此同時，北王韋昌輝對楊秀清掌控國事心懷不滿，表面上對楊秀清畢恭畢敬，但實際上卻暗藏殺機。洪秀全意識到北王、翼王石達開及燕王秦日綱等人都對東王不滿，於是密詔韋昌輝返回天京誅殺楊秀清（也有說法認為並無密詔）。楊秀清及其家人被殺，這一事件史稱“天京事變”。

石達開聞訊後趕到天京，指責韋昌輝濫殺無辜，兩人因此發生衝突。韋昌輝進一步擴大事態，殺害了石達開的家人。石達開從安慶起兵，聲討韋昌輝。面對眾怒，洪秀全最終下令將韋昌輝處死，並將其首級送交石達開，以平息事端。

事變後，洪秀全追封楊秀清為“傳天父上主皇上帝真神”，並將自己的第五子過繼給楊秀清，將楊秀清被害的日子定為“東王昇天節”，要求臣民們永遠銘記。

第二種說法則認為，1856年，楊秀清派遣韋昌輝去江西督師，但韋昌輝在戰場上屢戰屢敗，害怕受到懲罰，便擅自率兵返回天京，並前往天王府求情。洪秀全斥責韋昌輝擅自回京，威脅要嚴懲他。走投無路之下，韋昌輝決定孤注一擲，率軍突襲東王府，殺死了楊秀清及其部下兩萬餘人。石達開返回天京後，指責韋昌輝濫殺無辜，但韋昌輝卻欲進一步加害石達開。石達開逃到天王府，韋昌輝則帶兵攻打天王府。石達開連夜逃出，韋昌輝隨後殺害了他的家人。石達開逃到武昌後，集結四萬大軍討伐韋昌輝。

五、大勢傾頹

從1858年開始，太平天國面臨著日益嚴峻的外部壓力。清軍不斷加強對天京的包圍，並頻繁發動攻勢，試圖一舉摧毀太平天國的中樞。然而，在陳玉成和李秀成等年輕將領的頑強抵抗下，太平軍在接下來的幾年裡成功抵擋住了清軍的多次進攻，使得天京暫時得以保全。

1859年，洪秀全的族弟洪仁玕抵達天京。洪仁玕曾在海外留學，熟悉西方文明，被洪秀全視為重振太平天國的重要人才。洪秀全高興地封洪仁玕為軍師、幹王，並任命他總理天國朝政。然而，由於洪仁玕在當時並未立下顯赫戰功便獲封王位，引起了其他將領的不滿。為了平息眾議，洪秀全開始分封其他異姓王，並逐漸開始濫封王爵，導致權力分散，進一步削弱了太平天國的凝聚力。

，！

1861年，英國海軍提督何伯與參贊巴夏禮訪問天京，提出了以協助太平天國打敗清政府為條件，要求事後平分中國領土。面對這一要求，洪秀全態度堅決，拒絕了英國人的提議，表明了他在維護國家主權方面的立場。然而，這一拒絕也意味著太平天國失去了可能獲得的外部援助。英國人見無法從太平天國那裡獲得利益，轉而支援清政府，使太平天國的處境更加艱難。

到了1862年，隨著陳玉成的英勇就義，太平天國失去了另一位重要的軍事領袖。與此同時，曾國荃率領的湘軍再次逼近天京城外的雨花臺，對南京城形成了嚴密的包圍。隨著天京城外的據點一個個落入清軍之手，太平天國的形勢急轉直下。面對如此危急的局面，李秀成建議放棄天京，轉戰中原，以尋求新的生存空間。然而，洪秀全卻拒絕了這一建議，堅持固守天京。

晚年的洪秀全思想趨於保守，越來越依賴宗教迷信。在天京面臨重重危機之時，他並未採取有效的應對措施，反而向將士們宣稱會有天兵下凡相助，驅趕清軍。這種脫離實際的做法不僅未能提振士氣，反而進一步加劇了太平軍內部的悲觀情緒。

六、因病逝世

到了1863年冬天，太平天國已經處於極其危險的境地。清軍的圍困使得天京城內的物資供應日益緊張，糧食匱乏，外援斷絕。在這種情況下，李秀成多次建議洪秀全放棄天京，突圍而出，尋找新的立足之地。然而，洪秀全拒絕了這一建議，他固守天京，寄希望於上帝能夠降下奇蹟，幫助太平天國擊敗清軍。