海瑞認為，既然太祖洪武皇帝是本朝的開國君王，既然君無戲言而太祖又制定了這些法令，既然這些法令又是完全符合聖人理想的，那麼，就應該堅決執行，不打折扣，而不能考慮執行起來有無困難。因此，他不但身體力行，對微薄的薪金毫無怨言，而且決心像‐個勇敢的鬥士，向一切腐敗的行為開火。

海瑞實在太天真了。他不知道孔子的主張原本只是一種理想，也不知道本朝開國已經二百年。洪武皇帝一些心血來潮的政令，即便是在當時，有的也只是一紙具文。他當然更不知道，官場的弊病並非只有貪墨，還有危險更大的一件事情‐‐‐派系鬥爭。

海瑞其實一開始就捲入了派系鬥爭，只不過他自己不知道。他既是派系鬥爭的受害者，也是派系鬥爭的受益者。他的升官和罷官，除一次是因為得罪皇帝外，其他幾次都與派系鬥爭有關。第一次升官，由興國知縣調升戶部主事，是因為嚴嵩倒臺而他反對過嚴嵩的黨羽；第二次升官，是因為徐階的引薦而徐階反嚴，罷官則因張居正主政而他又非張居正一黨；第三次復出，則是因為張居正已死並被問罪。但海瑞並不把自己的升遷和朝局的變化聯絡起來。他堅持認為這是道德上善與惡鬥爭的結果：自己被重用，是正氣得到伸張；自己遭貶黜，則是邪惡佔了上風。因此他一如既往地按照自己簡單的善惡二元論思想去判斷是非決定行止：是善的就支援，是惡的就反對，而無論對方屬何派系，也無論他們與自己是有恩還是有仇。

因此，海瑞到應天巡撫任上，就拿徐階開刀。

徐階一向是支援海瑞的，他甚至是海瑞的救命恩人。海瑞因痛罵皇帝而被捕下獄，刑部參照兒子詛罵父親的條例，主張處以絞刑，被徐階壓了下來。嘉靖皇帝自己對於殺不殺海瑞也一直都很猶豫。他一會兒承認海瑞說得也有道理，一會兒又覺得不殺了這個目無君父的畜生簡直忍無可忍。徐階便找了個機會悄悄對嘉靖說：像海瑞這樣的糙野狂夫，根本就不值得為他動怒。他無非明知皇上聖明，故意來找些岔子，以便沽名釣譽。皇上殺了他，反倒成全了他。不如乾脆不加罪，他也撈不著虛名，大家也更會頌揚皇上德被四海。這話雖然不中聽，但對海瑞卻是小罵大幫忙，非如此不能將其從那暴君的虎口中救出。當時徐階如果在嘉靖的耳邊煽風點火添油加醋，十個海瑞也得粉身碎骨。

海瑞出獄後，徐階對他信任提拔有加。海瑞這一階段的青雲直上，與徐階有很大關係。海瑞雖然迂闊，還不至於不識好歹。對於這位於己有救命之恩又有提攜之恩的首輔，內心十分地感激。徐階主政以後，也確實做了不少好事，比如清除了嚴嵩的黨羽，法辦坑害人的巫師，減免了四十萬兩鹽稅，人民擁護，海瑞也擁護。於是，徐階在海瑞心中，就成了一個正人君子。當徐階受到高拱、李芳等人攻擊時，海瑞是堅決站在徐階一邊的。此時海瑞對徐階，可以說是感激、敬重，還有些崇拜。

然而海瑞到應天巡撫任上後，對徐階的態度就大為改變。因為海瑞一到任，就發現此地最為嚴重的社會問題，是鄉紳豪強大量地佔有土地，使耕者無其田，而稅收無由出。這些土地，都是土豪劣紳們從農民手裡侵奪的，農民當然很想收回。聽說連皇帝都不怕的青天大老爺海瑞來了，窮苦無告的農民們便紛紛向海瑞提出控訴，據說僅松江府華亭縣（也就是現在的上海），提出控訴的農民就達萬人之多。松江府華亭縣正是徐階的故鄉，而徐階也正是侵佔民田最多、最為小戶農民痛恨的一個大地主。徐階一家，是個大家族，幾代沒有分家，因此成員多達數千。他們一家佔有的土地，數字也很嚇人，有說二十四萬畝的，有說四十萬畝的。這麼多的土地，當然不可能是他的家人誠實勞動所得，只能來自巧取豪奪。更為嚴重的是，他們兼併土地以後