四、西靖陝甘

1862年，陝西回民趁太平天國和捻軍進入陝西的機會，聯合發動叛亂，寧夏地區也爆發了大規模的回民暴動，陝甘局勢迅速惡化。由於總督楊嶽斌無法有效控制局勢，清廷於1866年諭令左宗棠前往陝甘平定回民起事。

左宗棠於1866年末動身，準備率領各軍平定回民起事。然而，由於西捻軍進犯陝西，加之左宗棠認為捻軍實力強於回民軍，因此他首先選擇重點鎮壓捻軍。在多次與捻軍的交戰中，左宗棠雖屢次擊敗捻軍，但因回民軍的牽制以及捻軍的機動靈活，難以徹底取勝。延川、綏德等地還多次被回民軍攻破。1867年末，捻軍由陝入晉，繼而進入河南、直隸，京師震動。左宗棠因未能有效控制局勢，與李鴻章、李鶴年、官文皆受革職處分。但左宗棠並未氣餒，他率軍追擊捻軍，並建言獻策，最終於1868年協助李鴻章消滅了西捻軍。

在消滅捻軍後，左宗棠將主要精力轉向回民軍。他率軍進入陝北的延安、綏德、榆林一帶，先後逼降扈彰、董福祥等統領的起義軍。隨後，他進兵董志原，大敗盤踞和被驅逐於此的回民軍，攻佔該地，肅清慶陽、涇州。在此期間，左宗棠還努力恢復生產，推廣代田法、區田法，並撥款救濟饑民和歸降者。

在平定回民軍的過程中，左宗棠認定盤踞金積堡一帶的馬化龍是回民起事的罪魁禍首之一。他派劉松山進攻馬化龍的金積堡，但劉松山在戰鬥中陣亡。左宗棠痛感“失我右臂”，但他並未因此氣餒，而是以劉松山之侄劉錦棠代替劉松山，調動重兵圍攻金積堡。經過艱苦的戰鬥，左宗棠終於在1871年取勝，馬化龍父子投降後被處死。

在肅清後方後，左宗棠開始進攻甘肅河州。當地回民軍領袖馬佔鰲頑強抵抗，清軍屢屢受挫。但在清軍的強大壓力下，馬佔鰲於1872年投降。回民軍的主力至此已經被消滅。隨後，左宗棠派劉錦棠克復西寧，白彥虎等退入甘肅。他又派徐佔彪進攻肅州，但肅州久攻不下。在此期間，左宗棠還在蘭州創辦了甘肅機器製造局，推動了西北地區的近代化程序。

1873年，隨著西寧回民軍首領馬桂源投降並被處死，以及左宗棠集合徐佔彪、宋慶、金順、劉錦棠等部大舉圍攻肅州，肅州回民軍首領馬文祿被迫投降後被處死。隨著肅州的克復，陝甘回民起事終於被平定。左宗棠因功被清廷授予陝甘總督協辦大學士的職務，並賞加一等輕車都尉世職。

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五、進軍新疆

1864年，新疆地區因受太平天國運動和同治陝甘回變的影響，陷入了割據紛爭、各自為王的混亂局面。其中，喀什噶爾成為爭奪的焦點，伊斯蘭教白山派首領馬木提艾和柯爾克孜族部落頭目司迪克相繼向中亞的浩罕汗國求援，引來了該國的軍事頭目阿古柏。阿古柏於1867年在新疆建立了“洪福汗國”，加劇了新疆的動盪。同時，沙俄也趁機於1871年7月侵佔了伊犁，進一步加劇了新疆的危機。

面對新疆的危機，清廷開始重視並採取措施。他們命令景廉、成祿等率軍出關，並令左宗棠派兵進剿。然而，由於陝甘回民起事尚未平定，左宗棠認為此時興師遠舉並非穩著，但他仍於1872年1月派徐佔彪進兵肅州，為收復新疆做準備。

1873年3月，左宗棠提出了先安定新疆回部再準備收回伊犁的方針。他認為，欲收伊犁，必先克烏魯木齊。如果烏魯木齊城克復，再大興屯田以保證長期後勤供應，安撫新疆各部族耕牧如常，即使不立即索伊犁，也已穩然不可犯。這一方針得到了軍機大臣文祥的支援。

然而，1874年日本侵臺事件引發了清廷內部的“海防”與“塞防”之爭。李鴻章等人力主海防，主張放棄塞防以節省軍費用