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之後沒多久，慈禧又諭令設立了巡警部、考察政治館、學部等機構，中國二十世紀政治制度的劇烈變革正式拉開了帷幕，走上一條誰也不知道結果的探索路。

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�1�7對於清政府一系列的機構變動，作為旁觀者，孫元起很多時候是抱著隔岸觀火的態度。

比如設立巡警部，約略類似於今天的公安部。經世大學偏處城外，雖然校門外有百十來戶人家，可油水太少，估計一時半會兒巡警部也不會在這裡設定分支機構。學校附近多是校工，校園裡面師生素質更不用說，還有保安日常巡邏，事實上也用不著巡警。

至於考察政治館，和孫元起、經世大學八竿子都打不著，懶得去理會。

惟有學部的設定，讓孫元起頗為關注。

所謂的學部，約等於是現今的教育部。在戎戌變法之前，中國的教育管理和考試選拔，主要由禮部負責。對應到地方上，省裡是學政，府裡是教授、訓導，州里學正、i導，縣裡教愉、i導，都是專門的官員負責。

維新變法時，有項主張便是“廢科舉，興學堂”。，期間除了在京城興辦京師大學堂外，地方上中小學堂也如雨後春筍一般冒了出來。學堂是個新事物，需要政府監管，在那個萬事畢舉的時候，無暇仔細考量，便隨意設立了“京師大學堂管學大臣”。一職，兼管全國學務事宜。這首任管學大臣，便是叔祖父孫家輯老大人。

庚子國變後，慈禧老太婆從西安回鑑，痛定思痛，開始推行新政。新政之一，便是於光緒二十九年（1903）11月設立學務處，統轄全國學務。至於京師大學堂，則另設總監督，隸屬於學務處。第一任學務大臣有三位，不過這三人孫元起都認識：除了孫家異老大人外，還有張百熙、榮慶。張百熙找自己幫過忙，榮慶則是現在的頂頭上司。

這時候，全國的教育是被劈成兩塊：傳統教育和科舉考試歸禮部，新式教育歸學務處。到了今年九月份袁世凱等人上奏，請求廢除科舉，推廣學堂。慈禧老太婆眼看科舉考試如明日黃花，再也不能適應當今的國內外發展形勢，便順水推船，允了這封摺子。這樣一來，禮部便幾乎沒有管轄教育的權利了，只剩下學務處一家獨大。

有鑑於此，老太婆再次下令：以後各省學政專門管理學堂事務而學政績效歸學務大臣考核，母庸再隸屬於禮部。至此，禮部徹底從教育口退出，學務處已經成為實際上的教育部，只欠一個明確的說法。

在五大臣遇刺的十多天後山西學政寶熙上了封奏摺，認為以學務處統轄全國各省學務，有點兒名不正言不順，請求該學務處為學部。慈禧老奶奶把這個摺子轉給了政務處、學務大臣，讓他們先行商議，拿出個意見來。

在孫元起看來，這是水到渠成，換塊牌子的事兒，哪還用政務處、學務大臣來會棄？直接寫個）“準”。字不就得了！只是以後管自己的婆婆，除了外務部又增加了學部。

而且不知道學部尚書會不會新官上任三把火，故意來找自己的麻煩。

在孫元起從《申報》上看到這則訊息的第二天，商務印書館總經理夏瑞芳敲響了校長室的房門。

孫元起見是夏瑞芳，連忙起身迎接：“揮芳兄，好久不見，你幾時到的北京？來之前應該說一聲，小弟也好去車站恭迎啊！”。

上次見夏瑞芳，還是取道上海赴美國的時候，轉眼已經一年有半確實是“好久不見”……雖然沒有見面，不過因為書稿影印和稿酬結算的事情兩人書信來往卻是非常頻繁。這些年來，經世大學在商務印書館至少出版三四百種圖書，光孫元起一人，幾乎就有近二百種之多！