髮際，今觀屍體髮際血陰不全，不似自縊而亡，顯然是人死之後，被外人抱持懸掛在房梁之上。以此推斷，李毓昌之死絕非輕生自縊。”吉綸聽罷，很是滿意地點了點頭，吩咐將李毓昌的屍骨暫用冰塊鎮起來，妥為儲存，以待上憲複驗，然後命件作填好屍單，連同自己親自主持驗屍的經過一齊封裝好，仍派八百里加急快馬送往京城直呈皇帝御覽。就在吉綸順利地驗明瞭李毓昌死因的同時，刑部派出提調王伸漢與其他人證的差官們卻遇到了不少麻煩。提調王伸漢倒沒費一點氣力，到了山陽就將他拘禁了，但王伸漢的心腹僕人包祥卻聞訊逃遁了。刑部緝查人員追到包樣的老家山西平遙縣，也沒有發現蹤跡，虧得是山陽縣那位被王伸漢廢了的教諭章家璘在暗中提示，緝查人員才在河南商丘東郊的一個小村鎮中拿獲了包祥。馬連升的下落也十分難找，費了幾備周折才在河北省定縣把他抓了起來。另外的兩名僕人李祥和顧祥，則分別在長州和寶應縣被找到拿獲。這樣一來，江蘇省的大小官府也即刻沉不住氣了。首先沉不住氣的是兩江總督鐵保，他深悔自己一時輕率，照準了江蘇巡撫的報帖，為了盡力挽回損失，鐵保親自下令到山陽縣，將山陽縣合衙差吏都拘禁起來，分頭質詢，希望能得出個像樣的結論來。誰知拷來問去，折騰了許多時日，竟沒有發現一點線索。江蘇省巡撫江日章見總督重新過問此案，也坐不住了。他本性就又懶惰又糊塗，不想從頭查起，只把藩、桌二司找來詢問。藩臺楊護所能知道的，只有他的那位釣魚的幕僚告訴他的訊息，待進一步追問時，那位幕僚竟不辭而別了，故而這位楊藩臺大人，在江日章大人面前，支支吾吾地連一句整話也說不出來。桌臺胡克家因收了王伸漢的賄賂，只一口咬定他是根據淮安知府王谷的驗屍單結案，並不知道內中的詳情。及至找到了王谷，王谷又把事情一骨腦兒地推在了王伸漢的身上。等到江日章想起應直接找王伸漢商議對策時，王伸漢早被提解進京了。就這樣，整個江蘇省官府，凡是沾了山陽兇案邊的，沒有一個不戰戰兢兢地等候著朝廷的最後決斷。而此時的北京城，最引人注目的話題，正是這個山陽兇案。奉皇帝親筆諭令，軍機處派出三名軍機大臣會同刑部，審訊從各地押調進京的有關案犯及人證。王伸漢自知不管說不說實話，自己看來都免不了一死，所以橫下一條心來，一口咬定李毓昌是自縊。及至會審大臣拿出李毓昌的骨殖來揭穿他的謊言後，王伸漢又幹脆一問三不知，把事情推了個一乾二淨。包祥、李祥和顧祥等，也是守口如瓶，儘管他們知道事情已經敗露了，但誰也不肯說出實話來。幸虧主審的那位軍機大臣目光敏銳，他看出在所有人犯當中，那馬連升是個最膽小的人，於是就決定從馬連升這裡突破。一連五個通宵，連審帶嚇，連擺證據帶拉攏勸慰，總算撬開了馬連升的嘴。馬連升把謀殺李毓昌的經過原原本本地供了出來。審訊官員見他所說的與驗屍結果完全一致，就以這個供辭為依據，分頭對王伸漢等人加緊追問。在人證物證面前，幾個罪大惡極的兇犯不得不投降了，分別招供了自己的所做所為。幾個人的口供碰在一起，連細節都十分吻合。刑部覺得這個案子頭緒已經清楚了，就將審理結果具折報給了嘉慶皇帝。

說來也巧，嘉慶帝幾乎是同時接到了刑部、兩江總督及江蘇巡撫的三道奏摺，奏摺上都是報告對李毓昌一案偵審的結果，但內容卻大相徑庭。刑部與軍機處的會審結論，情節清楚，證據確鑿，主犯王伸漢等人俱已畫押，可謂是真相大白。嘉慶不覺點頭讚許。而兩江總督的那份奏摺，卻是以八百里加急送來的，開啟一看，折上奏道：“萬歲嚴旨緝查山陽兇案，奴才竊思李毓昌暴死實為可疑，恐系王伸漢為掩飾剋扣賑銀之罪，在酒席宴中投毒，致使毓昌飲毒而亡。但幾個月來，奴才遍詢當時同席之人，竟沒有一人提出線索。奴才又抓捕當日宴席之廚役人員，嚴