燮因不滿於左宗棠對其處理不當的行為而向朝廷提起訴訟。此事迅速發酵成了一場政治風波，給左宗棠帶來了極大壓力。幸運的是，在好友胡林翼、郭嵩燾等人以及一些朝中顯貴如潘祖蔭等人的極力維護之下，加上咸豐帝對左宗棠才能的認可，這場風波最終得以平息。

儘管經歷了這樣一次嚴重考驗，但左宗棠並未就此沉寂下去。相反地，此次事件反而讓更多人認識到了他的價值所在。“天下不可一日無湖南，湖南不可一日無左宗棠”這句話便是在此背景下流傳開來，充分反映了當時人們對左宗棠重要性的普遍認同。更重要的是，這也預示著左宗棠即將迎來自己職業生涯的新高峰：不久之後，他就將被委以重任，投入到更為廣闊的戰場之上

三、東平閩浙

1860年，隨著太平天國運動對江南地區的威脅日益加劇，尤其是太平軍攻破了清軍設在江南的大營之後，局勢變得異常嚴峻。在此背景下，左宗棠以四品京堂候補的身份被派往協助欽差大臣、兩江總督曾國藩處理軍事事務。左宗棠迅速行動，在湖南招募了一支約5000人的部隊，稱為“楚軍”，並帶領這支隊伍前往江西和安徽與太平軍作戰，顯示出了他卓越的組織能力和領導才能。

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到了1861年，鑑於左宗棠在前線的表現以及他對穩定東南局勢的重要性，曾國藩向朝廷推薦左宗棠擔任浙江巡撫。同年，當太平軍佔領杭州後，清廷正式任命左宗棠為浙江巡撫，並賦予他督辦軍務的重要職責。這一任命標誌著左宗棠從地方輔助角色躍升為省級行政長官，同時也意味著他將承擔起更加艱鉅的任務——恢復浙江秩序，平定叛亂。

1862年至1863年間，左宗棠指揮下的軍隊取得了顯著進展。在他的領導下，由中外士兵組成的混合部隊如“常捷軍”、“常安軍”及“定勝軍”等協同作戰，成功收復了包括金華、紹興在內的多個重要城市。隨著戰事的推進，左宗棠於1863年被提升為閩浙總督，負責更廣泛區域內的軍事與行政管理工作。

1864年3月，經過艱苦奮戰，左宗棠終於率領部下攻克了杭州，這對於打擊太平天國勢力來說是一個決定性的勝利。為了表彰其功績，清政府授予左宗棠太子少保銜，並賜予黃馬褂作為榮譽象徵。此後不久，他還進一步擴大了控制範圍，直至完全掌握整個浙江省。由於這些成就，左宗棠被封為一等恪靖伯，彰顯了他在平定內亂過程中所作出的巨大貢獻。

但左宗棠並未因此而停止腳步。緊接著，他又奉命進入江西和福建繼續追剿殘餘的太平軍力量，特別是針對李世賢和汪海洋領導的隊伍。最終，在1866年初，左宗棠徹底消滅了這股反抗勢力於廣東嘉應州（今梅州）一帶，從而結束了長達十幾年之久的太平天國起義。

在完成了鎮壓太平天國的歷史使命之後，左宗棠開始關注如何加強國防建設的問題。他提出了減少冗兵、提高效率、強化訓練等一系列建議，並特別強調發展現代海軍的重要性。基於此理念，1866年，左宗棠上書請求設立專門機構來監督輪船製造專案，並得到了朝廷的支援。隨後，他選擇福州馬尾作為造船廠地址，並派遣人員赴海外採購先進裝置和技術資料。同時，還創辦了求是堂藝局（後來改名為船政學堂），旨在培養中國自己的造船專家和海軍人才。

不幸的是，正當福州船政局籌備工作順利進行之時，西北邊疆又爆發了新的危機。面對這種情況，左宗棠不得不離開東南沿海前往陝甘地區擔任總督職務，但他仍然關心著船政事業的發展。於是，他推薦了沈葆楨接替自己出任總理船政大臣一職。在沈葆楨的努力下，福州船政局於1867年開始正式運營，成為中國近代史上第一個採用西方技術建造現代化艦艇的企業