1861年），慈禧與奕?密謀政變後，形勢迅速變化。八月初六日，山東道監察御史董元醇上奏請求皇太后代理朝政，並提議在親王中挑選一兩人輔助處理國家大事。慈禧看到奏摺後十分高興，並立即召見載垣等顧命大臣，要求按照奏摺所請傳旨。然而，載垣等人以祖制中並無太后垂簾聽政的規定為由，堅持駁回了董元醇的請求，並由焦佑瀛草擬了一份措辭嚴厲的上諭。

慈禧在收到這份上諭草稿後並未立即發出，而是將其與董元醇的原折一同扣留。當載垣等人得知此事後，態度強硬，表示他們是“贊襄皇上”，不能聽從太后的命令，並指責慈禧檢視奏摺的行為是多餘的。這一事件激怒了慈禧，她氣得面色青紫，年幼的同治帝也被嚇得哭泣不止，甚至尿溼了慈禧的衣服。慈安太后從中調解，建議大家暫時冷靜下來，留待明日再議。

次日清晨，慈禧並未立即傳旨召見，而是等待載垣等人施壓。載垣等人以“擱車”（即拒絕處理政務）相威脅，慈禧最終在當天中午將董元醇的奏摺和焦佑瀛擬的上諭發下，並遵從他們的要求使用圖章。載垣等人這才恢復了正常辦公。他們誤以為慈禧已經屈服，不再對她加以防備。然而，慈禧利用這個機會，繼續策劃政變。

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九月十八日，慈禧在熱河行宮讓她的妹夫、醇郡王奕譞草擬了一份諭旨，準備回京後釋出。九月二十三日，咸豐帝的靈柩從避暑山莊啟運回京，慈禧、慈安和同治帝在麗正門外恭送靈柩上車後，即從小路先行返回北京，同行的有載垣、端華、景壽、穆蔭。肅順則與奕?等人隨靈柩後行，這樣巧妙地將輔政大臣中的核心人物分割開來。

九月二十八日，慈禧一行抵達石槽，欽差大臣勝保奏請慈禧親理大政，並簡派近支親王輔政。二十九日，慈禧一行進入北京德勝門回宮。三十日，大學士賈楨、周祖培，戶部尚書沈兆霖、刑部尚書趙光聯名上疏，請求慈禧親操政權，並參照前朝太后臨朝的先例，下令廷臣商議實施。

政變時機成熟，慈禧隨即以皇帝的名義釋出了早已在熱河擬好的上諭，指控載垣、端華、肅順等人未能盡心和議、阻撓咸豐帝迴鑾、反對太后垂簾等罪名，將他們解任，並令其餘輔政大臣退出軍機處。隨後，載垣、端華、肅順被革去爵職並被捕。不久，肅順被處決，載垣、端華被賜死，其餘輔政大臣均被革職。

肅順臨刑前曾抱怨自己“沒想到上了小娘們的當”。之後，慈禧決定改年號為同治，以次年為同治元年。

咸豐十一年十一月一日（1861年12月2日），同治帝奉兩宮皇太后前往養心殿，舉行了垂簾聽政的大典。奕?被任命為議政王、軍機大臣，並負責總理各國事務衙門事務，集內政外交大權於一身。至此，“二宮垂簾，親王議政”的格局正式確立

三、兩宮垂簾

短暫的“中興”

慈禧與慈安掌握最高權力後，清廷經歷了一段相對穩定的時期，史稱“同治中興”。這一時期，慈禧與慈安合作，採取了一系列措施來鞏固自身的統治地位，並在一定程度上穩定了清朝的內外局勢。

首先，慈禧著手清除“肅黨”，即以肅順為首的反對派。肅順等輔政大臣在辛酉政變中被罷黜，甚至被處決或賜死，這極大地削弱了反對慈禧的力量，使她得以更加穩固地掌控朝政。與此同時，慈禧任命奕?為議政王，並委派奕譞掌管神機營，訓練精兵，進一步加強了她在軍事上的實力。

在政治改革方面，慈禧聽取了奕?的建議，鼓勵朝臣直言朝政弊端，要求他們提出具體的意見和建議。這一舉措顯示了慈禧願意聽取不同意見的開放態度，也表明她希望透過改革來改善朝政。這一時期，慈禧對奕?的信任達到了頂峰，奕?在處理政務時享有較大的自主權，他任用了一批有才能的地方官員