任尚書的只有寥寥數人，因而正牌進士們很不服氣。但陳新甲確實是個幹才，思路又同楊嗣昌相近，因而在本兵任上對楊嗣昌給予了很大的支援。

有皇帝全心全意的信任，有兵部盡心竭力的配合，又有閣部督師的巨大權威，楊嗣昌就準備摩拳擦掌大幹一場了。於是在這年年末，他在楚、豫、川、陝各省四處張榜，上面刻印著張獻忠的頭像，並下書賞格：“能擒張獻忠者賞萬金，爵通侯